Représentation de molécules
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Certaines fonctions de ce programme nécessite des fichiers de données : base.csv et bdd.csv
<sxh python; title : representation_molecules.py>
#!/usr/bin/env python
# -*- coding: UTF-8 -*-
# travail de RL, ba2 chimie 2012-2013
'Fonctions utilisées
'
def stripTags(s):
''' Strips HTML tags.
Taken from http://aspn.activestate.com/ASPN/Cookbook/Python/Recipe/440481
Sert à nettoyer une page HTML de son code pour ne garder que le texte
'''
intag = [False]
def chk(c):
if intag[0]:
intag[0] = (c != '>')
return False
elif c == '<':
intag[0] = True
return False
return True
return ''.join(c for c in s if chk(c))
def find_words(text, search):
''' Sert à vérifier la présence d'un mot dans une chaîne.
Trouvé sur : http://stackoverflow.com/questions/5319922/python-check-if-word-is-in-a-string
'''
dText = {}
dSearch = {}
dText = text.split() dSearch = search.split()
lenText = len(dText) lenSearch = len(dSearch) #print dText, lenText #print dSearch, lenSearch
found_word = 0
for text_word in dText:
for search_word in dSearch:
if hash(search_word) == hash(text_word):
found_word += 1
if found_word == lenSearch:
return lenSearch
else:
return False
def DLink(SMILES):
'''Crée un lien pour vers une visualisation en 3D de la molécule
'''
link="http://chemapps.stolaf.edu/jmol/jmol.php?model="+SMILES
return link
def SMILES(name):
'''Donne le code SMILES d'une molécule à partir de la page Wikipédia
'''
import urllib, urllib2
namemod=name.replace(' ','_') #Edition du nom au cas où il contient un espace
link='http://fr.wikipedia.org/wiki/'+namemod #Création du lien de la page de la molécule
opener=urllib2.build_opener() #Obtention de la page Wikipedia de la molécule
opener.addheaders=[('User-agent', 'Mozilla/5.0')] #On se fait passer pour un vrai navigateur
buffer=opener.open(link) #On charge la page
htmlSource=buffer.read() #Et on la stock
buffer.close()
htmlClean=stripTags(htmlSource) #On nettoie le code HTML de ses balises
#SMILES
verif=find_words(htmlClean, 'SMILES') #On Vérifie si la page Wikipédia possède un code SMILES
if verif is False: #Si non, message d'erreur
return 'La page Wikipédia de cette molécule ne fournit pas de code SMILES.'
else: #Si oui, on le localise et on le renvoie
htmlList=htmlClean.split()
SMILESValue=htmlList.index('SMILES')
return htmlList[SMILESValue+1]
def Draw2D(name, smiles):
''' Trouvé sur http://ctr.wikia.com/wiki/Depict_a_compound_as_an_image
sert à dessiner une molécule en 2D à partir de son code SMILE
'''
file_name=name+'.png'
from rdkit.Chem import AllChem
from rdkit.Chem import Draw
mol = AllChem.MolFromSmiles(smiles)
AllChem.Compute2DCoords(mol)
Draw.MolToFile(mol, file_name, size=(200,250))
import Image
im = Image.open(name+'.png')
im.save(name+'.gif')
import os
os.remove(name+'.png')
def AddToClipBoard(text):
'''Copier un texte dans le presse-papiers
'''
text = str(text)
r = Tk()
r.withdraw()
r.clipboard_clear()
r.clipboard_append(text)
r.destroy()
def FindName(smiles):
'''Trouve le nom correspondant à un code SMILES dans une base de données CSV
'''
import csv
c=open('bdd.csv', 'rb')
reader=csv.reader(c)
for row in reader:
if row[1] == smiles: #On vérifie la seconde rangée de chaque ligne de la base de données jusqu'à trouver un SMILES identique
return row[0] #Et on retourne le nom correspondant si on le trouve
else:
return "Nom introuvable dans la base de données."
c.close()
'Interface
'
from Tkinter import *
root=Tk() #On crée la fenêtre
root.title('SMILES')
root.geometry(“400×500”)
#Boutons onglets def ActionOnglet1():
FrameOnglet2.grid_forget() FrameOnglet3.grid_forget() FrameOnglet1.grid(row=1, columnspan=3)
Onglet1=Button(root, text=“A partir du nom”, command=ActionOnglet1) Onglet1.grid(row=0, column=0) def ActionOnglet2():
FrameOnglet1.grid_forget() FrameOnglet3.grid_forget() FrameOnglet2.grid(row=1, columnspan=3)
Onglet2=Button(root, text=“A partir du SMILES”, command=ActionOnglet2) Onglet2.grid(row=0, column=1) def ActionOnglet3():
FrameOnglet1.grid_forget() FrameOnglet2.grid_forget() FrameOnglet3.grid(row=1, columnspan=3)
Onglet3=Button(root, text=“A partir d'un CSV”, command=ActionOnglet3) Onglet3.grid(row=0, column=2) #Frames FrameOnglet1=Frame(root) FrameOnglet1.grid(row=1, columnspan=3) FrameOnglet2=Frame(root) FrameOnglet3=Frame(root)
##Onglet 1 (nom) #Nom NomLabel=Label(FrameOnglet1, text=“Quel est le nom de la molécule ?”).pack() NomEntry=Entry(FrameOnglet1) NomEntry.pack() #Menubuttons ClipboardCase=IntVar() Clipboard=Checkbutton(FrameOnglet1, text=“Copier le code SMILES dans le presse-papiers”, variable=ClipboardCase).pack() NavigateurCase=IntVar() Navigateur=Checkbutton(FrameOnglet1, text=“Afficher une vue 3D dans le navigateur”, variable=NavigateurCase).pack() ImageCase=IntVar() Image=Checkbutton(FrameOnglet1, text=“Créer une représentation 2D de la molécule”, variable=ImageCase).pack() #Bouton valider nom def action():
name=str(NomEntry.get())
if ClipboardCase.get() == 1:
AddToClipBoard(SMILES(name))
if NavigateurCase.get() == 1:
import webbrowser
new=2
webbrowser.open(DLink(SMILES(name)), new=new)
if ImageCase.get() == 1:
Draw2D(name, SMILES(name))
global photo
photo = PhotoImage(file =name+".gif")
DisplayImageZone.create_image(100, 100, image=photo)
DisplaySmiles.delete(1.0, END)
DisplaySmiles.insert(END, SMILES(name))
confirm=Button(FrameOnglet1, text=“Valider”, command=action).pack() #Affichage SMILES AffichageLabel=Label(FrameOnglet1, text=“Code SMILES :”).pack() DisplaySmiles=Text(FrameOnglet1, height=2, width=30) DisplaySmiles.pack() #Canvas ImageLabel=Label(FrameOnglet1, text=“Représentation 2D :”).pack() DisplayImageZone=Canvas(FrameOnglet1, width =200, height =250, bg ='white') DisplayImageZone.pack()
##Onglet2 (SMILES) #SMILES SmilesLabel=Label(FrameOnglet2, text=“Quel est le code SMILES de la molécule ?”).pack() SmilesText=Entry(FrameOnglet2) SmilesText.pack() #Menubuttons ClipboardCase2=IntVar() Clipboard2=Checkbutton(FrameOnglet2, text=“Copier le nom dans le presse-papiers”, variable=ClipboardCase2).pack() NavigateurCase2=IntVar() Navigateur2=Checkbutton(FrameOnglet2, text=“Afficher une vue 3D dans le navigateur”, variable=NavigateurCase2).pack() ImageCase2=IntVar() Image2=Checkbutton(FrameOnglet2, text=“Créer une représentation 2D de la molécule”, variable=ImageCase2).pack() #Bouton valider code def action2():
CodeSMILES=str(SmilesText.get())
if ClipboardCase2.get() == 1:
AddToClipBoard(FindName(CodeSMILES))
if NavigateurCase2.get() == 1:
import webbrowser
new=2
webbrowser.open(DLink(CodeSMILES), new=new)
if ImageCase2.get() == 1:
Draw2D("Molécule", CodeSMILES)
global photo
photo = PhotoImage(file ="Molécule.gif")
DisplayImageZone2.create_image(100, 100, image=photo)
DisplayName.delete(1.0, END)
DisplayName.insert(END, FindName(CodeSMILES))
confirm2=Button(FrameOnglet2, text=“Valider”, command=action2).pack() #Affichage nom AffichageLabel2=Label(FrameOnglet2, text=“Nom :”).pack() DisplayName=Text(FrameOnglet2, height=2, width=30) DisplayName.pack() #Canvas ImageLabel2=Label(FrameOnglet2, text=“Représentation 2D :”).pack() DisplayImageZone2=Canvas(FrameOnglet2, width =200, height =250, bg ='white') DisplayImageZone2.pack()
##Onglet3 (CSV) Consignes=Label(FrameOnglet3, text=“Veuillez placer le fichier CSV dans le même répertoire \net le nommer base.csv. Les noms/SMILES doivent \nse trouver dans la première colonne.\n\nLe fichier complété se trouvera dans le même répertoire\n et portera le nom base_done.csv.\n”).pack() DeleteCase=IntVar() Delete=Checkbutton(FrameOnglet3, text=“Supprimer le fichier original une fois la tâche accomplie”, variable=DeleteCase).pack() def CSVName():
import csv
FileRead=open("base.csv", "rb")
cr=csv.reader(FileRead)
FileWrite=open("base_done.csv", "wb")
cw=csv.writer(FileWrite, delimiter=',', quotechar='"')
for row in cr:
cw.writerow([row[0], SMILES(row[0])])
FileRead.close()
FileWrite.close()
if DeleteCase.get()==1:
import os
os.remove("base.csv")
FromName=Button(FrameOnglet3, text=“Trouver les SMILES à partir des noms”, command=CSVName).pack() def CSVSmiles():
import csv
FileRead=open("base.csv", "rb")
cr=csv.reader(FileRead)
FileWrite=open("base_done.csv", "wb")
cw=csv.writer(FileWrite, delimiter=',', quotechar='"')
for row in cr:
cw.writerow([FindName(row[0]), row[0]])
FileRead.close()
FileWrite.close()
if DeleteCase.get()==1:
import os
os.remove("base.csv")
FromSmiles=Button(FrameOnglet3, text=“Trouver les noms à partir des SMILES”, command=CSVSmiles).pack()
root.mainloop() </sxh>