teaching:progappchim:representation_molecules_2013

Représentation de molécules

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Certaines fonctions de ce programme nécessite des fichiers de données : base.csv et bdd.csv <sxh python; title : representation_molecules.py> #!/usr/bin/env python # -*- coding: UTF-8 -*- # travail de RL, ba2 chimie 2012-2013 'Fonctions utilisées ' def stripTags(s):

  ''' Strips HTML tags.
      Taken from http://aspn.activestate.com/ASPN/Cookbook/Python/Recipe/440481
      Sert à nettoyer une page HTML de son code pour ne garder que le texte
  '''
  intag = [False]
 
  def chk(c):
      if intag[0]:
          intag[0] = (c != '>')
          return False
      elif c == '<':
          intag[0] = True
          return False
      return True
 
  return ''.join(c for c in s if chk(c))

def find_words(text, search):

  ''' Sert à vérifier la présence d'un mot dans une chaîne.
      Trouvé sur : http://stackoverflow.com/questions/5319922/python-check-if-word-is-in-a-string
  '''
  dText = {}
  dSearch = {}
  dText = text.split()
  dSearch = search.split()
  lenText = len(dText)
  lenSearch = len(dSearch)
  #print dText, lenText
  #print dSearch, lenSearch
  found_word = 0
  for text_word in dText:
      for search_word in dSearch:
          if hash(search_word) == hash(text_word):
              found_word += 1
  if found_word == lenSearch:
      return lenSearch
  else:
      return False

def DLink(SMILES):

  '''Crée un lien pour vers une visualisation en 3D de la molécule
  '''
  link="http://chemapps.stolaf.edu/jmol/jmol.php?model="+SMILES
  return link

def SMILES(name):

  '''Donne le code SMILES d'une molécule à partir de la page Wikipédia
  '''
  import urllib, urllib2
  namemod=name.replace(' ','_') #Edition du nom au cas où il contient un espace
  link='http://fr.wikipedia.org/wiki/'+namemod    #Création du lien de la page de la molécule
  
  opener=urllib2.build_opener() #Obtention de la page Wikipedia de la molécule
  opener.addheaders=[('User-agent', 'Mozilla/5.0')] #On se fait passer pour un vrai navigateur
  buffer=opener.open(link) #On charge la page
  htmlSource=buffer.read() #Et on la stock
  buffer.close()
  htmlClean=stripTags(htmlSource) #On nettoie le code HTML de ses balises
  #SMILES
  verif=find_words(htmlClean, 'SMILES')   #On Vérifie si la page Wikipédia possède un code SMILES
  if verif is False:  #Si non, message d'erreur
      return 'La page Wikipédia de cette molécule ne fournit pas de code SMILES.'
  else:   #Si oui, on le localise et on le renvoie
      htmlList=htmlClean.split()
      SMILESValue=htmlList.index('SMILES')
      return htmlList[SMILESValue+1]

def Draw2D(name, smiles):

  ''' Trouvé sur http://ctr.wikia.com/wiki/Depict_a_compound_as_an_image
      sert à dessiner une molécule en 2D à partir de son code SMILE
  '''
  file_name=name+'.png'
  from rdkit.Chem import AllChem
  from rdkit.Chem import Draw
  mol = AllChem.MolFromSmiles(smiles)
  AllChem.Compute2DCoords(mol)
  Draw.MolToFile(mol, file_name, size=(200,250))
  import Image
  im = Image.open(name+'.png')
  im.save(name+'.gif')
  import os
  os.remove(name+'.png')

def AddToClipBoard(text):

  '''Copier un texte dans le presse-papiers
  '''
  text = str(text)
  r = Tk()
  r.withdraw()
  r.clipboard_clear()
  r.clipboard_append(text)
  r.destroy()

def FindName(smiles):

  '''Trouve le nom correspondant à un code SMILES dans une base de données CSV
  '''
  import csv
  c=open('bdd.csv', 'rb')
  reader=csv.reader(c)
  for row in reader:
      if row[1] == smiles: #On vérifie la seconde rangée de chaque ligne de la base de données jusqu'à trouver un SMILES identique
          return row[0] #Et on retourne le nom correspondant si on le trouve
  else:
      return "Nom introuvable dans la base de données."
  c.close()
  

'Interface ' from Tkinter import * root=Tk() #On crée la fenêtre root.title('SMILES') root.geometry(“400×500”)

#Boutons onglets def ActionOnglet1():

  FrameOnglet2.grid_forget()
  FrameOnglet3.grid_forget()
  FrameOnglet1.grid(row=1, columnspan=3)

Onglet1=Button(root, text=“A partir du nom”, command=ActionOnglet1) Onglet1.grid(row=0, column=0) def ActionOnglet2():

  FrameOnglet1.grid_forget()
  FrameOnglet3.grid_forget()
  FrameOnglet2.grid(row=1, columnspan=3)

Onglet2=Button(root, text=“A partir du SMILES”, command=ActionOnglet2) Onglet2.grid(row=0, column=1) def ActionOnglet3():

  FrameOnglet1.grid_forget()
  FrameOnglet2.grid_forget()
  FrameOnglet3.grid(row=1, columnspan=3)

Onglet3=Button(root, text=“A partir d'un CSV”, command=ActionOnglet3) Onglet3.grid(row=0, column=2) #Frames FrameOnglet1=Frame(root) FrameOnglet1.grid(row=1, columnspan=3) FrameOnglet2=Frame(root) FrameOnglet3=Frame(root)

##Onglet 1 (nom) #Nom NomLabel=Label(FrameOnglet1, text=“Quel est le nom de la molécule ?”).pack() NomEntry=Entry(FrameOnglet1) NomEntry.pack() #Menubuttons ClipboardCase=IntVar() Clipboard=Checkbutton(FrameOnglet1, text=“Copier le code SMILES dans le presse-papiers”, variable=ClipboardCase).pack() NavigateurCase=IntVar() Navigateur=Checkbutton(FrameOnglet1, text=“Afficher une vue 3D dans le navigateur”, variable=NavigateurCase).pack() ImageCase=IntVar() Image=Checkbutton(FrameOnglet1, text=“Créer une représentation 2D de la molécule”, variable=ImageCase).pack() #Bouton valider nom def action():

  name=str(NomEntry.get())
  if ClipboardCase.get() == 1:
      AddToClipBoard(SMILES(name))
  if NavigateurCase.get() == 1:
      import webbrowser
      new=2
      webbrowser.open(DLink(SMILES(name)), new=new)
  if ImageCase.get() == 1:
      Draw2D(name, SMILES(name))
      global photo
      photo = PhotoImage(file =name+".gif")
      DisplayImageZone.create_image(100, 100, image=photo)
  DisplaySmiles.delete(1.0, END)
  DisplaySmiles.insert(END, SMILES(name))

confirm=Button(FrameOnglet1, text=“Valider”, command=action).pack() #Affichage SMILES AffichageLabel=Label(FrameOnglet1, text=“Code SMILES :”).pack() DisplaySmiles=Text(FrameOnglet1, height=2, width=30) DisplaySmiles.pack() #Canvas ImageLabel=Label(FrameOnglet1, text=“Représentation 2D :”).pack() DisplayImageZone=Canvas(FrameOnglet1, width =200, height =250, bg ='white') DisplayImageZone.pack()

##Onglet2 (SMILES) #SMILES SmilesLabel=Label(FrameOnglet2, text=“Quel est le code SMILES de la molécule ?”).pack() SmilesText=Entry(FrameOnglet2) SmilesText.pack() #Menubuttons ClipboardCase2=IntVar() Clipboard2=Checkbutton(FrameOnglet2, text=“Copier le nom dans le presse-papiers”, variable=ClipboardCase2).pack() NavigateurCase2=IntVar() Navigateur2=Checkbutton(FrameOnglet2, text=“Afficher une vue 3D dans le navigateur”, variable=NavigateurCase2).pack() ImageCase2=IntVar() Image2=Checkbutton(FrameOnglet2, text=“Créer une représentation 2D de la molécule”, variable=ImageCase2).pack() #Bouton valider code def action2():

  CodeSMILES=str(SmilesText.get())
  if ClipboardCase2.get() == 1:
      AddToClipBoard(FindName(CodeSMILES))
  if NavigateurCase2.get() == 1:
      import webbrowser
      new=2
      webbrowser.open(DLink(CodeSMILES), new=new)
  if ImageCase2.get() == 1:
      Draw2D("Molécule", CodeSMILES)
      global photo
      photo = PhotoImage(file ="Molécule.gif")
      DisplayImageZone2.create_image(100, 100, image=photo)
  DisplayName.delete(1.0, END)
  DisplayName.insert(END, FindName(CodeSMILES))

confirm2=Button(FrameOnglet2, text=“Valider”, command=action2).pack() #Affichage nom AffichageLabel2=Label(FrameOnglet2, text=“Nom :”).pack() DisplayName=Text(FrameOnglet2, height=2, width=30) DisplayName.pack() #Canvas ImageLabel2=Label(FrameOnglet2, text=“Représentation 2D :”).pack() DisplayImageZone2=Canvas(FrameOnglet2, width =200, height =250, bg ='white') DisplayImageZone2.pack()

##Onglet3 (CSV) Consignes=Label(FrameOnglet3, text=“Veuillez placer le fichier CSV dans le même répertoire \net le nommer base.csv. Les noms/SMILES doivent \nse trouver dans la première colonne.\n\nLe fichier complété se trouvera dans le même répertoire\n et portera le nom base_done.csv.\n”).pack() DeleteCase=IntVar() Delete=Checkbutton(FrameOnglet3, text=“Supprimer le fichier original une fois la tâche accomplie”, variable=DeleteCase).pack() def CSVName():

  import csv
  FileRead=open("base.csv", "rb")
  cr=csv.reader(FileRead)
  FileWrite=open("base_done.csv", "wb")
  cw=csv.writer(FileWrite, delimiter=',', quotechar='"')
  for row in cr:
      cw.writerow([row[0], SMILES(row[0])])
  FileRead.close()
  FileWrite.close()
  if DeleteCase.get()==1:
      import os
      os.remove("base.csv")

FromName=Button(FrameOnglet3, text=“Trouver les SMILES à partir des noms”, command=CSVName).pack() def CSVSmiles():

  import csv
  FileRead=open("base.csv", "rb")
  cr=csv.reader(FileRead)
  FileWrite=open("base_done.csv", "wb")
  cw=csv.writer(FileWrite, delimiter=',', quotechar='"')
  for row in cr:
      cw.writerow([FindName(row[0]), row[0]])
  FileRead.close()
  FileWrite.close()
  if DeleteCase.get()==1:
      import os
      os.remove("base.csv")

FromSmiles=Button(FrameOnglet3, text=“Trouver les noms à partir des SMILES”, command=CSVSmiles).pack()

root.mainloop() </sxh>

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  • teaching/progappchim/representation_molecules_2013.txt
  • Dernière modification: 2020/03/09 14:42
  • de villersd