Différences

Ci-dessous, les différences entre deux révisions de la page.

--- teaching:progappchim:openbabel_jmol [2014/02/18 10:05] – créée villersd
+++ teaching:progappchim:openbabel_jmol [2022/03/14 17:28] (Version actuelle) – [Jmol] villersd
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   * Site officiel : [[http://openbabel.org/wiki/Main_Page]]
   * Interfaçage en Python : [[http://openbabel.org/wiki/Python]]
+Pour utiliser OpenBabel en python, il faut installer au préalable ces outils. Sous Linux (Debian, Ubuntu,...), installer les paquets openbabel et python-openbabel. Sous Windows, voir [[http://openbabel.org/docs/dev/Installation/install.html|cette page]], et [[http://openbabel.org/docs/2.3.1/UseTheLibrary/PythonInstall.html|celle-ci]] (lien avec python).
 ===== Jmol =====
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 C'est un programme idéal pour visualiser des molécules dont les fichiers de description ont été obtenus par OpenBabel (ou d'autres logiciels de chimie).
-  * Site officiel : [[http://jmol.sourceforge.net/index.fr.html]]
+  * Site officiel : [[http://jmol.sourceforge.net]]
 ===== Exemple de programme Python =====
-En construction...
+<code python generate_alcohols-01.py>
+#! /usr/bin/env python
+# -*- coding: utf-8 -*-
+# génération à partir du code smile d'alcools ddes caractéristiques 3D
+# et de fichiers .pdb lisible par Jmol
+# références :
+# http://openbabel.org/wiki/Python
+# http://openbabel.org/docs/current/UseTheLibrary/PythonDoc.html#using-iterators
+# http://pythonchem.blogspot.be/2012/08/fun-and-little-disappointment-with.html
+# https://gist.github.com/cstein/3294891
+# http://nullege.com/codes/search/openbabel
+import openbabel
+def OBMolMinimize(mol):
+    """Minimize a molecule
+    """
+    ff = openbabel.OBForceField.FindForceField("MMFF94")
+    ff.Setup(mol)
+    ff.ConjugateGradients(100, 1.0e-5)
+    ff.GetCoordinates(mol)
+    return mol
+def OBStructureFromSmiles(smilesstring, filename=None):
+    mol = openbabel.OBMol()
+    obConversion = openbabel.OBConversion()
+    obConversion.SetInAndOutFormats("smi", "pdb")
+    obConversion.ReadString(mol, smilesstring)
+    mol.AddHydrogens()
+    builder = openbabel.OBBuilder()
+    builder.Build(mol)
+    mol = OBMolMinimize(mol)
+    if filename is None: return mol
+    # save structures in subfolder molecules
+    obConversion.WriteFile(mol, "molecules/%s.pdb" % filename)
+def getAlcohols():
+    molecules = dict()
+    molecules['methanol'] = 'CO'
+    molecules['ethanol'] = 'CCO'
+    molecules['1-propanol'] = 'CCCO'
+    molecules['isopropanol'] = 'CC(O)C'
+    molecules['n-butanol'] = 'CCCCO'
+    molecules['butan-2-ol'] = 'CC(O)CC'
+    molecules['isobutanol'] = 'CC(C)CO'
+    molecules['tert-butanol'] = 'CC(C)(C)O'
+    molecules['1-Pentanol'] = 'CCCCCO'
+    return molecules
+if __name__ == '__main__':
+    etab = openbabel.OBElementTable()
+    dico = getAlcohols()
+    for elem in dico:
+        OBStructureFromSmiles(dico[elem], elem)
+    # Determine the charge of a molecule
+    for file_in in dico:
+        obConversion = openbabel.OBConversion()
+        obConversion.SetInFormat("pdb")
+        mol = openbabel.OBMol()
+        obConversion.ReadFile(mol, "molecules/%s.pdb" % file_in)
+        # get the charges of the atoms
+        charge_model = openbabel.OBChargeModel.FindType("MMFF94")
+        charge_model.ComputeCharges(mol)
+        partial_charges = charge_model.GetPartialCharges()
+        print file_in, '- Formula = ', mol.GetFormula()
+        print 'mol wt = ', mol.GetMolWt(), '-  Numb atoms = ', mol.NumAtoms(), '-  Numb bonds = ', mol.NumBonds()
+        for atom in openbabel.OBMolAtomIter(mol):
+            z=atom.GetAtomicNum()
+            v3=atom.GetVector()
+            print atom.GetAtomicMass(), z, etab.GetSymbol(z), 'x=',v3.GetX(), 'y=',v3.GetY(), 'z=',v3.GetZ()
+        print 'partial charges = ', partial_charges
+        print 'total charge = ', "%i" % int(sum(partial_charges))
+        print '********'
+</code>
+Pour le méthanol, ce programme sort ces informations :
+<code>
+methanol - Formula =  CH4O
+mol wt =  32.04186 -  Numb atoms =  6 -  Numb bonds =  5
+.0107 6 C x= 0.956 y= -0.086 z= -0.056
+.9994 8 O x= 0.488 y= -1.374 z= 0.299
+.00794 1 H x= 0.587 y= 0.64 z= 0.672
+.00794 1 H x= 0.584 y= 0.177 z= -1.05
+.00794 1 H x= 2.049 y= -0.08 z= -0.052
+.00794 1 H x= 0.831 y= -1.996 z= -0.365
+partial charges =  (0.28, -0.68, 0.0, 0.0, 0.0, 0.4)
+total charge =  0
+</code>
+===== References =====
+  * [[http://www.jcheminf.com/content/3/1/33|Open Babel: An open chemical toolbox]], Noel M O'Boyle, Michael Banck, Craig A James, Chris Morley, Tim Vandermeersch and Geoffrey R Hutchison, Journal of Cheminformatics 2011, 3:33  doi:10.1186/1758-2946-3-33
+  * [[http://www.jcheminf.com/content/7/1/23/abstract|InChI, the IUPAC International Chemical Identifier]] Stephen R Heller, Alan McNaught, Igor Pletnev, Stephen Stein and Dmitrii Tchekhovskoi, Journal of Cheminformatics 2015, 7:23 doi:10.1186/s13321-015-0068-4