teaching:progappchim:bioinformatic

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Bioinformatique

Manipulations de séquences ADN, ARN, protéines,…

<sxh python; title : Counting_DNA_Nucleotides-01.py> #!/usr/bin/env python # -*- coding: utf-8 -*- “”“ On dispose d'un exemple de chaîne ADN (constituée des symboles 'A', 'C', 'G', 'T') Le programme utilise plusieurs techniques pour donner les nombres d'occurrences respectifs des différentes bases ”“” adn = “AGCTTTTCATTCTGACTGCAACGGGCAATATGTCTCTGTGTGGATTAAAAAAAGAGTGTCTGATAGCAGC”

# utilisation d'une liste et de la méthode .count() bases=[“A”,“C”,“G”,“T”] for base in bases:

  print adn.count(base),

print

# Variante : for c in 'ACGT':

  print adn.count(c),

print

# variante un peu moins lisible out = [] for c in 'ACGT':

  out.append(str(adn.count(c)))

print(' '.join(out))

# utilisation de la technique “list comprehension” count=[adn.count(c) for c in 'ACGT'] for val in count:

  print val,

print

# autre “list comprehension”, avec impression formatée → version “one line” print “%d %d %d %d” % tuple([adn.count(X) for X in “ACGT”])

# count “à la main”, sans utilisation de fonctions/librairie ACGT = “ACGT” count = [0,0,0,0] for c in adn:

  for i in range(len(ACGT)):
      if c == ACGT[i]:
          count[i] +=1

for val in count:

  print val,

print

# count “à la main”, avec .index() ACGT = “ACGT” count = [0,0,0,0] for c in adn:

  count[ACGT.index(c)] += 1

for val in count:

  print val,

print

# utilisation de la librairie collections from collections import defaultdict ncount = defaultdict(int) for c in adn:

  ncount[c] += 1

print ncount['A'], ncount['C'], ncount['G'], ncount['T']

# collections.Counter from collections import Counter for k,v in sorted(Counter(adn).items()): print v, print

# avec un dictionnaire freq = {'A': 0, 'C': 0, 'G': 0, 'T': 0} for c in adn:

  freq[c] += 1

print freq['A'], freq['C'], freq['G'], freq['T']

# avec un dictionnaire et count(), impression différente dico={} for base in bases:

  dico[base]=adn.count(base)

for key,val in dico.items():

  print "{} = {}".format(key, val)

</sxh>

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  • Dernière modification: 2016/03/15 11:54
  • de villersd