teaching:progappchim:start

Différences

Ci-dessous, les différences entre deux révisions de la page.

Lien vers cette vue comparative

Les deux révisions précédentes Révision précédente
Prochaine révision
Révision précédente
teaching:progappchim:start [2020/06/01 17:54]
villersd [Les librairies scientifiques essentielles]
teaching:progappchim:start [2021/03/18 17:48] (Version actuelle)
villersd [Idées de travaux, projets]
Ligne 17: Ligne 17:
       - **installation de la distribution complète [[https://www.anaconda.com/distribution/|Anaconda]] (pour votre OS, en version 3 et 64 bits)**       - **installation de la distribution complète [[https://www.anaconda.com/distribution/|Anaconda]] (pour votre OS, en version 3 et 64 bits)**
         * [[https://docs.anaconda.com/anaconda/user-guide/|User guide]]         * [[https://docs.anaconda.com/anaconda/user-guide/|User guide]]
 +        *  **//Cf.// la page dédiée sur [[:floss:anaconda|Anaconda]]**
       - en salle informatique UMONS : utilisation de Python sous Ubuntu       - en salle informatique UMONS : utilisation de Python sous Ubuntu
-      - utilisation en mode nomade de la plateforme [[https://notebooks.azure.com/|Azure]] avec l'utilisation de vos codes UMONS+      - dans n'importe quel navigateur web, via le site [[https://repl.it/languages/python3]] 
 +      - <del>utilisation en mode nomade de la plateforme [[https://notebooks.azure.com/|Azure]] avec l'utilisation de vos codes UMONS</del> 
 +      - via [[https://colab.research.google.com/notebooks/welcome.ipynb|Colaboratory]] et l'utilisation d'un compte gmail, cette configuration permettant un partage et une édition en commun
   * [[notions_fondamentales|Notions fondamentales]]   * [[notions_fondamentales|Notions fondamentales]]
   * [[tkinter_gui_simple|Les bases d'un interface graphique avec Tkinter]]   * [[tkinter_gui_simple|Les bases d'un interface graphique avec Tkinter]]
   * [[pieges|Pièges à éviter]]   * [[pieges|Pièges à éviter]]
  
-<note tip>Vous serez encouragé à l'utilisation et l'écriture de Jupyter notebooks, via l'utilisation de la distribution Anaconda, soit [[https://notebooks.azure.com/|via la plateforme cloud Azure]].+<note tip>Vous serez encouragé à l'utilisation et l'écriture de Jupyter notebooks, via l'utilisation de la distribution Anaconda, soit via [[https://colab.research.google.com/notebooks/welcome.ipynb|Colaboratory]] <del>[[https://notebooks.azure.com/|via la plateforme cloud Azure]]</del>.
  
 //Cf// :  //Cf// : 
-  * ce [[https://notebooks.azure.com/linusable/libraries/samples-public/html/notebooks/Jupyter_primer_in_Jupyter-02.ipynb|Tutoriel Jupyter en Jupyter]] (en construction+  * ce {{ :teaching:progappchim:jupyter_primer_in_jupyter-02.ipynb.zip |Tutoriel Jupyter en Jupyter}} (fichier compressé dans une archive zip
-  * cette [[https://notebooks.azure.com/linusable/libraries/samples-public/html/notebooks/chemistry/chemical_elements_data-01.ipynb|application sur les données des éléments chimiques]]+  * cette [[https://notebooks.azure.com/linusable/libraries/samples-public/html/notebooks/chemistry/chemical_elements_data-01.ipynb|application sur les données des éléments chimiques]] (FIXME : lien à actualiser)
   * [[https://github.com/jupyter/jupyter/wiki/A-gallery-of-interesting-Jupyter-Notebooks|A gallery of interesting Jupyter Notebooks]]   * [[https://github.com/jupyter/jupyter/wiki/A-gallery-of-interesting-Jupyter-Notebooks|A gallery of interesting Jupyter Notebooks]]
   * ...   * ...
- 
- 
  
 </note> </note>
Ligne 58: Ligne 59:
   * [[pygal_simple|les bases de Pygal]], une autre librairie graphique, simple (cf. ce [[http://pygal.org/en/stable/index.html|site]])   * [[pygal_simple|les bases de Pygal]], une autre librairie graphique, simple (cf. ce [[http://pygal.org/en/stable/index.html|site]])
   * [[altair_simple|les bases de Altair]], une autre librairie graphique, interactive   * [[altair_simple|les bases de Altair]], une autre librairie graphique, interactive
 +
 +==== Des librairies spécifiques en chimie, biochimie,... ====
 +  * [[mendeleev|Mendeleev]] (données sur les éléments chimiques)
 +  * [[rdkit|RDKit et molécules]] (représentation,...)
 +  * [[bioinformatic|Bioinformatique et la librairie Biopython]] (manipulations de séquences ADN, ARN, protéines,...)
 +  * [[openbabel_jmol|OpenBabel et Jmol]] : format de description de molécules et visualisations
 +  * [[ChemSpiPy]] : utilisation des données de [[http://www.chemspider.com/|ChemSpider]]
 +  * ...
 +
 +
 ===== Notions intermédiaires et avancées ===== ===== Notions intermédiaires et avancées =====
   * [[slices|Slices sur les listes]]   * [[slices|Slices sur les listes]]
Ligne 70: Ligne 81:
   * [[jupyter|Jupyter]] : introduction, exemples, liens,...   * [[jupyter|Jupyter]] : introduction, exemples, liens,...
   * [[bokeh_simple|Les bases de Bokeh]], une librairie Python de visualisations interactives pour des représentations dans des navigateurs web. Bokeh est particulièrement indiqué pour une utilisation dans les Jupyter notebooks, et s'installe aisément via Anaconda.   * [[bokeh_simple|Les bases de Bokeh]], une librairie Python de visualisations interactives pour des représentations dans des navigateurs web. Bokeh est particulièrement indiqué pour une utilisation dans les Jupyter notebooks, et s'installe aisément via Anaconda.
 +  * Références externes :
 +    * [[https://github.com/weisscharlesj/SciCompforChemists|Scientific Computing for Chemists]] (pdf et données), cité dans [[https://pubs.acs.org/doi/full/10.1021/acs.jchemed.0c01071|A Creative Commons Textbook for Teaching Scientific Computing to Chemistry Students with Python and Jupyter Notebooks]] Charles J. Weiss, J. Chem. Educ. 2021, 98, 2, 489–494 DOI: 10.1021/acs.jchemed.0c01071
 +    * [[https://chem.libretexts.org/Ancillary_Materials/Interactive_Applications/Jupyter_Notebooks|Jupyter Notebooks sur Chemistry Libretexts]]
 +    * ...
  
 ===== Applications ===== ===== Applications =====
Ligne 84: Ligne 99:
   * [[analyse_images|Analyse d'images]]   * [[analyse_images|Analyse d'images]]
   * [[attracteur_Lorenz|L'attracteur de Lorenz]] : équations différentielles ordinaires et comportement chaotique   * [[attracteur_Lorenz|L'attracteur de Lorenz]] : équations différentielles ordinaires et comportement chaotique
-  * [[openbabel_jmol|OpenBabel et Jmol]] : format de description de molécules et visualisations 
   * [[fit_modele_einstein|Optimisation de la température caractéristique du diamant suivant le modèle d'Einstein]] (avec scipy, numpy, matplotlib)   * [[fit_modele_einstein|Optimisation de la température caractéristique du diamant suivant le modèle d'Einstein]] (avec scipy, numpy, matplotlib)
   * [[t-test|Test de Student]] : exemple technologique (avec scipy, numpy)   * [[t-test|Test de Student]] : exemple technologique (avec scipy, numpy)
   * [[OSM_interrogation|Interrogation de la base de données géolocalisées OpenStreetMap]]   * [[OSM_interrogation|Interrogation de la base de données géolocalisées OpenStreetMap]]
-  * [[bioinformatic|Bioinformatique]] (manipulations de séquences ADN, ARN, protéines,...) 
   * [[glossaire_chimie|Glossaire de chimie]]   * [[glossaire_chimie|Glossaire de chimie]]
   * [[math_nombres|Mathématiques et nombres]]   * [[math_nombres|Mathématiques et nombres]]
   * [[epidemie_coronavirus|Épidémie du coronavirus COVID-19]]   * [[epidemie_coronavirus|Épidémie du coronavirus COVID-19]]
-  * [[rdkit|RDKit et molécules]] (représentation,...) 
  
 ===== Données chimiques disponibles ===== ===== Données chimiques disponibles =====
Ligne 128: Ligne 140:
     * Canada : [[http://www.statcan.ca/start.html]]     * Canada : [[http://www.statcan.ca/start.html]]
     * UK : [[http://www.data.gov.uk]]     * UK : [[http://www.data.gov.uk]]
-    * Australia : [http://data.gov.au/]]+    * Australia : [[http://data.gov.au/]]
     * USA :     * USA :
       * [[http://www.fedstats.gov/]]       * [[http://www.fedstats.gov/]]
Ligne 249: Ligne 261:
   * Visualisation de la taille d'effet : cf. [[https://rpsychologist.com/d3/cohend/]]   * Visualisation de la taille d'effet : cf. [[https://rpsychologist.com/d3/cohend/]]
   * simulation du [[wp>fr:Problème_de_Monty_Hall|Problème de Monty Hall]] (+ [[wp>Monty_Hall_problem|Monty Hall problem]], [[wp>fr:Paradoxe_des_prisonniers|Paradoxe des prisonniers]])   * simulation du [[wp>fr:Problème_de_Monty_Hall|Problème de Monty Hall]] (+ [[wp>Monty_Hall_problem|Monty Hall problem]], [[wp>fr:Paradoxe_des_prisonniers|Paradoxe des prisonniers]])
 +  * [[https://scipython.com/]] : Learning Scientific Programming with Python avec quelques exemples de programme pouvant être à la base de quelques développements
   * ...   * ...
  
Ligne 254: Ligne 267:
  
 Voir aussi [[https://dvillers.umons.ac.be/wiki/floss:python#applications_en_chimie|ces librairies]]. Voir aussi [[https://dvillers.umons.ac.be/wiki/floss:python#applications_en_chimie|ces librairies]].
 +
 +===== Références générales =====
 +  * [[https://www.eyrolles.com/Informatique/Livre/coder-proprement-9782326002272/|Coder proprement]] Robert C. Martin 2019, Eyrolles
 +  * [[https://levelup.gitconnected.com/21-python-mini-projects-with-codes-c4126e4131e4|21 Python Mini Projects With Code - Get a Speed Boost In Your Python Journey By Building These Amazing Projects]] Abhay Parashar, Medium, 04/01/2021
 +
 +
  • teaching/progappchim/start.1591026845.txt.gz
  • Dernière modification: 2020/06/01 17:54
  • de villersd