teaching:progappchim:rdkit

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RDKit

test-rdkit.py
# from http://ctr.wikia.com/wiki/Depict_a_compound_as_an_image
from rdkit.Chem import AllChem
from rdkit.Chem import Draw
 
smiles = "CN1C=NC2=C1C(=O)N(C(=O)N2C)C"
mol = AllChem.MolFromSmiles(smiles)
 
# technically this step isn't required since the drawing code
# will automatically add a 2D conformation to a molecule that has
# no conformation information, I'm including it to show how to
# generate 2D coords with the RDKit:
AllChem.Compute2DCoords(mol)
 
Draw.MolToFile(mol,"caffeine.png",size=(200,250))
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  • teaching/progappchim/rdkit.1614761644.txt.gz
  • Dernière modification: 2021/03/03 09:54
  • de villersd