Différences

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--- teaching:progappchim:elements_molecules [2014/02/11 03:10] – villersd
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 ====== Éléments et molécules ======
-Les propriétés des éléments chimiques, de molécules peuvent être dressées, listées,... par un programme si on dispose des données.
-[[http://www.lfd.uci.edu/~gohlke/|Christoph Gohlke]] (University of California, Irvine), a écrit deux librairies, [[http://www.lfd.uci.edu/~gohlke/code/elements.py.html|elements.py]] et  [[http://www.lfd.uci.edu/~gohlke/code/molmass.py.html|molmass.py]], pour respectivement accéder aux propriétés des éléments, et calculer les masses moléculaires, compositions élémentaires, spectres de distribution des masses de molécules,... Gohlke fournit également un interface utilisateur graphique sous forme d'un [[http://www.lfd.uci.edu/~gohlke/code/elements_gui.py.html|tableau périodique]], et un [[http://www.lfd.uci.edu/~gohlke/code/molmass_cgi.py.html|interface web]] pour afficher les données sur les masses moléculaires. Tous ces programmes sont mis à disposition aux conditions de la [[http://fr.wikipedia.org/wiki/Licence_BSD|licence BSD]] (licence libre très permissive). Les 4 programmes, dans leur version de mars 2013 sont regroupés dans {{:teaching:progappchim:chimie-formules.zip|cette archive}}.
+Les propriétés des éléments chimiques, de molécules peuvent être dressées, listées,... par un programme si on dispose des données. Celles-ci étant communes à tous les chimistes, et uniquement susceptibles de quelques modifications, il est utile de reprendre une source commune primaire (IUPAC) ou secondaire (comme Wikipedia) plutôt que de redéfinir toutes ces valeurs dans un programme.
+===== Librairie Mendeleev =====
+Consulter la page spécifique sur la [[mendeleev|librairie Mendeleev]]
+La librairie [[https://pypi.org/project/mendeleev/|Mendeleev]] est complète et évoluée
+  * Package repository sur PyPI : [[https://pypi.org/project/mendeleev/]]
+  * Page officielle, description et code source : [[https://github.com/lmmentel/mendeleev]]
+  * Documentation complète : [[https://mendeleev.readthedocs.io/en/stable/]]
+    * Tutoriels : [[https://mendeleev.readthedocs.io/en/stable/tutorials.html]]
+  * Notebook Jupyter (exemples) :
+    * [[https://nbviewer.jupyter.org/github/lmmentel/mendeleev/blob/master/docs/source/notebooks/01_intro_to_mendeleev.ipynb]] (tutoriel introductif)
+    * [[https://nbviewer.jupyter.org/github/lmmentel/mendeleev/blob/master/docs/source/notebooks/02_tables.ipynb]] (accessing the data in bulk)
+    * [[https://nbviewer.jupyter.org/github/lmmentel/mendeleev/blob/master/docs/source/notebooks/03_plotting.ipynb]] (plotting tutorial)
+  * Installation via pip, ou la commande conda, ou l'interface de Anaconda, suivant l'environnement utilisé :
+    * pip install --user mendeleev
+    * conda install -c lmmentel mendeleev=0.6.0
+  * Données utilisables, en ligne : [[http://mendeleev.herokuapp.com/]]
+  *
+===== Librairie Molmass =====
+ [[http://www.lfd.uci.edu/~gohlke/|Christoph Gohlke]] (University of California, Irvine), a écrit une librairie molmass pour accéder aux propriétés des éléments, et calculer les masses moléculaires, compositions élémentaires, spectres de distribution des masses de molécules,... Gohlke fournit également un interface utilisateur graphique sous forme d'un tableau périodique, et un interface web pour afficher les données sur les masses moléculaires. Tous ces programmes sont mis à disposition aux conditions de la [[http://fr.wikipedia.org/wiki/Licence_BSD|licence BSD]] (licence libre très permissive).
+==== Installation ====
+via la commande <code>pip install molmass</code>
+Dans jupyter :
+<code>
+# Install a pip package in the current Jupyter kernel
+import sys
+!{sys.executable} -m pip install molmass
+</code>
+==== Exemples ====
 Voici deux exemples simples de programmes utilisant ces librairies :
-<sxh python; title : molmass-elements-01.py>
+<code python molmass-elements-01.py>
 #!/usr/bin/env python
 # -*- coding: utf-8 -*-
 # utilisations de elements.py & molmass.py
 # source : http://www.lfd.uci.edu/~gohlke/
-from elements import ELEMENTS
+# mars 2020 : adaptation python 3
+from molmass import ELEMENTS
 len(ELEMENTS)
 str(ELEMENTS[109])
 ele = ELEMENTS['C']
-print ele.number, ele.symbol, ele.name, ele.eleconfig
+print(ele.number, ele.symbol, ele.name, ele.eleconfig)
-print ele.eleconfig_dict
+print(ele.eleconfig_dict)
-print sum(ele.mass for ele in ELEMENTS)
+print(sum(ele.mass for ele in ELEMENTS))
 for ele in ELEMENTS:
     ele.validate()
     ele = repr(ele)
-    print ele, type(ele)
+    print(ele, type(ele))
-    raw_input("next ?")
+    input("next ?")
-</sxh>
+</code>
-<sxh python; title : molmass-elements-02.py>
+<code python molmass-elements-02.py>
 #!/usr/bin/env python
 # -*- coding: utf-8 -*-
 # utilisations de elements.py & molmass.py
 # source : http://www.lfd.uci.edu/~gohlke/
+# mars 2020 : adaptation python 3
 from molmass import Formula
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 #f = Formula("H2SO4")
-print f.formula
+print(f.formula)
-print f.empirical
+print(f.empirical)
-print f.mass  # average mass
+print(f.mass)  # average mass
-print f.isotope.massnumber  # nominal mass
+print(f.isotope.massnumber)  # nominal mass
-print f.isotope.mass  # monoisotopic mass
+print(f.isotope.mass)  # monoisotopic mass
-print f.atoms
+print(f.atoms)
-print f.composition()
+print(f.composition())
-print f.spectrum()
+print(f.spectrum())
-</sxh>
+</code>
 Un autre programme, testant plus de possibilités :
-<sxh python; title : molmass-elements-03.py>
+<code python molmass-elements-03.py>
 #!/usr/bin/env python
 # -*- coding: utf-8 -*-
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 # source : http://www.lfd.uci.edu/~gohlke/
 # test des routines sur les formules chimiques
+# mars 2020 : adaptation python 3
 from molmass import *
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     methodList = [method for method in dir(object) if callable(getattr(object, method))]
     processFunc = collapse and (lambda s: " ".join(s.split())) or (lambda s: s)
-    print "\n".join(["%s %s" %
+    print("\n".join(["%s %s" %
                       (method.ljust(spacing),
                        processFunc(str(getattr(object, method).__doc__)))
-                     for method in methodList])
+                     for method in methodList]))
@@ Ligne 73: / Ligne 113: @@
 line='____________________________________________________________'
-print line
+print(line)
-print dir(f)
+print(dir(f))
-print line
+print(line)
-print info(f)
+print(info(f))
-print line
+print(line)
-print f.composition()
+print(f.composition())
-print line
+print(line)
-print f.isotope
+print(f.isotope)
-print line
+print(line)
-print f.isotope.mass
+print(f.isotope.mass)
-print line
+print(line)
-print f.isotope.massnumber
+print(f.isotope.massnumber)
-print line
+print(line)
-print f.mass
+print(f.mass)
-print line
+print(line)
-print f.formula, f.gcd, f.empirical
+print(f.formula, f.gcd, f.empirical)
-print line
+print(line)
-print f.spectrum()
+print(f.spectrum())
-print line
+print(line)
-print f.atoms
+print(f.atoms)
-print line
+print(line)
-print analyze ('CHCl3')
+print(analyze ('CHCl3'))
-print line
+print(line)
-print f, type(f)
+print(f, type(f))
-print line
+print(line)
-</sxh>
+</code>
+==== Librairies initiales de Christoph Gohlke (2005-2013)  ====
+Les propriétés des éléments chimiques, de molécules peuvent être dressées, listées,... par un programme si on dispose des données.
+[[http://www.lfd.uci.edu/~gohlke/|Christoph Gohlke]] (University of California, Irvine), a écrit deux librairies, [[http://www.lfd.uci.edu/~gohlke/code/elements.py.html|elements.py]] et  [[http://www.lfd.uci.edu/~gohlke/code/molmass.py.html|molmass.py]], pour respectivement accéder aux propriétés des éléments, et calculer les masses moléculaires, compositions élémentaires, spectres de distribution des masses de molécules,... Gohlke fournit également un interface utilisateur graphique sous forme d'un [[http://www.lfd.uci.edu/~gohlke/code/elements_gui.py.html|tableau périodique]], et un [[http://www.lfd.uci.edu/~gohlke/code/molmass_cgi.py.html|interface web]] pour afficher les données sur les masses moléculaires. Tous ces programmes sont mis à disposition aux conditions de la [[http://fr.wikipedia.org/wiki/Licence_BSD|licence BSD]] (licence libre très permissive). **Les 4 programmes, dans leur version de mars 2013 sont regroupés dans {{:teaching:progappchim:chimie-formules.zip|cette archive}}**.