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- python (floss)plugin-autotooltip__default plugin-autotooltip_bigPython : quelques références, trucs et astuces
FIXME : à ajouter :
* Python Resources for Everybody * Asabeneh/30-Days-Of-Python: 30 days of Python programming challenge is a step-by-step guide to learn the Python programming language in 30 days. This challenge may take more than100 days, follow your own pace. * geekcomputers/Python: My Python Examples * crazyguitar/pysheeet: Python Cheat Sheet * dabeaz-course/practical-python: Practical Python Programming (course by @dabeaz) * Wel… - r_python (floss)plugin-autotooltip__default plugin-autotooltip_bigRéférences spécifiques concernant R et Python
* Rpy2
Références générales sur R
* R, site web officiel * Comprehensive R archive network * An Introduction to R * Rstudio, éditeur spécialisé pour R * rOpenSci
Dans les media
* Programming tools: Adventures with R, Article Nature janvier 2015 - activestateselection (fl…thon)plugin-autotooltip__default plugin-autotooltip_bigSélection de codes Python du site ActiveState
Site :
* Draw Text To Image * Mandelbrot Fractal image output to ppm file * Find Duplicate Files * Teach your computer a few tricks (Artificial Neural Network) * Game of Life - Python 3.4 & tkinter * 2D Fluid Simulation using FHP LGCA (Lattice Gas Cellular Automata) * Simple Linear Regression with Pure Python * All in one Area Calculator (tkinter & Python 3) * Rotatable Tetrahedr… - cairo-tutoriel (floss:python)plugin-autotooltip__default plugin-autotooltip_bigTutoriel sur Cairo pour les programmeurs Python
Texte original en anglais de Michael Urman.
Cairo est une puissante bibliothèque graphique 2D.
Ce document vous présente la façon dont fonctionne Cairo et la plupart des fonctions que vous utiliserez pour créer le graphisme que vous désirez. - codes_astuces (floss:python)plugin-autotooltip__default plugin-autotooltip_bigQuelques codes astucieux
N.B. : codes glanés sur des forums, canaux IRC, mailing lists, ... (et parfois créés). Les codes de cette page sont normalement pythoniques, et à considérer sous licence cc0, sauf mention contraire.
Effacer les lignes vides dans un fichier - faq (floss:python)plugin-autotooltip__default plugin-autotooltip_bigQuestions fréquentes
FIXME :
* How to print in Python without newline or space? - pip-pypi (floss:python)plugin-autotooltip__default plugin-autotooltip_bigInstaller facilement des modules python
AnacaondaPythonxy ...
Introduction
Des modules additionnels de Python peuvent être installés via des sites qui les proposent. Il s'agit de :
* créateurs de programmes, librairies * firmes ou associations qui proposent des ensembles cohérents (comme
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- pythonplugin-autotooltip__default plugin-autotooltip_bigPython : quelques références, trucs et astuces
FIXME : à ajouter :
* Python Resources for Everybody * Asabeneh/30-Days-Of-Python: 30 days of Python programming challenge is a step-by-step guide to learn the Python programming language in 30 days. This challenge may take more than100 days, follow your own pace. * geekcomputers/Python: My Python Examples * crazyguitar/pysheeet: Python Cheat Sheet * dabeaz-course/practical-python: Practical Python Programming (course by @dabeaz) * Wel… @floss - ====== Python : quelques références, trucs et astuces ====== FIXME : à ajouter : * [[https://learnbyexample.github.io/py_resources/beginners.html|Python Resources for Everybody]] * [[https://github.com/Asabeneh/30-Days-Of-Python|Asabeneh/30-Days-Of-Python: 30 days of Python programming challenge is a step-by-step guide to learn the
- notions_fondamentalesplugin-autotooltip__default plugin-autotooltip_bigNotions fondamentales
Aide mémoire synthétique sur le langage Python.
Règles de base
Ces règles peuvent être testées via le mode interactif de Python (en utilisant la fenêtre “Shell” ou console de l'éditeur Idle ou Idle3 par exemple). @teaching:progappchim - es ====== Aide mémoire synthétique sur le langage Python. ===== Règles de base ===== Ces règles peuvent être testées via le mode interactif de Python (en utilisant la fenêtre "Shell" ou console de l'... re de gauche à droite ==== Scripts ou programmes Python, où les conserver, et comment les nommer : ==== i... e calcul, utilisation graphique, interface,...). Python propose des lignes directrices sur le style d'écr
- notions_avanceesplugin-autotooltip__default plugin-autotooltip_bigNotions avancées
En construction. Les liens sont juste donnés. Une introduction et un exemple devrait être proposé pour chaque rubrique, et le nombre de ces rubriques augmenté.
Itérateurs
Itertools, zip,...
* 7 Levels of Using the Zip Function in Python * itertools.cycle() est une méthode utile pour répéter ou parcourir sans fin les éléments d'une liste ou d'une table itérativitertools.accumulate() @teaching:progappchim - chtofreedom/7-levels-of-using-the-zip-function-in-python-a4bd22ee8bcd|7 Levels of Using the Zip Function in Python]] * itertools.cycle() est une méthode utile pou... rmatique/cours/pratiques-avancees-et-meconnues-en-python/les-generateurs-2]] * [[http://feldboris.alwaysdata.net/blog/python-les-iterateurs-et-les-generateurs-fr.html]] * [
- matplotlib_simpleplugin-autotooltip__default plugin-autotooltip_bigLes bases de Matplotlib, une librairie pour réaliser des graphiques 2D
Matplotlib est une bibliothèque très puissante du langage de programmation Python destinée à tracer et visualiser des données sous formes de graphiques. Elle est souvent combinée avec les bibliothèques python de calcul scientifique : @teaching:progappchim - thèque très puissante du langage de programmation Python destinée à tracer et visualiser des données sous ... Elle est souvent combinée avec les bibliothèques python de calcul scientifique : * [[http://www.numpy.o... ttps://towardsdatascience.com/5-quick-facts-about-python-matplotlib-53f23eab6d31]] ===== Installation ===... naconda]] ou [[http://code.google.com/p/pythonxy/|Python (x, y)]] * Sous GNU/Linux, on peut aussi n'inst
- activestateselectionplugin-autotooltip__default plugin-autotooltip_bigSélection de codes Python du site ActiveState
Site :
* Draw Text To Image * Mandelbrot Fractal image output to ppm file * Find Duplicate Files * Teach your computer a few tricks (Artificial Neural Network) * Game of Life - Python 3.4 & tkinter * 2D Fluid Simulation using FHP LGCA (Lattice Gas Cellular Automata) * Simple Linear Regression with Pure Python * All in one Area Calculator (tkinter & Python 3) * Rotatable Tetrahedr… - ====== Sélection de codes Python du site ActiveState ====== Site : [[http://code.activestate.com/recipes/langs/python/]] * [[http://code.activestate.com/recipes/579... /code.activestate.com/recipes/578928-game-of-life-python-34-tkinter|Game of Life - Python 3.4 & tkinter]] * [[http://code.activestate.com/recipes/578924-2d-flui
- tkinter_gui_simpleplugin-autotooltip__default plugin-autotooltip_bigLes bases d'un interface graphique avec Tkinter
Quelques références de base pour utiliser Tkinter
* Documentation officielle : * Les interfaces graphiques TK * tkinter — interface Python à Tcl/Tk, reprenant quelques références recommandées * Python 3 avec Tk intègre également les extensions @teaching:progappchim - * Documentation officielle : * [[https://docs.python.org/3/library/tk.html|Les interfaces graphiques TK]] * [[https://docs.python.org/3/library/tkinter.html|tkinter — interface Python à Tcl/Tk]], reprenant quelques références recommandées * Python 3 avec Tk intègre également les extensions [[http
- methcalchimplugin-autotooltip__default plugin-autotooltip_bigCalculation methods applied to chemistry
Synopsis (english)
Mathematical prerequisites
Programming bases and tools
* Python programming language * LearnPython.org interactive tutorial with code execution * DataCamp free course "Intro to Python for Data Science" * Python 3 Tutorial, interactive, with code use in web browser * MOOCs (massive open online courses) : @teaching:methcalchim - es==== ==== Programming bases and tools ==== * Python programming language * [[http://www.learnpyth... * [[https://www.datacamp.com/courses/intro-to-python-for-data-science|DataCamp free course "Intro to Python for Data Science"]] * [[https://www.sololearn.com/Course/Python/|Python 3 Tutorial]], interactive, with [[https:/
- pandasplugin-autotooltip__default plugin-autotooltip_bigPandas
Module pour l'analyse de données, pouvant se substituer à l'utilisation d'un tableur. Une différence fondamentale de la librairie pandas avec NumPy, c'est que les tableaux NumPy (NumPy arrays) ont le même type (dtype) pour le tableau entier, tandis que les tableaux pandas (pandas DataFrames) sont caractérisés par un type unique (dtype) par colonne.$X$$x$$P(x)$$X$$x$$x_1, x_2, x_3, ...$$X$$P(x_i)$$X$$x$$P(x)$$x$$x+dx$$P(x)$$x$$P(x) dx$$P(x) dx = P(x \le X < x+dx)$$P(x_i) \ge 0$$x_i$$P(x) … @teaching:progappchim - n]] * [[https://www.datacamp.com/community/blog/python-pandas-cheat-sheet|Pandas Cheat Sheet for Data Science in Python]] ===== Applications, exemples ===== ==== Préam... r sur la documentation officielle) * ... <code python jse-dataset-body-dimensions-read-10.py> #!/usr/bin/env python3 # -*- coding: utf-8 -*- """ Created on Tue Mar
- presentation_principesplugin-autotooltip__default plugin-autotooltip_bigProgrammer en Python
~~REVEAL transition=convex&controls=1&show_progress_bar=1&build_all_lists=1&open_in_new_window=1~~
Programmer en Python
Généralités
* Qu'est-ce qu'un langage de programmation ? * Compilation ou interprétation, ou... ?
Rôle des langages de programmation @teaching:progappchim - ts=1&open_in_new_window=1~~ ====== Programmer en Python ====== ===== Généralités ===== * Qu'est-ce qu... ées, sans devoir les approfondir * Java, C++, Python, perl, Ruby. . .sont les plus connus * Des lang... viter la phase lente de compilation </WRAP> ==== Python / Langages à Bytecodes ==== <WRAP group> <WRAP ha... owchartjs default> box1=>operation: Code source Python (.py) → Compilation box2=>operation: Python B
- progappchimplugin-autotooltip__default plugin-autotooltip_bigProgrammation appliquée à la chimie
Le cours “Programmation appliquée à la chimie” de bachelier en sciences chimiques (15 H cours et 15 H exercices, bloc2) utilise deux supports : - e les contributions à cpython, le cœur du langage Python : [[https://lukasz.langa.pl/f15a8851-af26-4e94-a4... es de base,...) ===== * {{:teaching:progappchim:python-overview-3.pdf|Présentation et principes de base de la programmation en Python, avec quelques applications}} + [[codes_presentat... ation et principes de base de la programmation en Python, avec quelques applications]]** (version wiki)
- pip-pypiplugin-autotooltip__default plugin-autotooltip_bigInstaller facilement des modules python
AnacaondaPythonxy ...
Introduction
Des modules additionnels de Python peuvent être installés via des sites qui les proposent. Il s'agit de :
* créateurs de programmes, librairies * firmes ou associations qui proposent des ensembles cohérents (comme @floss:python - ====== Installer facilement des modules python ====== <note important>L'installation préalable de distrib... == Introduction ===== Des modules additionnels de Python peuvent être installés via des sites qui les prop... nérant des conflits,... aussi le site officiel de Python a créé un catalogue et des archives de librairies Python, imitant en cela les grands sites d'archives comm
- numpy_simpleplugin-autotooltip__default plugin-autotooltip_bigLes bases de NumPy
NumPy est une extension du langage de programmation Python, destinée à manipuler des matrices ou tableaux multidimensionnels ainsi que des fonctions mathématiques opérant sur ces tableaux.
Chaque élément d'un tableau numpy occupe un nombre fixe d'octets, associé à un type particulier de donnée (data-type, ou dtype). Les types les plus courants incluent les entiers, bytes, entiers courts, booléens, nombres en virgule flottante, nombres complexes, @teaching:progappchim - mPy est une extension du langage de programmation Python, destinée à manipuler des matrices ou tableaux mu... mériques ===== On convertit facilement des listes Python en tableau numpy. Essayez ceci : <code python> import numpy as np a = np.array([[1,2],[3,4]]) print(a) pr... ist|cette ancienne documentation]]. </note> <code python arrays_01.py> #! /usr/bin/env python # -*- coding
- algos_entiersplugin-autotooltip__default plugin-autotooltip_bigAlgorithmes sur entiers
cf....... Cette page reprend quelques grands algorithmes classiques sur les nombres entiers, et introduit quelques algorithmes ayant des applications en chimie.
Recherche du PGCD (plus grand commun diviseur)
Explication géométrique : en comprenant un nombre entier comme une longueur et un couple d'entiers (a,b) comme un rectangle, leur PGCD est la longueur du côté du plus grand carré permettant de carreler entièrement ce rectangle. L'algorithme d'Euclide décompose ce re… @teaching:progappchim - .A9om.C3.A9triques|ici]] !**). Cela donne ceci en Python : <code python pgcd.py> #!/usr/bin/env python # -*- coding: UTF-8 -*- def gcd(a, b): """Calculate the Greatest Commo... ions/11175131/code-for-greatest-common-divisor-in-python]] * [[https://docs.python.org/dev/library/fract
- plotly_simpleplugin-autotooltip__default plugin-autotooltip_bigLes bases de Plotly
Plotly (
Références
* plot.ly, le site officiel - ils analytiques et de visualisation. La librairie python Plotly permet de créer des graphes dans l'environ... ter ===== Références ===== * [[https://plot.ly/python/|plot.ly]], le site officiel * [[wp>Plotly]] * [[https://plot.ly/python/|Plotly Python Open Source Graphing Library]] * [[https://plot.ly/python/ipython-notebook-tutorial/|Jup
- cairo-tutorielplugin-autotooltip__default plugin-autotooltip_bigTutoriel sur Cairo pour les programmeurs Python
Texte original en anglais de Michael Urman.
Cairo est une puissante bibliothèque graphique 2D.
Ce document vous présente la façon dont fonctionne Cairo et la plupart des fonctions que vous utiliserez pour créer le graphisme que vous désirez. @floss:python - ====== Tutoriel sur Cairo pour les programmeurs Python ====== //Texte original en anglais de Michael Urma... org/snapshots/|Cairo]] lui-même, - [[http://www.python.org/download/|Python]] pour exécuter les morceaux de code, et - [[http://cairographics.org/snapshots/|P... all.net/mu/wiki/CairoTutorial|"Cairo Tutorial for Python Programmers"]], avec l'aimable autorisation de l'
- ppooplugin-autotooltip__default plugin-autotooltip_bigProgrammation Python Orientée Objet
FIXME : en construction
Concepts utilisés
* Un objet : c'est... n'importe quoi, qui peut être codé. En Python, tout est objet ! * Une classe est une description générique d'un type d'objet, incluant les données et les méthodes qui le caractérisent @teaching:progappchim - trucs_astucesplugin-autotooltip__default plugin-autotooltip_bigTrucs et astuces
* Fusionner deux dictionnaires * 0 Python Best Practices, Tips, And Tricks - Improve your Python knowledge and skills Erik van Baaren, Medium, Jan 5, 2020 * Apply These 4 Techniques To Write Concise Python Code - Write Python code in a Pythonic way, Yong Cui, Medium, 09/03/2021 * Python refactoring tips for cleaner code, Pralabh Saxena, Medium, Jul 26 2021 * 10 Python Snippets I Use Every Day - A few Python snippets - from sorting to list comprehensions - that I use n… @teaching:progappchim - config_ubuntuplugin-autotooltip__default plugin-autotooltip_bigConfiguration type d'un PC sous Ubuntu
Présentation générale de Ubuntu :
Configuration pour usage général et scientifique.
Ubuntu 16.04.1 LTS (i386 ou AMD64) Xenial Xerus
*
à suivre...
Ubuntu 14.04 LTS (i386 ou AMD64) Trusty Tahr - simulations_random_walks_codesplugin-autotooltip__default plugin-autotooltip_bigSimulations numériques de marches aléatoires : programmes en Python
Génération de nombres aléatoires
#!/usr/bin/python # -*- coding: utf-8 -*- """ cf. documentation cf http://docs.python.org/library/random.html random number generation - génération de nombres aléatoires functions of interest : choice, randint, seed """
from random import *
facepiece = ['pile','face'] valeurpiece = [0.01,0.02,0.05,0.1,0.2,0.5,1.,2.]
for i in range(1): # choice : random choice of an element from a lis… @teaching:exos - anacondaplugin-autotooltip__default plugin-autotooltip_bigAnaconda
* Distribution python libre et multiplateforme (Windows, GNU/Linux, Mac OS), avec le système de Notebook web Jupyter en prime… Si les conditions sont limitées (matériel, réseau,…), il peut être plus intéressant d'installer la version @floss - config_xubuntu-16.04plugin-autotooltip__default plugin-autotooltip_bigConfiguration type d'un PC sous Xubuntu 16.04
* Configuration pour usage général et scientifique * Téléchargement :
Installation
* Bios/UEFI - initinfoplugin-autotooltip__default plugin-autotooltip_bigInitiation à l'informatique
Cours libre en ligne à destination des étudiants de la section chimie. Si vous avez des questions ou souhaits de compléments d'informations, ou d'ajouts de rubriques, vous pouvez utiliser ce formulaire de contact.
Les bases de l'informatique @teaching - epidemie_coronavirusplugin-autotooltip__default plugin-autotooltip_bigÉpidémie du coronavirus COVID-19
Références :
* Coronavirus disease 2019 * Maladie à coronavirus 2019 * Coronavirus COVID-19 Global Cases by Johns Hopkins CSSE * Coronavirus (COVID-19) Mortality Rate * data :
Programmes de représentations
FIXME
Quelques simulations SEIR effectuées par des scientifiques :
* Marius Gilbert (ULB/FNRS, Spatial Epidemiology lab (SpELL), - tesseractplugin-autotooltip__default plugin-autotooltip_bigTesseract
FIXME
* Big $$$: OCR Scanned PDFs with Pytesseract and Imagemagick - A Step-by-Step Guide for Windows and Mac Yancy Dennis, Medium, 23/03/2023
old stuff...
tesseract
* - bioinformaticplugin-autotooltip__default plugin-autotooltip_bigBioinformatique
Un des objectifs majeurs de la bioinformatique réside dans l'étude automatique de séquences, principalement de l'ADN et de protéines,...
Ces séquences sont accessibles librement et publiquement, notamment par ces deux sources :
Voir aussi le site @teaching:progappchim - plot_sinus_cosinusplugin-autotooltip__default plugin-autotooltip_bigGraphe simple de sinus et cosinus
On montre en détail comment réaliser une représentation graphique simple des fonctions sinus et cosinus. Au départ le graphique utilisera les réglages par défaut et la figure sera ensuite améliorée pas à pas en commentant les instructions matplotlib utilisées. @teaching:progappchim - polynomes-10plugin-autotooltip__default plugin-autotooltip_bigPolynômes : fonctionnalités supplémentaires
Voici quelques fonctions utiles pour manipuler les polynômes :
Dérivation
Proposé et testé par RL, étudiant ba2 2012-2013.
#!/usr/bin/env python # -*- coding: utf-8 -*- def polyderiv(a): """ dérivation d'un polynôme """ b = a[:] #copie de la liste des coefficients du polynôme de départ n = len(b) -1 #ordre du polynôme for i in range (n+1): b[i] = b[i] * i #on redéfinit chaque coefficient i de la liste par ce… @teaching:progappchim - analyse_imagesplugin-autotooltip__default plugin-autotooltip_bigAnalyse d'images
Le traitement d'images permet de transformer des images. L'analyse d'images permet d'extraire des informations contenues dans une image. Il est aussi possible d'effectuer des tâches plus complexes de reconnaissance et d'analyse de scènes. @teaching:progappchim - csvplugin-autotooltip__default plugin-autotooltip_bigLire et écrire des fichiers de données csv
pandas Les fichiers csv sont des fichiers de données séparées par des virgules (ou point-virgules), pour “comma separated values”. Comme ceci :
1;0.1;3 2;0.3;5 3;0.5;7 4;0.6;11 5;0.9;21 6;1.5;39
Ils peuvent être facilement importés ou exportés de tableurs ou logiciels de graphiques scientifiques. @teaching:progappchim - jupyterplugin-autotooltip__default plugin-autotooltip_bigJupyter, IPython Notebooks et JupyterLab
* Jupyter a succédé à IPython Notebook * Jupyter est installé par défaut avec la distribution python Anaconda. C'est la manière la plus adéquate d'utiliser Jupyter. * Sinon, on peut utiliser facilement les notebooks Jupyter sur la plateforme @teaching:progappchim - trisplugin-autotooltip__default plugin-autotooltip_bigAlgorithmes de tri
Un algorithme de tri est, en informatique ou en mathématiques, un algorithme qui permet d'organiser une collection d'objets selon un ordre déterminé (Référence wikipedia).
Les tris sont intéressants du point de vue de l'apprentissage de l'algorithmique. @teaching:progappchim - revision_cheat_sheetsplugin-autotooltip__default plugin-autotooltip_bigRevision & cheat sheets
Orphan page
* Revision sheet - revision sheets * Cheat sheet - cheat sheets
FIXME
Chimie
Cheat Sheets de G.I.T. Laboratory Journal
* Lien général :
Physique
* - factorielle-3plugin-autotooltip__default plugin-autotooltip_bigFactorielle : une fonction en Python
Voici une version avec la fonction factorielle()
#! /usr/bin/env python # -*- coding: utf-8 -*- """ Calcul de la factorielle d'un nombre Référence : http://fr.wikipedia.org/wiki/Factorielle """ def factorielle(arg_n): """ structure de répétition pour appliquer la définition de la factorielle """ reponse = 1 # la réponse sera dans la variable reponse i = 1 # on va commencer par 1 while i <= arg_n: … @teaching:progappchim - codes_presentationplugin-autotooltip__default plugin-autotooltip_bigCodes de la présentation
Turtle
Cf. la documentation officielle.
#!/usr/bin/python # -*- coding: UTF-8 -*-
# exemple de base turtle # from turtle import * import sys import time
reset() x=-100 y=-100 i=0 while i < 10: j=0 while j <10: up() goto(x+i*20,y+j*20) down() fill(1) n=0 while n <4 : forward(16) left(90) n=n+1 color([i*0.1,j*0.1,0]) fill(0) color(0,0,0) j=j+1 … @teaching:progappchim - suite_de_fibonacci-2plugin-autotooltip__default plugin-autotooltip_bigSuite de Fibonacci : un premier programme
Voici un embryon non fonctionnel de programme. Il y manque alors des éléments (à la place des “???”)
#! /usr/bin/env python # -*- coding: utf-8 -*- """ Calculs des premiers éléments de la suite de Fibonacci. Référence : http://fr.wikipedia.org/wiki/Suite_de_Fibonacci """ # élément d'indice 0 i = 0 a = 0 print(i,a) # élément d'indice 1 i = 1 b = 1 print(i,b)
# structure de répétition pour appliquer la règle de récurrence max = 100 # indice du dernier … @teaching:progappchim - mendeleevplugin-autotooltip__default plugin-autotooltip_bigLibrairie Mendeleev
La librairie Mendeleev est complète et évoluée
* Package repository sur PyPI :
* Notebook Jupyter (exemples) : * - polynomes-7plugin-autotooltip__default plugin-autotooltip_bigPolynômes : comment les multiplier par un scalaire et les additionner
#!/usr/bin/env python # -*- coding: UTF-8 -*- """ écriture d'un programme pour évaluer des polynomes + fonction de multiplication d'un polynôme pas un scalaire + fonction d'addition de deux polynômes """ from math import *
def polyeval(x,a): """ application de l'agorithme de Horner cf. http://fr.wikipedia.org/wiki/M%C3%A9thode_de_Ruffini-Horner """ n = len(a) - 1 # n = ordre du polynôme p =0. for… @teaching:progappchim - polynomes-12plugin-autotooltip__default plugin-autotooltip_bigUtilisation de polynômes orthogonaux avec NumPy
Voici un programme permettant d'obtenir le même graphe que celui obtenu précédemment, en utilisant les modules spécifiques de NumPy. Cet exemple montre tout l'intérêt d'utiliser des modules pré-existants. Le programme est réduit à 3 lignes pour l'importation, 4 pour la création des graphes et 4 pour commander la représentation. @teaching:progappchim - print_formatplugin-autotooltip__default plugin-autotooltip_bigImpressions avec la méthode .print()
FIXME :
* à compléter par les règles essentielles et quelques exemples * F-strings introduite depuis Python 3.6
Références
* - suite_de_fibonacci-4plugin-autotooltip__default plugin-autotooltip_bigSuite de Fibonacci : encore un algorithme
Voici le programme complété pour la technique récursive :
#! /usr/bin/env python # -*- coding: utf-8 -*- """ Calculs des premiers éléments de la suite de Fibonacci. Référence : http://fr.wikipedia.org/wiki/Suite_de_Fibonacci Application de la définition par récursivité. """ def fibonacci_item_recursive(n): """ Renvoie l'élément d'indice n de la suite de Fibonacci """ if n == 0: return 0 elif n == 1: return 1 ret… @teaching:progappchim - informatiqueplugin-autotooltip__default plugin-autotooltip_bigInformatique appliquée (programmation, méthodes numériques,...)
Cours, exercices et stages :
* Programmation appliquée à la chimie (bachelier en sciences chimiques, deuxième année, 15 H cours et 15 H exercices) * Calculation methods applied to chemistry / Méthodes de calcul appliqué à la chimie (1er et 2ème master en sciences chimiques, 15 H cours et 15 H TP, en option) @teaching - bokeh_simpleplugin-autotooltip__default plugin-autotooltip_bigLes bases de Bokeh, une librairie pour des visualisations interactives dans un navigateur web
* page d'entrée sur Bokeh * User guide * Galerie d'exemples * Bokeh dans les Jupyter notebooks * Bokeh tutorial in live Jupyter Notebooks * Reference guide
* Réseaux sociaux : * Twitter * GitHub * Youtube
Exemples scientifiques
* Interactions sur la fonction sinus (amplitude, décalage vertical, fréquence, déphasage) + @teaching:progappchim - elements_moleculesplugin-autotooltip__default plugin-autotooltip_bigÉléments et molécules
Les propriétés des éléments chimiques, de molécules peuvent être dressées, listées,... par un programme si on dispose des données. Celles-ci étant communes à tous les chimistes, et uniquement susceptibles de quelques modifications, il est utile de reprendre une source commune primaire (IUPAC) ou secondaire (comme Wikipedia) plutôt que de redéfinir toutes ces valeurs dans un programme. @teaching:progappchim - openbabel_jmolplugin-autotooltip__default plugin-autotooltip_bigOpenBabel et Jmol
OpenBabel
OpenBabel est un ensemble de programme permettant de manipuler et convertir les fichiers de description de molécules dans différents formats.
* Site officiel :
Pour utiliser OpenBabel en python, il faut installer au préalable ces outils. Sous Linux (Debian, Ubuntu, - suite_de_fibonacci-3plugin-autotooltip__default plugin-autotooltip_bigSuite de Fibonacci : écriture de fonctions
Voici la structure que doit avoir un programme pour lequel le calcul de l'élément d'indice n de la suite de Fibonacci est encapsulé dans une fonction :
#! /usr/bin/env python # -*- coding: utf-8 -*- """ Calculs des premiers éléments de la suite de Fibonacci. Référence : http://fr.wikipedia.org/wiki/Suite_de_Fibonacci """ def fibonacci_item(n): """ Renvoie l'élément d'indice n de la suite de Fibonacci """ ...
if __name__ == '__main__'… @teaching:progappchim - thermodynamique_statistique-exercicesplugin-autotooltip__default plugin-autotooltip_bigThermodynamique statistique I et II (exercices)
Bachelier en sciences chimiques, troisième année, 15 H (partie I) et 15h (partie II) d'exercices des cours I et II. Titulaire du cours : P. Damman)
Rappels de probabilités et statistique + quelques applications @teaching:exos - slicesplugin-autotooltip__default plugin-autotooltip_bigSlices sur les séquences
L'utilisation des “slices” ou du “slicing” sur les listes, ou sur tout objet en séquence (tuple, chaîne de caractères, ...) permet de “découper” des sous-listes. Si la séquence s'appelle sequence_name, la syntaxe du slice est : sequence_name[start:stop:step] où start est l'indice du premier élément (par défaut 0), stop est l'indice du premier élément NON REPRIS (par défaut len(seq @teaching:progappchim - articles_didactique_chimieplugin-autotooltip__default plugin-autotooltip_bigSélection d'articles en didactique de la chimie
FIXME à ajouter :
*
Liens rapides :
* - altair_simpleplugin-autotooltip__default plugin-autotooltip_bigles bases de Altair, une librairie graphique interactive
* Altair: Declarative Visualization in Python — Altair 4.1.0 documentation * altair · PyPI * (Tutorial) Altair in Python: Data Visualizations - DataCamp * Python Interactive Data Visualization with Altair - Towards Data Science * Stackoverflow * python - Altair not rendering chart in jupyter notebook - Stack Overflow * python - Not able to display altair charts in jupyter notebook - Stack Overflow @teaching:progappchim - fit_modele_einsteinplugin-autotooltip__default plugin-autotooltip_bigOptimisation de la température caractéristique du diamant suivant le modèle d'Einstein
Ce modèle prévoie la dépendance à la température de la capacité calorifique d’un solide cristallin.
La détermination de la température caractéristique nécessite de @teaching:progappchim - piegesplugin-autotooltip__default plugin-autotooltip_bigPièges à éviter
Quelques pièges à éviter !
Type de données
* travailler avec des nombres et ne pas mettre le point décimal s'ils ont une valeur entière les laissera dans le type 'int'. * Ne pas confondre une liste contenant un nombre, et ce nombre. @teaching:progappchim - suite_de_fibonacci-5plugin-autotooltip__default plugin-autotooltip_bigSuite de Fibonacci : quel est le meilleur algorithme ?
Comparer les temps avec timeit
La librairie timeit mesure les temps d'exécution en évitant des biais tels que l'usage concomitant d'autres ressources.
#! /usr/bin/env python # -*- coding: utf-8 -*- """ Calculs des premiers éléments de la suite de Fibonacci. Référence : http://fr.wikipedia.org/wiki/Suite_de_Fibonacci Comparaison de différentes fonctions avec Timeit http://docs.python.org/2/library/timeit.html http://www.diveintopython.net… @teaching:progappchim - startoldplugin-autotooltip__default plugin-autotooltip_bigDivers
* Formulaire de contact, blog : - tp_simulations_monte-carlo_2019plugin-autotooltip__default plugin-autotooltip_bigTP de simulations de Monte-Carlo, 2019
Séances organisées et gérées par Denis Dumont
Questions
1D Random Walk :
Montrer que la marche aléatoire conduit à des distributions de déplacements équivalente à ce qu'on observe pour la diffusion de composés chimiques. - numerical_methods_for_ordinary_differential_equationsplugin-autotooltip__default plugin-autotooltip_bigIntegration of Ordinary Differential Equations
* Ordinary Differential Equations (ODE, ODEs) * Numerical methods for ordinary differential equations * Euler method * Runge-Kutta methods * « most widely known member of the Runge–Kutta family is generally referred to as “RK4”, “classical Runge–Kutta method” or simply as “the Runge–Kutta method » @teaching:methcalchim - calcul_matriciel_2012plugin-autotooltip__default plugin-autotooltip_bigCalul matriciel
#!/usr/bin/env python # -*- coding: UTF-8 -*- # @teaching:progappchim - factorielle-2plugin-autotooltip__default plugin-autotooltip_bigFactorielle : un premier programme
Voici un embryon non fonctionnel de programme. Il y manque des éléments (à la place des “???”)
#! /usr/bin/env python # -*- coding: utf-8 -*- """ Calcul de la factorielle d'un nombre Référence : http://fr.wikipedia.org/wiki/Factorielle """ # on demande le nombre : print("Calcul de la factorielle de n") chainelue = input("Que vaut n ? ") n = int(chainelue) print(n)
# structure de répétition pour appliquer la définition de la factorielle reponse=1 # la répon… @teaching:progappchim - factorielle-4plugin-autotooltip__default plugin-autotooltip_bigFactorielle : travaux additionnels
Idées d'exercices complémentaires, d'applications.
Utilisation d'un dictionnaire
Il peut être intéressant de précalculer des factorielles qui seront mémorisées dans un dictionnaire.
Comparaison avec l'approximation de Stirling @teaching:progappchim - lennard-jonesplugin-autotooltip__default plugin-autotooltip_bigReprésentation du potentiel de Lennard-Jones
L'utilisation de fonctions en python permet de nombreuses applications par la création de graphiques. En utilisant la “bibliothèque matplotlib/pylab”, vous pourrez donc aisément créer des graphes de fonction.$V_{LJ} = 4\varepsilon \left[ \left(\frac{\sigma}{r}\right)^{12} - \left(\frac{\sigma}{r}\right)^{6} \right] = \varepsilon \left[ \left(\frac{r_{m}}{r}\right)^{12} - 2\left(\frac{r_{m}}{r}\right)^{6} \right]$$r_{m} = 2^{1/6} \sigma$$U_{tot} = \fr… @teaching:progappchim - matricesplugin-autotooltip__default plugin-autotooltip_bigManipulations de matrices
Les matrices sont des tableaux de nombres à deux dimensions. On peut utiliser des listes de lignes, qui sont elles-mêmes des listes d'éléments de la ligne, pour représenter une matrice. On aura donc des listes de listes. @teaching:progappchim - maxwell-boltzmannplugin-autotooltip__default plugin-autotooltip_bigReprésentation de la distribution de vitesse de Maxwell-Boltzmann
Pour la théorie, cf. le cours de physico-chimie ou la page Wikipédia sur la distribution de vitesse de Maxwell-Boltzmann
Sans NumPy#! /usr/bin/env python # -*- coding: utf-8 -*- “”“ NumPy/Matplotib : representation de la distribution de vitesses de Maxwell-Boltzmann version SANS utilisation de NumPy cf cours et @teaching:progappchim - startplugin-autotooltip__default plugin-autotooltip_bigDIDACTIQUE ET FORMATIONS UMONS [DIDACTIQUE ET FORMATIONS UMONS]
Service de Didactique des Disciplines Scientifiques
Agrégation et masters didactiques CAPAES
Ecole de Formation des Enseignants
CHIMIE-PHYSIQUE (enseignements) [CHIMIE-PHYSIQUE (enseignements)] [CHIMIE-PHYSIQUE (enseignements)]
• Enseignements
• PhysicoChimie I
• Thermodynamique statistique (exos)
• Publications intéressantes
• Applications intéressantes
NUMÉRIQUE (enseignements) [NUMÉRIQUE (enseignements)]
… - startnewplugin-autotooltip__default plugin-autotooltip_bigDIDACTIQUE ET FORMATIONS UMONS [DIDACTIQUE ET FORMATIONS UMONS]
Service de Didactique des Disciplines Scientifiques
Agrégation et masters didactiques CAPAES
Ecole de Formation des Enseignants
CHIMIE-PHYSIQUE (enseignements) [CHIMIE-PHYSIQUE (enseignements)] [CHIMIE-PHYSIQUE (enseignements)]
• Enseignements
• PhysicoChimie I
• Thermodynamique statistique (exercices)
• Publications intéressantes
• Applications intéressantes
NUMÉRIQUE (enseignements) [NUMÉRIQUE (enseignements… - startold2plugin-autotooltip__default plugin-autotooltip_big* Formulaire de contact DIDACTIQUE [DIDACTIQUE] ET FORMATIONS UMONS
- config_ubuntu_mateplugin-autotooltip__default plugin-autotooltip_bigConfigurer un Raspberry Pi 3 sous Ubuntu avec l'interface graphique MATE
Utilisation comme poste de travail, d'apprentissage de GNU/Linux et de la programmation.
Matériel nécessaire :
* un Raspberry Pi version 3, avec une alimentation * clavier, souris USB * connexion filaire à internet @floss - config_ubuntu_mate_rpi2plugin-autotooltip__default plugin-autotooltip_bigConfigurer un Raspberry Pi 2 sous Ubuntu avec l'interface graphique MATE
Utilisation comme poste de travail, d'apprentissage de GNU/Linux et de la programmation.
Téléchargement et préparation de la carte microSD
* Matériel nécessaire : * @floss - poker_menteurplugin-autotooltip__default plugin-autotooltip_bigPoker menteur
Au poker menteur, on utilise 5 dés avec des valeurs de 1 à 6, ou 9, 10, valet, dame roi et as.
* En lançant les 5 dés, on peut obtenir des combinaisons particulières classables dans un ordre conventionnel : * rien * une paire * deux paires @teaching:exos - partial_differential_equationplugin-autotooltip__default plugin-autotooltip_bigNumerical solutions of PDE
* Finite element method * Finite volume method * Boundary element method * Spectral method * Multigrid methods * ...
* Numerical partial differential equations
However, the finite difference method can be more easliy applied to a lot of classical PDE. In this method, functions are represented by their values at certain grid points and derivatives are approximated through differences in these values.$$\frac{\partial T}{\partial t} = \kappa\left(\frac{… @teaching:methcalchim - system_of_linear_equationsplugin-autotooltip__default plugin-autotooltip_bigSystem of linear equations
Time_complexityi.e. Theory
* System_of_linear_equations * Gaussian_elimination, Gauss and Gauss-Jordan eliminations (diagonalization, triangularization) * Pivot_element, pivoting * LU_decomposition * Triangular_matrix
* Chapter 2 in the book “Numerical Recipes” : * 2.0 Introduction * 2.1 Gauss-Jordan Elimination @teaching:methcalchim - collection_counter_exempleplugin-autotooltip__default plugin-autotooltip_bigExemple d'utilisation de Counter
Module collections :
*
#!/usr/bin/env python # -*- coding: utf-8 -*- """ Recherche du nombre d'occurences des noms d'auteurs d'un article On copie dans all_authors les noms des auteurs http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/26799652
""" import collections all_authors = "Klionsky DJ, Abdelmohsen K, Abe A, Abedin MJ, Abeliovich H,..."
authors = all_auth… - collection_namedtuple_exempleplugin-autotooltip__default plugin-autotooltip_bigExemple d'utilisation de namedtuple
L'utilisation de namedtuple peut s'avérer plus rapide que la définition de classes (objets) pour gérer des petites structures de données.
La syntaxe de base est : namedtuple(typename, field_names)
* cela crée une sous-classe de namedtuple appelée @teaching:progappchim - courbe_predominance_acide_2013plugin-autotooltip__default plugin-autotooltip_bigCourbe de Prédominance d'un Acide
#!/usr/bin/env python # -*- coding: utf-8 -*- # travail de KH, ba2 chimie 2012-2013 @teaching:progappchim
# Courbe de Prédominance d'un Acide # from math import * import matplotlib.pyplot as plt from Tkinter import * - game_of_life_conway-2012plugin-autotooltip__default plugin-autotooltip_bigJeu de la vie de Conway
Game of Life with Python
#!/usr/bin/env python # -*- coding: utf-8 -*- """A minimal implementation of Conway's Game of Life.
source : http://www.exolete.com/code/life modified by par Jérémie Knoops, BA2 chimie UMONS, 2011-2012 cf. http://fr.wikipedia.org/wiki/Jeu_de_la_vie & http://en.wikipedia.org/wiki/Conway%27s_Game_of_Life Each cell's survival depends on the number of occupied nearest and next-nearest neighbours (calculated in Grid::step). A living cell dies of ov… @teaching:progappchim - osm_interrogationplugin-autotooltip__default plugin-autotooltip_bigInterrogation de la base de données géolocalisées OpenStreetMap
API OSM en Python
* Application Programming Interface, en Python
Installation via pip :
pip(3) install osmapi
Exemple de code
Recherche de débit de boissons (“pub”) via la base de données d'OpenStreetMap.#!/usr/bin/python # -*- coding: UTF-8 -*- @teaching:progappchim - ph-3dplugin-autotooltip__default plugin-autotooltip_bigReprésentation 3D du pH
Cas d'un acide en fonction d'un ajout de base et d'une dilution globale : cf. cet article
#! /usr/bin/env python # -*- coding: utf-8 -*- """ Use of numpy polynomes to compute pH of weak acid and strong base
3D topographic surface generation in the same conditions as the following paper : 3-D Surface Visualization of pH Titration “Topos”: Equivalence Point Cliffs, Dilution Ramps, and Buffer Plateaus" Garon C. Smith, Md Mainul Hossain and Patrick MacCarthy J. Chem. Ed… @teaching:progappchim - ph_acides_bases_2013plugin-autotooltip__default plugin-autotooltip_bigReprésentation de pH d'acides et de bases
Pour les acides :#!/usr/bin/env python # -*- coding: utf-8 -*- # travail de QD et TB, ba2 chimie 2012-2013 @teaching:progappchim
import Tkinter as tk from numpy import * import matplotlib.pyplot as plt - ph_courbe_titrage_2011plugin-autotooltip__default plugin-autotooltip_bigpH et courbe de titrage
#!/usr/bin/env python # -*- coding: utf-8 -*- # Programme de calculs de pH et de courbes de titrages # AD & BW, Ba2 chimie 2010-2011
from math import * from Tkinter import * import matplotlib.pyplot as plt import numpy as np
def pol(): #on définit la fonction pour le bouton "Calcul du pH" try: ca = e0.get() #permet de récupérer les valeurs entrées dans les champs d'entrée par l'utilisateur … @teaching:progappchim - polynomes-2plugin-autotooltip__default plugin-autotooltip_bigPolynômes : évaluation
#!/usr/bin/env python # -*- coding: UTF-8 -*- """ écriture d'un programme pour évaluer des polynômes """
x = 3. # variable en laquelle on veut évaluer le polynôme a = [2.5, 6., 1.2, 3, 5] # la liste des coefficients, par ordre croissant n = len(a) - 1 # l'ordre du polynôme print(x,a,n) p = 0. # initialisation for i in range(n+1): p = p + a[i] * x**i #calcul et addition de chacun des termes
print(p) @teaching:progappchim - representation_molecules_2013plugin-autotooltip__default plugin-autotooltip_bigReprésentation de molécules
Page à actualiser...
Certaines fonctions de ce programme nécessite des fichiers de données : [base.csv] et [bdd.csv]#!/usr/bin/env python # -*- coding: UTF-8 -*- # travail de RL, ba2 chimie 2012-2013 @teaching:progappchim - scipy_simpleplugin-autotooltip__default plugin-autotooltip_bigLes bases de SciPy
La librairie SciPy ajoute à NumPy des fonctionnalités mathématiques.
Directive d'importation
* Méthode standard : import scipy as sp
* Importation par sous-modules (cf le site de Scipy) : from scipy import optimize from scipy import interpolate from scipy import integrate ... @teaching:progappchim - solvents_data_classplugin-autotooltip__default plugin-autotooltip_bigUtilisation d'une "classe" pour des données de solvants chimiques
On peut utiliser la structure de classe pour créer une “table” de données sur des solvants. Il est alors possible d'effectuer des traitements de tris, sélection, impression... @teaching:progappchim - tableau_periodique_2011plugin-autotooltip__default plugin-autotooltip_bigTableau périodique
FIXME : importation de la librairie tkinter à unifier + codes à améliorer
#!/usr/bin/env python # -*- coding: utf-8 -*- # Programme sur le tableau périodique # MJ, Ba2 chimie 2010-2011
from tkinter import * from element_liste import * #sert à importer la liste présente dans l'autre fichier
#création de la commande générale du boutton def elem(x): element=Tk() element.title("Proprietes") listbox=Listbox(element,height=10,width=40,fg="#070942") listbox.pack(… @teaching:progappchim - histogramme_simpleplugin-autotooltip__default plugin-autotooltip_bigHistogramme simple
#! /usr/bin/env python # -*- coding: utf-8 -*- “”“ Matplotib : histogramme simple de nombres aléatoires ”“” from pylab import randn, hist, show #importation simplifiée @teaching:progappchim:matplotlib_gallery - rotateur_biatomiqueplugin-autotooltip__default plugin-autotooltip_bigRotateur biatomique
Cf. cette page.
Code source, en Python 3 :
#!/usr/bin/env python # -*- coding: utf-8 -*- """ Somme d'état (ensemble canonique) de rotation (rotateur biatomique)
Les impressions sont à récrire avec l'instruction format() de python 3 """
from math import exp # on a juste besoin de l'exponentielle import matplotlib.pyplot as plt # directive d'importation standard de Matplotlib
T = 100. # (température réduite = T / Theta) Zrot = 0. # somme d'état Jmax = 30 # valeur … @teaching:progappchim:matplotlib_gallery - bash_scriptsplugin-autotooltip__default plugin-autotooltip_bigScripts Bash utiles
* A Simple Productivity Hack Using Bash Scripts Sebastian Scholl, Medium, 2019 * 5 Bash Syntax For Going Beyond Traditional Shell Scripting - Using modern Bash syntaxes for writing general-purpose programs Shalitha Suranga, 06/06/2022, Medium * Bash vs. Python: For Modern Shell Scripting - Comparing Bash and Python options for modern automation requirements Shalitha Suranga, Medium, 21/02/2023 * Bash Scripting Tutorial Luke Reynolds, 03/04/2023 * Advanced Linux She… @floss - config_raspbian_rpi2plugin-autotooltip__default plugin-autotooltip_bigConfigurer un Raspberry Pi 2 sous Raspbian avec l'interface graphique XFCE
Utilisation comme poste de travail, d'apprentissage de GNU/Linux et de la programmation.
Matériel nécessaire :
* un Raspberry Pi version 2, avec une alimentation * clavier, souris USB @floss - config_raspbian_rpi3plugin-autotooltip__default plugin-autotooltip_bigConfigurer un Raspberry Pi 3 sous Raspbian avec l'interface graphique XFCE
Utilisation comme poste de travail, d'apprentissage de GNU/Linux et de la programmation.
Matériel nécessaire :
* un Raspberry Pi version 3, avec une alimentation * clavier, souris USB * @floss - gestion_agendas_stagesplugin-autotooltip__default plugin-autotooltip_bigGestion des agendas des stages d'enseignement
... Description générale du problème
* des étudiants doivent effectuer des stages dans des écoles secondaires et indiquer l'agenda des périodes données, avec quelques informations sur ces leçons (environ 20-25 étudiants pour une quarantaine de leçons sur deux disciplines) @floss - codes_astucesplugin-autotooltip__default plugin-autotooltip_bigQuelques codes astucieux
N.B. : codes glanés sur des forums, canaux IRC, mailing lists, ... (et parfois créés). Les codes de cette page sont normalement pythoniques, et à considérer sous licence cc0, sauf mention contraire.
Effacer les lignes vides dans un fichier @floss:python - faqplugin-autotooltip__default plugin-autotooltip_bigQuestions fréquentes
FIXME :
* How to print in Python without newline or space? - paradoxe_anniversairesplugin-autotooltip__default plugin-autotooltip_bigParadoxe des anniversaires
Énoncé
* Quelle est la probabilité qu'au moins deux personnes aient leur anniversaire le même jour dans un groupe de 40 personnes ?
Solution
Il est plus simple de passer par le calcul de la probabilité complémentaire Pcomp(N), que toutes les N personnes présentes aient leur anniversaire des jours différents. Si on considère une personne à la fois, on multipliera les probabilités indépendantes d'$1-\frac{N!/(N-k)!}{N^k}$ @teaching:exos - sequences_brins_adnplugin-autotooltip__default plugin-autotooltip_bigSéquences de brins d'ADN
L'ADN (acide désoxyribonucléique) est constitué d'une suite de nucléotides qui existent en quatre types différents (notés A, C, G et T), du nom des bases adénine (A), cytosine (C), guanine (G) et thymine (T). Les brins s'associent en double hélice par une reproduction assurant une correspondance par paires, A et T d'une part, G et C d'autre part. @teaching:exos - eigenvalues_and_eigenvectorsplugin-autotooltip__default plugin-autotooltip_bigEigenvalues and eigenvectors
* Eigenvalues and eigenvectors * Important matrix properties * Hermitian, orthogonality,...
* Eigenvalue algorithm * Power iteration, a simple numerical algorithm producing a number $\lambda$, the greatest (in absolute value) eigenvalue of a matrix $A$, and the corresponding eigenvector $v$$Av=\lambda v$ @teaching:methcalchim - algos_graphesplugin-autotooltip__default plugin-autotooltip_bigAlgorithmes de graphes
Références diverses
* - chempyplugin-autotooltip__default plugin-autotooltip_bigChemPy
*
#!/usr/bin/env python3 # -*- coding: utf-8 -*- """ Created on Tue May 4 10:25:51 2021
@author: villersd Librairie chempy : https://pypi.org/project/chempy/#documentation https://github.com/bjodah/chempy installation Linux : conda install -c bjodah chempy pytest installation Windows & OS X : python -m pip install chempy pytest python -m pytest -rs -W ignore::chempy.ChemPyDeprecationWarning --pyargs chempy """ from … - dictionaries_adn_arn_proteinplugin-autotooltip__default plugin-autotooltip_bigTraduction ADN-ARN-protéine
Avec l'interface Tk. Voir aussi le programme Traduction de l'ADN en séquence d'acides aminés (protéine) : utilisation d'un dictionnaire (type Python)#!/usr/bin/env python # -*- coding: utf-8 -*- “”“ Traduction de codes ADN en ARN et protéine. Basé sur le travail de NR et CVDD, ba2 chimie 2013-2014 @teaching:progappchim - dictionary_adn_proteinplugin-autotooltip__default plugin-autotooltip_bigTraduction de l'ADN en séquence d'acides aminés
#!/usr/bin/env python # -*- coding: iso-8859-1 -*- @teaching:progappchim
# python code to translante DNA sequences into proteins # traduction de l'ADN en séquence d'acides aminés (protéine) - fizz_buzzplugin-autotooltip__default plugin-autotooltip_bigFizz buzz
Fizz buzz est un jeu de comptage et de divisibilité conçu pour des enfants. Les joueurs comptent à tour de rôle en incrémentant, partant de 1, et remplaçant chaque nombre divisible par 3 par le mot “fizz”, et chaque mot divisible par 5 par le mot @teaching:progappchim - koch_snowflakeplugin-autotooltip__default plugin-autotooltip_bigFlocon de Koch
Courbe fractale créée suivant un principe de récursivité, en utilisant la librairie turtle
#!/usr/bin/env python # -*- coding: iso-8859-1 -*-
# exemple de courbe fractale (Koch) # cf. http://fr.wikipedia.org/wiki/Flocon_de_von_Koch # et http://en.wikipedia.org/wiki/Koch_snowflake # ce programme est basé sur un principe de récursivité # (une fonction qui s'appelle elle-même)
from turtle import * # module turtle. Doc : http://docs.python.org/library/turtle.html from time impo… @teaching:progappchim - polynomesplugin-autotooltip__default plugin-autotooltip_bigPolynômes
Travail avec des polynômes :
* un polynôme est une fonction * un polynôme est caractérisé de manière univoque par ses coefficients * le degré d'un polynôme est l'exposant qui caractérise le terme de puissance la plus élevée @teaching:progappchim - scikit_learnplugin-autotooltip__default plugin-autotooltip_bigScikit-learn
*
FIXME : ajouter des exemples avec analyse de textes contenant des termes scientifiques, des noms de substances chimiques,...
* Scikit-chem, simple cheminformatics for Python * MolMiner, for extracting compounds from scientific literature * - solubilite_ph_tplugin-autotooltip__default plugin-autotooltip_bigSolubilité en fonction du pH et de la température
Interface en ligne de commande et graphiques matplotlib
Nécessite [ce fichier de données] (à décompresser).#!/usr/bin/env python # -*- coding: utf-8 -*- “”“ @teaching:progappchim - urllibplugin-autotooltip__default plugin-autotooltip_bigLecture du code source d'une page web via la librairie urllib
#!/usr/bin/env python # -*- coding: utf-8 -*- """ exemple de programme pour obtenir le code d'une page avec la librairie urllib source : https://realpython.com/python-web-scraping-practical-introduction/
""" from urllib.request import urlopen
site_url = 'https://dvillers.umons.ac.be/wiki/page_simple' page = urlopen(site_url) print(page) # page est un objet urllib
html_bytes = page.read() html = html_bytes.decode("utf-8") # html … @teaching:progappchim - flossplugin-autotooltip__default plugin-autotooltip_bigLogiciels libres
* Répertoire de logiciels * Python * LaTeX * Linux * Windows & applications portables
Autant que possible, j'utilise et je recommande l'utilisation de logiciels libres. Je suis impliqué dans l'organisation d'un cycle de conférences à Mons, chaque troisième jeudi du mois : Les Jeudis du Libre de Belgique à Mons
Je suis également membre actif de l'A.S.B.L. - jupyter_presentation_20180316plugin-autotooltip__default plugin-autotooltip_bigUn cours à rejouer, avec Jupyter
Journée des enseignants, UMONS, 16/03/2018
* Titre : « Un cours à rejouer, avec Jupyter » * Didier VILLERS,
......
Synthétiquement : Jupyter Notebooks
* Serveur Web + langages de programmation et librairies de codes - dokuwikiplugin-autotooltip__default plugin-autotooltip_bigDokuWiki
* Présentations : * DokuWiki, un wiki "One size fits all" : conférence JDL du 20 février 2020 * Présentation JDL du 20 février 2020 (slideshow) * rss (test-rss) * tables (test-table) * Extensions
* Dokuwiki, un wiki polyvalent et efficace aux nombreuses fonctionnalités
* fr:DokuWiki : sur wikipédia * DokuWiki : sur wikipedia en anglais * - dokuwiki-presentation-jdl-20200220plugin-autotooltip__default plugin-autotooltip_bigDokuWiki, un wiki "One size fits all"
~~REVEAL transition=convex&controls=1&show_progress_bar=1&build_all_lists=1&open_in_new_window=1~~
DokuWiki, un wiki "One size fits all"
Didier Villers (UMONS & ASBL LoLiGrUB)
20 février 2020, conférence “Jeudis du Libre”
Disclaimer
* - dokuwiki_extensionsplugin-autotooltip__default plugin-autotooltip_bigExtensions (sélection)
Quelques démonstrations...
* FIXME (à jouter) : * filelist
advanced
*
Bookcreator
Utiliser l'interface via l'icône “ajouter au livre” à droite....
Bootstrap Wrapper
* Bootstrap Wrapper * extension nécessitant un thème Bootstrap, tel que $\sum_{E_i} p(E_i) =p(\Omega) = 1$$\require{mhchem}$$\ce{2 Mn^2+ + 4 MnO4^- + 6 H2O -> 8 MnO2 + 10 H^+}$$\ce{CO2 + C -> 2 CO}$$\ce{Hg^2+ ->[I-] HgI2 ->[I-] [Hg^{II}I4]^2-}$$… - latexplugin-autotooltip__default plugin-autotooltip_bigLaTeX : quelques références et astuces pour son utilisation
TeX est un langage de composition typographique adapté à la production de documents techniques, scientifiques et mathématiques de grande qualité typographique. Il permet également de produire toutes sortes d'autres documents, qu'il s'agisse de simples lettres ou de livres entiers. LaTeX est un regroupement de macros qui utilisent TeX comme outil de mise en page. TeX et LaTeX sont des logiciels libres et gratuits. LaTeX a été initiale… @floss - logicielsplugin-autotooltip__default plugin-autotooltip_bigLogiciels libres divers
FIXME - à ranger :
* - unisonplugin-autotooltip__default plugin-autotooltip_bigUnison
Logiciel de synchronisation de fichiers, doté également de fonctionnalités lui permettant de créer et gérer des sauvegardes de répertoires. La synchronisation est bidirectionnelle : les modifications de chacun des répertoires sont reportées sur l'autre, la modification la plus récente étant considérée comme la bonne. Il permet donc de garder à niveau des répertoires se trouvant en même temps sur deux machines différentes. @floss - winplugin-autotooltip__default plugin-autotooltip_bigApplications portables (Windows)
Cette rubrique montre la possibilité d'utiliser des Logiciels Libres (ou simplement gratuits) pour Windows, placés sur des supports USB (clé ou disque), afin de faciliter leur usage par des utilisateurs nomades, ou ne disposant pas des droits d'administration (étudiants en salle de PCs, @floss - exos_energie_d_ionisationplugin-autotooltip__default plugin-autotooltip_bigÉnergie d'ionisation
Voir aussi :
* Glossaire : ionisation (énergie d') * Énergie d'ionisation * Liste d'énergies d'ionisation
Pourquoi l'énergie d'ionisation diminue-t-elle lorsque la taille de l'atome augmente
* Why does the ionization energy decrease anytime the atom size increases?
Graphique@teaching - lancer_piecesplugin-autotooltip__default plugin-autotooltip_bigLancers de pièces ("pile ou face")
On considère des lancers de pièces, “pile ou face” ("Coin flipping", “coin tossing”, or “heads or tails” en anglais), en faisant l'hypothèse d'une probabilité égale d'occurrence des 2 possibilités.
* expérimenter à l'aide de pièces, par exemple faire des séries de 10 lancers (ou lancers de 10 pièces) en comptabilisant les nombres de @teaching:exos - simulations_random_walksplugin-autotooltip__default plugin-autotooltip_bigSimulations numériques de marches aléatoires
La marche aléatoire est une formalisation mathématique du comportement sans mémoire d'un objet qui se déplace par pas successifs dans des directions quelconques.
Imaginez un ivrogne se déplaçant complètement au hasard. La question que les scientifiques se posent est @teaching:exos - algos_diversplugin-autotooltip__default plugin-autotooltip_bigAlgorithmes divers
Problèmes résolus :
* Fizz buzz, jeu de comptage et de divisibilité conçu pour des enfants * ...
Problèmes non résolus
* Décomposition de formules chimiques (analyse de chaînes de caractères) * ...
Classiques
* Algorithme de Dijkstra (permet de déterminer le plus court chemin pour se rendre d'un point à une autre en fonction du réseau routier) @teaching:progappchim - conversion_temperature_2011plugin-autotooltip__default plugin-autotooltip_bigConversion de températures
#!/usr/bin/env python # -*- coding: utf-8 -*- # Conversion de témpératures # programme réalisé par AC&JD, ba2 chimie 2010-2011 @teaching:progappchim
from Tkinter import *
def delwidgets(): - diffusion_chimique_1dplugin-autotooltip__default plugin-autotooltip_bigModélisation de la diffusion chimique dans un film
Technique de différences finies, utilisation de matplotlib#!/usr/bin/env python # -*- coding: utf-8 -*- from math import * # pour utiliser la librairie graphique matplotlib from pylab import * @teaching:progappchim - ensemble_mandelbrot_2013plugin-autotooltip__default plugin-autotooltip_bigEnsemble de Mandelbrot
Dessin d'une fractale : l'ensemble de Mandelbrot#!/usr/bin/env python # -*- coding: utf-8 -*- # version un peu aménagée du travail de BF, ba2 chimie 2012-2013 # ref : @teaching:progappchim
from Tkinter import * from random import randrange - entropie_melangeplugin-autotooltip__default plugin-autotooltip_bigEntropie de mélange pour un gaz ou liquide idéal
#! /usr/bin/env python # -*- coding: utf-8 -*- """ représentation graphique de l'entropie de mélange d'un système idéal """
import numpy as np # voir http://docs.scipy.org/doc/ import matplotlib.pyplot as plt
def s(t): return t*np.log(t) + (1-t) * np.log(1-t)
x1 = np.arange(0.0, 1., 0.001)
plt.plot(x1, s(x1), 'b-') #plt.plot(x1, x1*np.log(x1) + (1-x1) * np.log(1-x1), 'b-') #autre façon, n'utilisant pas la fonction
plt.show()
# des m… @teaching:progappchim - factorielleplugin-autotooltip__default plugin-autotooltip_bigCalcul de factorielles
La factorielle d'un nombre naturel n est le produit des nombres entiers strictement positifs inférieurs ou égaux à n. Elle est notée n!. Pour n=0, on a 0!=1, ensuite 1!=1, 2!=2, 3!=6, 4!=24,...
Un premier (mauvais) programme
Regardez, et essayez @teaching:progappchim - gaz_parfait_2011plugin-autotooltip__default plugin-autotooltip_bigLoi des gaz parfaits
#!/usr/bin/env python # -*- coding: utf-8 -*- # Programme de calculs sur la loi des gaz parfaits # GD, Ba2 chimie 2010-2011 from Tkinter import * #permet l'apparition de l'interface graphique @teaching:progappchim - grille_configurations_melange_binaire_2013plugin-autotooltip__default plugin-autotooltip_bigCréation d'une grille et de configurations d'un système binaire modélisé
#!/usr/bin/env python # -*- coding: utf-8 -*- # travail de ML et MP, ba2 chimie 2012-2013 # Création d'une grille et de configurations d'un système binaire modélisé @teaching:progappchim - math_nombresplugin-autotooltip__default plugin-autotooltip_bigMathématiques et nombres
Quelques programmes et algorithmes reliés aux mathématiques et aux nombres.
* Théorie des nombres * Nombre_remarquable * ...
Calculs en précision arbitraire
* 1/9² = 0.0123456790123456790123456790123456790123456790123457... * 1/99² = 0.0001020304050607080910111213141516171819202122232425262728293031323334353637383940414243444546474849505152535455565758596061626364656667686970717273747576777879808182838485868788899091929394959697990001020304050607080910111$… @teaching:progappchim - nimplugin-autotooltip__default plugin-autotooltip_bigJeux de Nim
* fr:Jeux_de_Nim * Nim: A Game Playing Program Seymour Papert, MIT Artificial Intelligence Memo No. 254, 1970 (from The Collected Writings of Seymour Papert) * version de l'article sur archive.org, version texte disponible
FIXME : codes python...
Références
* - pavage_penrose_2013plugin-autotooltip__default plugin-autotooltip_bigPavage de Penrose
#!/usr/bin/env python # -*- coding: utf-8 -*- # réference : @teaching:progappchim
import math import cmath import cairo
# definir le nombre d'or goldenRatio = (1 + math.sqrt(5)) / 2 - periodical_table_electronegativityplugin-autotooltip__default plugin-autotooltip_bigVue 3D de l'électronégativité
#!/usr/bin/env python # -*- coding: utf-8 -*- """ Periodical table 3D view of electronegativity """
from mpl_toolkits.mplot3d import Axes3D import matplotlib.pyplot as plt import numpy as np
data = np.array([ [2.2,1,0.9,0.8,0.8,0.8,0.7], [0,1.6,1.3,1,1,0.9,0.9], [0,0,0,1.4,1.2,1.3,0], [0,0,0,1.5,1.3,1.3,0], [0,0,0,1.6,1.6,1.5,0], [0,0,0,1.6,2.2,2.4,0], [0,0,0,1.6,1.9,1.9,0], [0,0,0,1.8,2.2,2.2,0], [0,0,0,1.9,2.3,2.2,0], [0,0,0,1.8,2.2,2.3,0], [0,0,0,1.9,1.9,2.5… @teaching:progappchim - polynomes-3plugin-autotooltip__default plugin-autotooltip_bigPolynômes : fonction pour évaluer
#!/usr/bin/python # -*- coding: UTF-8 -*- """ écriture d'un programme pour évaluer des polynomes """
def polyeval(x,a): """ Fonction s'occupant uniquement de l'évaluation du polynome fonction de x avec les coefficients dans la liste a """ n = len(a) - 1 p = 0. # initialisation for i in range(n+1): p = p + a[i] * x**i #calcul et addition de chacun des termes return p
# premier exemple d'utilisation … @teaching:progappchim - polynomes-4plugin-autotooltip__default plugin-autotooltip_bigPolynômes : structure de répétition (boucle for)
#!/usr/bin/env python # -*- coding: UTF-8 -*- """ écriture d'un programme pour évaluer des polynomes """
def polyeval(x,a): """ Fonction s'occupant uniquement de l'évaluation du polynome fonction de x avec les coefficients dans la liste a """ n = len(a) - 1 p = 0. # initialisation for i in range(n+1): p = p + a[i] * x**i #calcul et addition de chacun des termes return p
varx = 0.5 varc… @teaching:progappchim - polynomes-5plugin-autotooltip__default plugin-autotooltip_bigPolynômes : boucle for, fonction mathématique
#!/usr/bin/env python # -*- coding: UTF-8 -*- """ écriture d'un programme pour évaluer des polynomes """ from math import *
def polyeval(x,a): """ Fonction s'occupant uniquement de l'évaluation du polynome fonction de x avec les coefficients dans la liste a """ n = len(a)-1 p = 0. # initialisation for i in range(n+1): p = p + a[i] * x**i #calcul et addition de chacun des termes return p … @teaching:progappchim - polynomes-6plugin-autotooltip__default plugin-autotooltip_bigPolynômes : la méthode de Horner
432 Cela revient à effectuer les opérations successives suivantes :
* prendre le coefficient de x4 * multiplier par x * ajouter le coefficient de x3 * multiplier par x * ajouter le coefficient de x2 * @teaching:progappchim - polynomes-8plugin-autotooltip__default plugin-autotooltip_bigPolynômes : graphes de fonctions polynomiales
#!/usr/bin/env python # -*- coding: UTF-8 -*- """ écriture d'un programme pour évaluer des polynomes """ from math import * from pylab import * # librairies de graphiques (matplotlib)
def polyeval(x,a): """ application de l'agorithme de Horner cf. http://fr.wikipedia.org/wiki/M%C3%A9thode_de_Ruffini-Horner """ n = len(a)-1 # n = ordre du polynome p = 0. for i in range(n,-1,-1): p = p*x + a[i] return p
def… @teaching:progappchim - polynomes-11plugin-autotooltip__default plugin-autotooltip_bigGraphe d'une famille de polynômes orthogonaux
Voici un programme permettant de visualiser les premiers polynômes orthogonaux de Tchebyshev :
#!/usr/bin/env python # -*- coding: utf-8 -*- """ graphes de Polynomes de Chebyschev """
from math import * from pylab import *
def polyeval(x,a): """ application de l'algorithme de Horner cf. http://fr.wikipedia.org/wiki/M%C3%A9thode_de_Ruffini-Horner """ n = len(a)-1 # n = ordre du polynome p = 0. for i in range(n,-1,-1): … @teaching:progappchim - polynomes-bonusplugin-autotooltip__default plugin-autotooltip_bigPolynômes : bonus
Décomposition d'un polynôme en somme de deux polynômes, pair et impair
#!/usr/bin/env python # -*- coding: UTF-8 -*- """ décomposition d'un polynôme en deux polynômes, respectivement pair et impair, qui par sommation rendent le polynôme intial
""" def polyadd(a,b): """ Addition de deux polynômes de coefficients a et b """ r = a[:] # on travaille sur une copie de a pour ne pas le modifier t = b[:] # idem pour b g = [] # polynôme som… @teaching:progappchim - pressions_partielles_systemes_non_ideauxplugin-autotooltip__default plugin-autotooltip_bigGraphiques des pressions partielles de systèmes non-idéaux
#!/usr/bin/env python # -*- coding: utf-8 -*- “”“ Graphiques des pressions partielles de systèmes non-idéaux Basé sur le travail de ML et VM, ba2 chimie 2013-2014 @teaching:progappchim - pylab_simpleplugin-autotooltip__default plugin-autotooltip_bigPylab
Pylab permet de combiner simplement Matplotlib, NumPy et SciPy, en utilisant une directive d'importation supprimant l'usage de tous les namespaces des librairies sous-jacentes :
from pylab import *
Exemple
Version “Pylab” du code utilisé pour la @teaching:progappchim - random_walk_2d-simpleplugin-autotooltip__default plugin-autotooltip_bigMarche aléatoire 2D simple
Dans les modèles les plus simples, on considère un polymère comme un ensemble de segments faisant entre eux un angle quelconque (freely jointed chain). Ce problème est aussi dénommé “marche aléatoire” (random walk) en mathématique ou physique. Il peut aussi rendre compte d'autres phénomènes tel que celui de la diffusion. Après simulation, vous comprendrez pourquoi on appelle @teaching:progappchim - rdkitplugin-autotooltip__default plugin-autotooltip_bigRDKit
*
* ChemSpider | Search and share chemistry site reprenant de nombreuses informations sur des molécules * ...
Utilisation avec Anaconda
“”
Utili… - regression_lineaire_2013plugin-autotooltip__default plugin-autotooltip_bigRégression linéaire
Entrée de couples, calcul et affichage de la droite de moindres carrés#!/usr/bin/env python # -*- coding: utf-8 -*- # version un peu aménagée du travail de BD et EH, ba2 chimie 2012-2013 @teaching:progappchim
import matplotlib.pyplot as plt import pylab import numpy - suite_de_fibonacciplugin-autotooltip__default plugin-autotooltip_bigSuite de Fibonacci
La suite de Fibonacci est une suite d'entiers dans laquelle chaque terme est la somme des deux termes qui le précèdent. Elle commence généralement par les termes 0 et 1 (parfois 1 et 1) et ses premiers termes sont : 0, 1, 1, 2, 3, 5, 8, 13, 21, etc. (reference @teaching:progappchim - t-testplugin-autotooltip__default plugin-autotooltip_bigTest de Student
Le test de Student (t-test) teste statistiquement l’hypothèse d’égalité de l'espérance de deux variables aléatoires suivant une loi normale et de variance inconnue.
Références
* - tableau_periodique_2013plugin-autotooltip__default plugin-autotooltip_bigTableau périodique
Tableau avec éléments cliquables pour obtenir les information. Nécessite [ce fichier de données].
#!/usr/bin/env python # -*- coding: utf-8 -*- # version un peu aménagée du travail de TD et SD, ba2 chimie 2012-2013 def elem(x): # print type(x),x # pour montrer que x est une chaîne de caractères element=Tk() element.title("Propriété du"+ x ) elembox=Listbox(element,height=32,width=40,fg="#070942") elembox.pack() for item in table[int(x)]: … @teaching:progappchim - testjsplugin-autotooltip__default plugin-autotooltip_bigTest Javascript + dokuwiki + DataCamp-light
- ir_spectrum_coplugin-autotooltip__default plugin-autotooltip_bigSpectre IR du CO
Différentes techniques de spectroscopie utilisent des représentations standardisées des spectres. En spectroscopie Infrarouge, l'absorbance est traditionnellement représentée en fonction des nombres d'ondes décroissants exprimés en $cm^{-1}$. Pour rappel, en spectroscopie, le $\tilde{\nu}$$\tilde{\nu} = 1/\lambda = \nu/c$$\Delta J = \pm 1$$cm^{-1}$ @teaching:progappchim:matplotlib_gallery - potentiel_energy_surfaceplugin-autotooltip__default plugin-autotooltip_bigSurface d'énergie potentielle
Historique
Eyring et Polanyi ont publié en 1931 l'article On Simple Gas Reactions dans lequel ils décrivent les trajets des atomes dans la réaction + H --> H + (échange d'atomes). Ces travaux aboutiront au développement des notions de $E_{bond}= D_e [\exp(-2\beta(r-r_e))-2\exp(-\beta(r-r_e))]$$E_{ant}= \frac{D_e}{2} [\exp(-2\beta(r-r_e))+2\exp(-\beta(r-r_e))]$$r_e$$D_e$$\beta$$E_{bond}= \frac{Q_{AB}+\alpha_{AB}}{1+S^2_{AB}} = \frac{Q_{AB}+\alpha_{AB}}{1+k}$$E_{a… @teaching:progappchim:matplotlib_gallery - potentiel_morseplugin-autotooltip__default plugin-autotooltip_bigPotentiel de Morse
Potentiel de Morse et approximation harmonique, avec représentation des niveaux d'énergie des modèles quantiques correspondants.
Code source :
#! /usr/bin/env python # -*- coding: utf-8 -*- """ Représentation du potentiel de Morse pour H2 http://en.wikipedia.org/wiki/Morse_potential http://en.wikipedia.org/wiki/Quantum_harmonic_oscillator approximation harmonique D_e = 7.6E-19 J a = 19.3E-15 m r_e= 74.1E-12 m dérivée de seconde d2V/dr2 = 2 * D_e * a**2. """ import matplot… @teaching:progappchim:matplotlib_gallery - config_xubuntuplugin-autotooltip__default plugin-autotooltip_bigConfiguration type d'un PC sous Xubuntu
* Configuration pour usage général et scientifique * Téléchargement : - config_xubuntu-18.04plugin-autotooltip__default plugin-autotooltip_bigConfiguration type d'un PC sous Xubuntu 18.04, Bionic Beaver
* Configuration pour usage général et scientifique * Téléchargement : - config_xubuntu-20.04plugin-autotooltip__default plugin-autotooltip_bigConfiguration type d'un PC sous Xubuntu
* Configuration pour usage général et scientifique * Téléchargement : - duckdbplugin-autotooltip__default plugin-autotooltip_bigDuckDB
*
Références
* Forget about SQLite, Use DuckDB Instead — And Thank Me Later - Introduction to DuckDB and its Python integration Pol Marin, Medium, 16/03/2023 - lpi_linux_essentialsplugin-autotooltip__default plugin-autotooltip_bigEtudier et s'autoévaluer en vue d'obtenir le "Linux Essentials Certificate of Achievement"
Document en construction ! (document de travail à usage interne : lpi_linux_essential)
Le document proposé sur ces pages est également disponible sur le wiki de l'ASBL LoLiGrUB, et bénéficie de l'apport d'autres auteurs membres de l'ASBL (Thierry G., @floss - r_pythonplugin-autotooltip__default plugin-autotooltip_bigRéférences spécifiques concernant R et Python
* Rpy2
Références générales sur R
* R, site web officiel * Comprehensive R archive network * An Introduction to R * Rstudio, éditeur spécialisé pour R * rOpenSci
Dans les media
* Programming tools: Adventures with R, Article Nature janvier 2015 @floss - publis_diversesplugin-autotooltip__default plugin-autotooltip_bigPublications intéressantes
Dans Journal of Chemical Education
2021
FIXME
* Applying Density Functional Theory to Common Organic Mechanisms: A Computational Exercise Jonathan P. Antle, Masashi W. Kimura, Stefano Racioppi, Corey Damon, Meredith Lang, Caitlyn Gatley-Montross, Laura S. Sánchez B., Daniel P. Miller, Eva Zurek, Adam M. Brown, Kellie Gast, and Scott M. Simpson, J. Chem. Educ. 2022, XXXX, XXX, XXX-XXX Publication Date:November 30, 2022 DOI: 10.1021/acs.jchemed.2c00935… @teaching - syntaxplugin-autotooltip__default plugin-autotooltip_bigFormatting Syntax
DokuWiki supports some simple markup language, which tries to make the datafiles to be as readable as possible. This page contains all possible syntax you may use when editing the pages. Simply have a look at the source of this page by pressing @wiki - physicochimie2-exercicesplugin-autotooltip__default plugin-autotooltip_bigPhysicoChimie II (exercices)
Bachelier en sciences chimiques, troisième année, 30 H exercices du cours (titulaire du cours : P. Damman).
Rappels de probabilités et statistique + quelques applications
Évènements, probabilités : définitions
$\Omega$$E_i$$p(E_i)$$0 - rappels-proba-statplugin-autotooltip__default plugin-autotooltip_bigRappels de probabilités et statistique + quelques applications
Évènements, probabilités : définitions
* Épreuve ou expérience aléatoire : processus dont le résultat est incertain (tirage au hasard , jets de pièces, de dès,...) * Évènement$\Omega$$E_i$$p(E_i)$$0 - vdemery_espciplugin-autotooltip__default plugin-autotooltip_bigTP (simulation) de thermodynamique "équation d'état d'un systèmes de sphères dures"
Source : TP de thermodynamique Vincent Démery, ESPCI, exercice 1 : Équation d'état
Il s’agit de simulations de sphères dures (3D) montrant la transition gaz-cristal quand la fraction volumique $\phi$$\phi$ @teaching:exos - numerical_integrationplugin-autotooltip__default plugin-autotooltip_bigNumerical integration
Error estimation
* Equally spaced methods : * Numerical_integration * Trapezoidal_rule * Newton–Cotes_formulas * Simpson's rule and composite Simpson's rule
* If intervals between interpolation points vary : * Gaussian_quadrature
* Chapter 4 in the book “Numerical Recipes” : Integration of Functions * 4.0 Introduction * 4.1 Classical Formulas for Equally Spaced Abscissas @teaching:methcalchim - root-finding_algorithmplugin-autotooltip__default plugin-autotooltip_bigRoot findings : equations f(x) = 0
* Polynomial equations : Bairstow's method is an efficient algorithm for finding the roots of a real polynomial of arbitrary degree * Polynomials in NumPy * polynomial module, including polyroots(c) to compute the roots of a polynomial.
* Bisection method (dichotomy) : very simple and robust method, but relatively slow. It assumes continuity of the function, and obtain one roots. The algorithm is based on a @teaching:methcalchim - attracteur_lorenzplugin-autotooltip__default plugin-autotooltip_bigL'attracteur de Lorenz
L'attracteur de Lorenz est un système d'équations différentielles ordinaires au comportement particulier, chaotique. C'est un exemple classique de nombreux cours scientifiques, et plusieurs sites proposent des solutions.
Avec du code appliquant le méthode de Runge-Kutta d'ordre 4 @teaching:progappchim - glossaire_chimieplugin-autotooltip__default plugin-autotooltip_bigGlossaire de chimie
Cf. le glossaire de chimie
#!/usr/bin/env python3 # -*- coding: utf-8 -*- """ Utilisation du glossaire https://dvillers.umons.ac.be/wiki/teaching:glossaire-chimie Le code dokuwiki source doit être sauvegardé dans un fichier glossaire-dokuwiki.txt
Programme de base à modifier/compléter. """ from pathlib import Path home = str(Path.home())
# fichier d'entrée with open(home + "/tempo/glossaire-dokuwiki.txt", "r") as ifile: lines = ifile.readlines() ifile.close() … @teaching:progappchim - multilaterationplugin-autotooltip__default plugin-autotooltip_bigMultilateration
Références
*
* Trilateration * True-range multilateration * - polynomes-7-contrib1plugin-autotooltip__default plugin-autotooltip_bigPolynômes : version alternative pour l'addition
Proposition de BF, étudiant ba2 2012-2013. Le principe est d'additionner les termes tant qu'on est en dessous du degré maximum du polynôme de degré minimum ! et en complétant ensuite par les coefficients de degré supérieur du polynôme de degré maximum @teaching:progappchim - polynomes-9plugin-autotooltip__default plugin-autotooltip_bigPolynômes : graphe multiple fonctions polynomiales
# -*- coding: utf-8 -*- """ graphe multiple de polynômes de Tchebyshev cf. http://fr.wikipedia.org/wiki/Polyn%C3%B4me_de_Tchebychev """
from pylab import * # librairie graphique (Matplotlib)
def polyeval(x,a): """ application de l'agorithme de Horner cf. http://fr.wikipedia.org/wiki/M%C3%A9thode_de_Ruffini-Horner """ n = len(a)-1 # n = ordre du polynôme p = 0. for i in range(n,-1,-1): p = p*x + a[i] … @teaching:progappchim - pka_pkb_planeplugin-autotooltip__default plugin-autotooltip_bigCouples acide-base dans le plan pKa/pKb
* Conventions sur les acides forts et les bases fortes : cf. Les acides, les bases et les sels qui nous entourent - Acide fort, base forte
#!/usr/bin/env python3 # -*- coding: utf-8 -*-
""" Library references : *
""" import matplotlib.pyplot as plt # directive d'importation standard de Matplotlib import numpy as np # directive d'importation standard de numpy
def cm2inch(*tupl): # https://stackoverflow.com/questions/14708695/sp… @teaching:progappchim:matplotlib_gallery