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openbabel_jmol
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====== OpenBabel et Jmol ====== ===== OpenBabel ===== [[http://fr.wikipedia.org/wiki/OpenBabel|OpenBab... stall.html|celle-ci]] (lien avec python). ===== Jmol ===== [[http://fr.wikipedia.org/wiki/Jmol|Jmol]] est un logiciel libre de visualisation de structures chimiques en 3D, écrit en Java et donc mul
presentation_principes
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) * traitement d’images (PIL) * chimie (pymol, mmtk, chimera,...) * biochimie (biopython) ... fonction (2) ==== <code python> def fractions(nummol): sum=0. for num in nummol: sum+=num fract=[] for num in nummol: fract.append(num/sum) return fract
representation_molecules_2013
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ule ''' link="http://chemapps.stolaf.edu/jmol/jmol.php?model="+SMILES return link def SMILES(name): '''Donne le code SMILES d'une molécule ... mport AllChem from rdkit.Chem import Draw mol = AllChem.MolFromSmiles(smiles) AllChem.Compute2DCoords(mol) Draw.MolToFile(mol, file_name, size=(200,250
gaz_parfait_2011
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= Label(fen2, text= "Entrez ici le nombre de mole(mol):") #apparition d'un texte dans la fenêtre 2... Label(fen2, text= "Entrez ici le nombre de mole (mol):") txt2 = Label(fen2, text= "Entrez ici la T... a.grid(row=0,column=1) b=Label(fen3,text="mol") b.grid(row=0,column=2) def isolerT(): ... Label(fen2, text = "Entrez ici le nombre de mole (mol) :") txt1.grid(row=1, sticky=W) txt2.grid
progappchim
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quences ADN, ARN, protéines,...) * [[openbabel_jmol|OpenBabel et Jmol]] : format de description de molécules et visualisations * [[ChemSpiPy]] : utilisa... i.html#module-ase.gui|Ase's gui]] * [[https://pymol.org/2/|PyMOL]] * [[https://pgi-jcns.fz-juelich.de/portal/pages/pymoldyn-main.html|pyMolDyn]] * [[h
suite_de_fibonacci-5
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plotly_simple
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ots - It’s time to up your visualization game]] Anmol Tomar, Medium, 03/02/2022 * [[https://towardsda... an (Frank) Li, Medium, 28/02/2022 * [[https://anmol3015.medium.com/dont-just-create-plots-in-python-g... tions in a web-based layout using Plotly Dash]] Anmol Tomar, Medium, 25/02/2022 * [[https://cindycwu.... de2f7fba2|Say Goodbye to Matplotlib and Seaborn for Your Python Plots]] Anmol Tomar, Medium, 04/2023
rdkit
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rt Draw smiles = "CN1C=NC2=C1C(=O)N(C(=O)N2C)C" mol = AllChem.MolFromSmiles(smiles) # technically t... 2D coords with the RDKit: AllChem.Compute2DCoords(mol) Draw.MolToFile(mol,"caffeine.png",size=(200,250)) </code> ===== Références ===== * [[wp>Chemistr
notions_fondamentales
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ne suivante en disposant de deux variables (t et nmol) : <code>Au temps = 0.6 heure, la réaction a cons... réaction a consommé %.2f moles de réactif.' % (t,nmol))</code> Lors de l'exécution, les symboles '%' r
ph_courbe_titrage_2011
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oici le resultat, pour une concentration de",ca, "mol/l et un pka de",pka," le ph est de",rep #on impri... , text="Concentration de l'espèce en question (en mol/l) :").grid(row=0, column=3, padx=5, pady=5) e0=E
courbe_predominance_acide_2013
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ter txtc = Label(root1, text = "Concentration (mol/L) :", fg ='orange') txtc.grid(row=2) champc = En