Différences

Ci-dessous, les différences entre deux révisions de la page.

--- teaching:progappchim:start [2020/03/20 10:56] – villersd
+++ teaching:progappchim:start [2021/03/18 17:48] – [Idées de travaux, projets] villersd
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       - installation de la version 3 standard via [[http://python.org|python.org]]
       - **installation de la distribution complète [[https://www.anaconda.com/distribution/|Anaconda]] (pour votre OS, en version 3 et 64 bits)**
+        * [[https://docs.anaconda.com/anaconda/user-guide/|User guide]]
+        *  **//Cf.// la page dédiée sur [[:floss:anaconda|Anaconda]]**
       - en salle informatique UMONS : utilisation de Python sous Ubuntu
-      - utilisation en mode nomade de la plateforme [[https://notebooks.azure.com/|Azure]] avec l'utilisation de vos codes UMONS
+      - dans n'importe quel navigateur web, via le site [[https://repl.it/languages/python3]]
+      - <del>utilisation en mode nomade de la plateforme [[https://notebooks.azure.com/|Azure]] avec l'utilisation de vos codes UMONS</del>
+      - via [[https://colab.research.google.com/notebooks/welcome.ipynb|Colaboratory]] et l'utilisation d'un compte gmail, cette configuration permettant un partage et une édition en commun
   * [[notions_fondamentales|Notions fondamentales]]
   * [[tkinter_gui_simple|Les bases d'un interface graphique avec Tkinter]]
   * [[pieges|Pièges à éviter]]
-<note tip>Vous serez encouragé à l'utilisation et l'écriture de Jupyter notebooks, via l'utilisation de la distribution Anaconda, soit [[https://notebooks.azure.com/|via la plateforme cloud Azure]].
+<note tip>Vous serez encouragé à l'utilisation et l'écriture de Jupyter notebooks, via l'utilisation de la distribution Anaconda, soit via [[https://colab.research.google.com/notebooks/welcome.ipynb|Colaboratory]] <del>[[https://notebooks.azure.com/|via la plateforme cloud Azure]]</del>.
 //Cf// :
-  * ce [[https://notebooks.azure.com/linusable/libraries/samples-public/html/notebooks/Jupyter_primer_in_Jupyter-02.ipynb|Tutoriel Jupyter en Jupyter]] (en construction)
+  * ce {{ :teaching:progappchim:jupyter_primer_in_jupyter-02.ipynb.zip |Tutoriel Jupyter en Jupyter}} (fichier compressé dans une archive zip)
-  * cette [[https://notebooks.azure.com/linusable/libraries/samples-public/html/notebooks/chemistry/chemical_elements_data-01.ipynb|application sur les données des éléments chimiques]]
+  * cette [[https://notebooks.azure.com/linusable/libraries/samples-public/html/notebooks/chemistry/chemical_elements_data-01.ipynb|application sur les données des éléments chimiques]] (FIXME : lien à actualiser)
   * [[https://github.com/jupyter/jupyter/wiki/A-gallery-of-interesting-Jupyter-Notebooks|A gallery of interesting Jupyter Notebooks]]
   * ...
 </note>
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   * [[plotly_simple|les bases de Plotly]], une librairie pour réaliser des graphiques. [[https://plot.ly/python/|plotly]] est interactif et s'intègre bien dans des navigateurs (//i.e.// Jupyter notebooks)
   * [[pygal_simple|les bases de Pygal]], une autre librairie graphique, simple (cf. ce [[http://pygal.org/en/stable/index.html|site]])
+  * [[altair_simple|les bases de Altair]], une autre librairie graphique, interactive
+==== Des librairies spécifiques en chimie, biochimie,... ====
+  * [[mendeleev|Mendeleev]] (données sur les éléments chimiques)
+  * [[rdkit|RDKit et molécules]] (représentation,...)
+  * [[bioinformatic|Bioinformatique et la librairie Biopython]] (manipulations de séquences ADN, ARN, protéines,...)
+  * [[openbabel_jmol|OpenBabel et Jmol]] : format de description de molécules et visualisations
+  * [[ChemSpiPy]] : utilisation des données de [[http://www.chemspider.com/|ChemSpider]]
+  * ...
 ===== Notions intermédiaires et avancées =====
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   * [[jupyter|Jupyter]] : introduction, exemples, liens,...
   * [[bokeh_simple|Les bases de Bokeh]], une librairie Python de visualisations interactives pour des représentations dans des navigateurs web. Bokeh est particulièrement indiqué pour une utilisation dans les Jupyter notebooks, et s'installe aisément via Anaconda.
+  * Références externes :
+    * [[https://github.com/weisscharlesj/SciCompforChemists|Scientific Computing for Chemists]] (pdf et données), cité dans [[https://pubs.acs.org/doi/full/10.1021/acs.jchemed.0c01071|A Creative Commons Textbook for Teaching Scientific Computing to Chemistry Students with Python and Jupyter Notebooks]] Charles J. Weiss, J. Chem. Educ. 2021, 98, 2, 489–494 DOI: 10.1021/acs.jchemed.0c01071
+    * [[https://chem.libretexts.org/Ancillary_Materials/Interactive_Applications/Jupyter_Notebooks|Jupyter Notebooks sur Chemistry Libretexts]]
+    * ...
 ===== Applications =====
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   * [[analyse_images|Analyse d'images]]
   * [[attracteur_Lorenz|L'attracteur de Lorenz]] : équations différentielles ordinaires et comportement chaotique
-  * [[openbabel_jmol|OpenBabel et Jmol]] : format de description de molécules et visualisations
   * [[fit_modele_einstein|Optimisation de la température caractéristique du diamant suivant le modèle d'Einstein]] (avec scipy, numpy, matplotlib)
   * [[t-test|Test de Student]] : exemple technologique (avec scipy, numpy)
   * [[OSM_interrogation|Interrogation de la base de données géolocalisées OpenStreetMap]]
-  * [[bioinformatic|Bioinformatique]] (manipulations de séquences ADN, ARN, protéines,...)
   * [[glossaire_chimie|Glossaire de chimie]]
   * [[math_nombres|Mathématiques et nombres]]
   * [[epidemie_coronavirus|Épidémie du coronavirus COVID-19]]
-  * [[rdkit|RDKit et molécules]] (représentation,...)
 ===== Données chimiques disponibles =====
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     * Canada : [[http://www.statcan.ca/start.html]]
     * UK : [[http://www.data.gov.uk]]
-    * Australia : [http://data.gov.au/]]
+    * Australia : [[http://data.gov.au/]]
     * USA :
       * [[http://www.fedstats.gov/]]
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   * [[http://www.cheminfo.org/wikipedia|Wikipedia chemical structure explorer]], avec données exploitables via [[https://github.com/cheminfo/wikipedia|GitHub]]
   * Charte des nucleides, et diverses représentations des instabilités. cf. [[https://www-nds.iaea.org/relnsd/vcharthtml/VChartHTML.html|Live Chart of Nuclides]] et les données sources indiquées
-  * Event-Driven hard disc simulation (dynamique moléculaire) :
+  * **collisions de particules (sphères ou disques)**
-    * [[http://introcs.cs.princeton.edu/java/assignments/collisions.html]] + [[http://algs4.cs.princeton.edu/61event/|ici]]
+    * [[https://introcs.cs.princeton.edu/java/assignments/collisions.html|Molecular Dynamics Simulation of Hard Spheres]] → description générale du problème avec des solutions basées sur les particules ou les événements (hard disc simulation, dynamique moléculaire) :
-    * [[https://statmechalgcomp.wikispaces.com/Hard_Spheres_MD_MC]]
+    * documents de Werner Krauth et al.
+      * [[http://www.lps.ens.fr/~krauth/index.php/Main_Page|Main Page - Werner KRAUTH]]
+      * [[https://www.coursera.org/lecture/statistical-mechanics/lecture-2-hard-disks-from-classical-mechanics-to-statistical-mechanics-e8hMP|Lecture 2: Hard disks: from Classical Mechanics to Statistical Mechanics - Hard disks: From Classical Mechanics to Statistical Mechanics | Coursera]]
+      * [[http://www.lps.ens.fr/~krauth/index.php/Bernard_Krauth_b_2011|Bernard Krauth 2012 - Werner KRAUTH]]
+    * Event-driven
+      * [[https://algs4.cs.princeton.edu/61event/|Event-Driven Simulation]]
+      * [[https://github.com/numberset/HardSphereSim|numberset/HardSphereSim: Event driven simulation of hard spheres in python]]
+      * [[https://github.com/rajeshrinet/pyedmd|rajeshrinet/pyedmd: Event-Driven Molecular dynamics simulations]]
+      * [[https://github.com/robeme/HardSphereSim|robeme/HardSphereSim: Event driven simulation of hard spheres in python]]
+    * Autres simulations
+      * [[https://github.com/labay11/ideal-gas-simulation/blob/master/simulation.py|ideal-gas-simulation/simulation.py at master · labay11/ideal-gas-simulation]]
+      * [[https://johnloomis.org/ece538/notes/visual/gas.py.html|gas.py]]
   * Exploitation de données chimiques de wikidata.org [[https://query.wikidata.org/#%20%20PREFIX%20wdt%3A%20%3Chttp%3A%2F%2Fwww.wikidata.org%2Fprop%2Fdirect%2F%3E%0A%20%20SELECT%20%3Fcompound%20WHERE%20{%0A%20%20%20%20%3Fcompound%20wdt%3AP31%20wd%3AQ11173%20.%0A%20%20}%0A|query]] (> 20000 composés), <code>PREFIX wdt: <http://www.wikidata.org/prop/direct/>
   SELECT ?compound WHERE {
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   * Visualisation de la taille d'effet : cf. [[https://rpsychologist.com/d3/cohend/]]
   * simulation du [[wp>fr:Problème_de_Monty_Hall|Problème de Monty Hall]] (+ [[wp>Monty_Hall_problem|Monty Hall problem]], [[wp>fr:Paradoxe_des_prisonniers|Paradoxe des prisonniers]])
+  * [[https://scipython.com/]] : Learning Scientific Programming with Python avec quelques exemples de programme pouvant être à la base de quelques développements
   * ...
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 Voir aussi [[https://dvillers.umons.ac.be/wiki/floss:python#applications_en_chimie|ces librairies]].
+===== Références générales =====
+  * [[https://www.eyrolles.com/Informatique/Livre/coder-proprement-9782326002272/|Coder proprement]] Robert C. Martin 2019, Eyrolles
+  * [[https://levelup.gitconnected.com/21-python-mini-projects-with-codes-c4126e4131e4|21 Python Mini Projects With Code - Get a Speed Boost In Your Python Journey By Building These Amazing Projects]] Abhay Parashar, Medium, 04/01/2021