Les deux révisions précédentes Révision précédente Prochaine révision | Révision précédenteDernière révisionLes deux révisions suivantes |
teaching:progappchim:start [2021/03/03 10:27] – [Des librairies spécifiques en chimie, biochimie,...] villersd | teaching:progappchim:start [2023/03/07 13:03] – villersd |
---|
====== Programmation appliquée à la chimie ====== | ====== Programmation appliquée à la chimie ====== |
| |
| <note warning> |
| L'article suivant analyse les contributions à cpython, le cœur du langage Python : [[https://lukasz.langa.pl/f15a8851-af26-4e94-a4b1-c146c57c9d20/]]. Les deux contributeurs les plus importants (on enlève les bots et les gestionnaires de release) sont Victor Stinner et Serhiy Storchaka. |
| |
| **Aux dernières nouvelles (14/12/2022) Serhiy Storchaka vit toujours en Ukraine, à 20 km de [[https://www.openstreetmap.org/node/337510526#map=9/51.1561/33.0579|Konotop]] !!** |
| </note> |
| |
Le cours "Programmation appliquée à la chimie" de bachelier en sciences chimiques (15 H cours et 15 H exercices, bloc2) utilise deux supports : | Le cours "Programmation appliquée à la chimie" de bachelier en sciences chimiques (15 H cours et 15 H exercices, bloc2) utilise deux supports : |
* [[factorielle|Calcul de factorielles]] (pas à pas) | * [[factorielle|Calcul de factorielles]] (pas à pas) |
* [[Suite_de_Fibonacci|Suite de Fibonacci]] (pas à pas) | * [[Suite_de_Fibonacci|Suite de Fibonacci]] (pas à pas) |
* [[polynomes|Manipulation de polynômes]] (pas à pas) | * **[[polynomes|Manipulation de polynômes]]** (pas à pas) |
* [[matrices|Manipulations de matrices]] | * [[matrices|Manipulations de matrices]] |
* [[tris|Algorithmes de tri]] | * [[tris|Algorithmes de tri]] |
* [[bioinformatic|Bioinformatique et la librairie Biopython]] (manipulations de séquences ADN, ARN, protéines,...) | * [[bioinformatic|Bioinformatique et la librairie Biopython]] (manipulations de séquences ADN, ARN, protéines,...) |
* [[openbabel_jmol|OpenBabel et Jmol]] : format de description de molécules et visualisations | * [[openbabel_jmol|OpenBabel et Jmol]] : format de description de molécules et visualisations |
| * [[ChemSpiPy]] : utilisation des données de [[http://www.chemspider.com/|ChemSpider]] |
| * [[PubChemPy]] : interaction avec la base de données PubChem |
| * [[ChemPy]] : librairie contenant diverse fonctionnalités sur la chimie et les réactions chimiques |
| * [[https://pymatgen.org/|PyMatGen]] |
| * [[https://chemlab.readthedocs.io/en/latest/index.html|Chemlab]] |
| * [[https://wiki.fysik.dtu.dk/ase/ase/gui/gui.html#module-ase.gui|Ase's gui]] |
| * [[https://pymol.org/2/|PyMOL]] |
| * [[https://pgi-jcns.fz-juelich.de/portal/pages/pymoldyn-main.html|pyMolDyn]] |
| * [[https://chemview.readthedocs.io/en/latest/|chemview]] |
* ... | * ... |
| |
| <note tip>De nombreuses librairies, l'utilisation du langage Python, de l'environnement Jupyter,... dans le cadre de la chimie sont évoquées dans le livre de 2021 de Thorsten Gressling (series De Gruyter Textbook) ISBN: 9783110629453 cf. [[https://www.degruyter.com/document/doi/10.1515/9783110629453/html]] |
| </note> |
===== Notions intermédiaires et avancées ===== | ===== Notions intermédiaires et avancées ===== |
* [[slices|Slices sur les listes]] | * [[slices|Slices sur les listes]] |
* [[notions_avancees|Notions avancées]] | * [[notions_avancees|Notions avancées]] |
* [[trucs_astuces|Trucs et astuces]] | * [[trucs_astuces|Trucs et astuces]] |
| * [[urllib|Lecture du code source d'une page web via la librairie urllib]] |
| |
===== Jupyter, IPython Notebooks et JupyterLab ===== | ===== Jupyter, IPython Notebooks et JupyterLab ===== |
* Références externes : | * Références externes : |
* [[https://github.com/weisscharlesj/SciCompforChemists|Scientific Computing for Chemists]] (pdf et données), cité dans [[https://pubs.acs.org/doi/full/10.1021/acs.jchemed.0c01071|A Creative Commons Textbook for Teaching Scientific Computing to Chemistry Students with Python and Jupyter Notebooks]] Charles J. Weiss, J. Chem. Educ. 2021, 98, 2, 489–494 DOI: 10.1021/acs.jchemed.0c01071 | * [[https://github.com/weisscharlesj/SciCompforChemists|Scientific Computing for Chemists]] (pdf et données), cité dans [[https://pubs.acs.org/doi/full/10.1021/acs.jchemed.0c01071|A Creative Commons Textbook for Teaching Scientific Computing to Chemistry Students with Python and Jupyter Notebooks]] Charles J. Weiss, J. Chem. Educ. 2021, 98, 2, 489–494 DOI: 10.1021/acs.jchemed.0c01071 |
| * [[https://chem.libretexts.org/Ancillary_Materials/Interactive_Applications/Jupyter_Notebooks|Jupyter Notebooks sur Chemistry Libretexts]] |
* ... | * ... |
| |
* [[https://www.eea.europa.eu/themes/air/explore-air-pollution-data|Explore air pollution data]] European Environment Agency | * [[https://www.eea.europa.eu/themes/air/explore-air-pollution-data|Explore air pollution data]] European Environment Agency |
* [[https://echa.europa.eu/fr/home|European Chemicals Agency]] | * [[https://echa.europa.eu/fr/home|European Chemicals Agency]] |
| * [[https://webbook.nist.gov/|WebBook de Chimie NIST, SRD 69]] permet d'accéder aux données collectées et distribuées par NIST dans le cadre du Programme de données de référence standard. |
* ... | * ... |
| |
* Visualisation de la taille d'effet : cf. [[https://rpsychologist.com/d3/cohend/]] | * Visualisation de la taille d'effet : cf. [[https://rpsychologist.com/d3/cohend/]] |
* simulation du [[wp>fr:Problème_de_Monty_Hall|Problème de Monty Hall]] (+ [[wp>Monty_Hall_problem|Monty Hall problem]], [[wp>fr:Paradoxe_des_prisonniers|Paradoxe des prisonniers]]) | * simulation du [[wp>fr:Problème_de_Monty_Hall|Problème de Monty Hall]] (+ [[wp>Monty_Hall_problem|Monty Hall problem]], [[wp>fr:Paradoxe_des_prisonniers|Paradoxe des prisonniers]]) |
| * [[https://python.plainenglish.io/using-python-to-simulate-the-famous-monty-hall-problem-b4a9697894ba|Simulate the Famous Monty Hall Problem with Python]] Ahmed Al-Jaishi, Medium, 25/02/2022 |
| * [[https://scipython.com/]] : Learning Scientific Programming with Python avec quelques exemples de programme pouvant être à la base de quelques développements |
| * rebonds, billards,... comme discuté [[https://twitter.com/matthen2/status/1571887895228874752|ici]] |
| * [[https://www.astrolabe-science.fr/des-spectres-de-raies-demission-avec-python/|Des spectres de raies avec Python]], David Alberto |
* ... | * ... |
| |
Voir aussi la [[floss:python:activestateselection|sélection de codes sources ActiveState]] avec de nombreuses applications scientifiques. | Voir aussi : |
| * [[floss:python:activestateselection|sélection de codes sources ActiveState]] avec de nombreuses applications scientifiques. |
Voir aussi [[https://dvillers.umons.ac.be/wiki/floss:python#applications_en_chimie|ces librairies]]. | * [[https://dvillers.umons.ac.be/wiki/floss:python#applications_en_chimie|ces librairies]] |
| * [[https://eduscol.education.fr/1648/programmes-et-ressources-en-physique-chimie-voie-gt|Utiliser le langage Python dans un contexte de physique-chimie]] (éduscol, France) |
| |
===== Références générales ===== | ===== Références générales ===== |