Ci-dessous, les différences entre deux révisions de la page.
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teaching:progappchim:rdkit [2021/03/03 09:54] – villersd | teaching:progappchim:rdkit [2023/05/27 22:54] (Version actuelle) – villersd |
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* [[http://www.chemspider.com/|ChemSpider | Search and share chemistry]] site reprenant de nombreuses informations sur des molécules | * [[http://www.chemspider.com/|ChemSpider | Search and share chemistry]] site reprenant de nombreuses informations sur des molécules |
* ... | * ... |
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| ===== Utilisation avec Anaconda ===== |
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| <note warning> |
| L'utilisation de RDKit pouvant poser des problèmes de conflits entre des libairies, il peut être utile de créer et activer un environnement spécifique d'Anaconda (nommé par exemple RDKit). |
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| La librairie rdkit est à installer, en renseignant au préalable le canal "rdkit" dans laquelle Anaconda ira la chercher. |
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| L'éditeur Spider doit être installé dans chaque nouvel environnement si on souhaite l'utiliser. |
| </note> |
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| ===== Utilisation dans Colaboratory ===== |
| * Créer une première cellule de code permettant l'installation de RDKIT : <code>!pip install rdkit-pypi</code> |
| * Fichier exemple : {{ :teaching:progappchim:rdkit_primer_01.ipynb |}} |
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===== Exemples d'utilisation ===== | ===== Exemples d'utilisation ===== |
Draw.MolToFile(mol,"caffeine.png",size=(200,250)) | Draw.MolToFile(mol,"caffeine.png",size=(200,250)) |
</code> | </code> |
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| ===== Références ===== |
| * [[wp>Chemistry_Development_Kit|Chemistry Development Kit]] |
| * [[https://www.nextmovesoftware.com/talks/Mayfield_ChemicalDepiction_RDKITUGM_201609.pdf|Higher Quality Chemical Depictions: Lessons Learned and Advice]] John Mayfield, 2016 |
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