teaching:progappchim:rdkit

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villersd
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 ====== RDKit ====== ====== RDKit ======
   * [[http://www.rdkit.org/]]   * [[http://www.rdkit.org/]]
-  * [[http://davies-lee.com/index.php/2018/10/06/rdkit-in-jupyter-notebooks/]] +  * [[http://www.rdkit.org/docs/GettingStartedInPython.html|Getting Started with the RDKit in Python — The RDKit 2020.09.1 documentation]] 
-  * +  * [[https://ctr.fandom.com/wiki/Depict_a_compound_as_an_image#RDKit.2FPython|Depict a compound as an image | Chemistry Toolkit Rosetta Wiki | Fandom]] 
 +  * Jupyter & RDKit 
 +    * [[https://depth-first.com/articles/2020/08/17/getting-started-rdkit-and-jupyter/|Getting Started with RDKit and Jupyter | Depth-First]] 
 +    * [[http://davies-lee.com/index.php/2018/10/06/rdkit-in-jupyter-notebooks/]] 
 +  * [[http://www.chemspider.com/|ChemSpider | Search and share chemistry]] site reprenant de nombreuses informations sur des molécules 
 +  * ... 
 + 
 +<note warning> 
 +L'utilisation de RDKit pouvant poser des problèmes de conflits entre des libairies, il peut être utile de créer et activer un environnement spécifique d'Anaconda (nommé par exemple RDKit). 
 + 
 +La librairie rdkit est à installer, en renseignant au préalable le canal "rdkit" dans laquelle Anaconda ira la chercher. 
 + 
 +L'éditeur Spider doit être installé dans chaque nouvel environnement si on souhaite l'utiliser. 
 +</note> 
 + 
 + 
 +===== Exemples d'utilisation ===== 
 + 
 +<code python test-rdkit.py> 
 +# from http://ctr.wikia.com/wiki/Depict_a_compound_as_an_image 
 +from rdkit.Chem import AllChem 
 +from rdkit.Chem import Draw 
 +  
 +smiles = "CN1C=NC2=C1C(=O)N(C(=O)N2C)C" 
 +mol = AllChem.MolFromSmiles(smiles) 
 +  
 +# technically this step isn't required since the drawing code 
 +# will automatically add a 2D conformation to a molecule that has 
 +# no conformation information, I'm including it to show how to 
 +# generate 2D coords with the RDKit: 
 +AllChem.Compute2DCoords(mol) 
 +  
 +Draw.MolToFile(mol,"caffeine.png",size=(200,250)) 
 +</code> 
 + 
  • teaching/progappchim/rdkit.1583762922.txt.gz
  • Dernière modification: 2020/03/09 15:08
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