Différences

Ci-dessous, les différences entre deux révisions de la page.

--- teaching:progappchim:openbabel_jmol [2014/02/27 22:42] – [Exemple de programme Python] villersd
+++ teaching:progappchim:openbabel_jmol [2022/03/14 17:28] (Version actuelle) – [Jmol] villersd
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   * Site officiel : [[http://openbabel.org/wiki/Main_Page]]
   * Interfaçage en Python : [[http://openbabel.org/wiki/Python]]
+Pour utiliser OpenBabel en python, il faut installer au préalable ces outils. Sous Linux (Debian, Ubuntu,...), installer les paquets openbabel et python-openbabel. Sous Windows, voir [[http://openbabel.org/docs/dev/Installation/install.html|cette page]], et [[http://openbabel.org/docs/2.3.1/UseTheLibrary/PythonInstall.html|celle-ci]] (lien avec python).
 ===== Jmol =====
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 C'est un programme idéal pour visualiser des molécules dont les fichiers de description ont été obtenus par OpenBabel (ou d'autres logiciels de chimie).
-  * Site officiel : [[http://jmol.sourceforge.net/index.fr.html]]
+  * Site officiel : [[http://jmol.sourceforge.net]]
 ===== Exemple de programme Python =====
-<sxh python; title : generate_alcohols-01.py>
+<code python generate_alcohols-01.py>
 #! /usr/bin/env python
 # -*- coding: utf-8 -*-
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         print '********'
-</sxh>
+</code>
 Pour le méthanol, ce programme sort ces informations :
 <code>
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 ===== References =====
   * [[http://www.jcheminf.com/content/3/1/33|Open Babel: An open chemical toolbox]], Noel M O'Boyle, Michael Banck, Craig A James, Chris Morley, Tim Vandermeersch and Geoffrey R Hutchison, Journal of Cheminformatics 2011, 3:33  doi:10.1186/1758-2946-3-33
+  * [[http://www.jcheminf.com/content/7/1/23/abstract|InChI, the IUPAC International Chemical Identifier]] Stephen R Heller, Alan McNaught, Igor Pletnev, Stephen Stein and Dmitrii Tchekhovskoi, Journal of Cheminformatics 2015, 7:23 doi:10.1186/s13321-015-0068-4