teaching:progappchim:matplotlib_gallery:potentiel_energy_surface

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villersd
teaching:progappchim:matplotlib_gallery:potentiel_energy_surface [2020/12/07 17:22] (Version actuelle)
villersd [Programme]
Ligne 32: Ligne 32:
 ==== Programme ==== ==== Programme ====
  
-<sxh python; title : PES-contour-01.py>+<code python PES-contour-01.py>
 #!/usr/bin/env python #!/usr/bin/env python
 # -*- coding: utf-8 -*- # -*- coding: utf-8 -*-
Ligne 69: Ligne 69:
 X, Y = np.meshgrid(x_1d, y_1d) X, Y = np.meshgrid(x_1d, y_1d)
 print X.shape, X.dtype, X.ndim, Y.shape, Y.dtype, Y.ndim print X.shape, X.dtype, X.ndim, Y.shape, Y.dtype, Y.ndim
-E=(Q(X)+Q(Y)+Q(X+Y)-np.sqrt(2.*((a(X)-a(Y))**2.+(a(Y)-a(X+Y))**2.+(a(X+Y)-a(X))**2.)))/(1.+k)+E=(Q(X)+Q(Y)+Q(X+Y)-np.sqrt(2.*( (a(X)-a(Y) )**2.+(a(Y)-a(X+Y) )**2.+(a(X+Y)-a(X) )**2.) ))/(1.+k)
 print np.min(E)  #valeur minimale de E print np.min(E)  #valeur minimale de E
  
Ligne 86: Ligne 86:
 plt.ylabel('y (pm)') plt.ylabel('y (pm)')
  
-fig = plt.figure(2,figsize=(15, 15))+fig = plt.figure(2,figsize=(15, 15) )
 ax = Axes3D(fig) ax = Axes3D(fig)
 ax.plot_surface(X,Y,E, rstride=1,cstride=1 ,cmap=plt.cm.jet) ax.plot_surface(X,Y,E, rstride=1,cstride=1 ,cmap=plt.cm.jet)
Ligne 93: Ligne 93:
 ax.set_zlabel('E') ax.set_zlabel('E')
 plt.show() plt.show()
-</sxh>+</code>
  
 Avec les paramètres essayés, la valeur minimale de E est environ -1.603 Avec les paramètres essayés, la valeur minimale de E est environ -1.603
Ligne 125: Ligne 125:
   * [[http://chemistry.stackexchange.com/questions/47665/ballistic-behavior-of-molecules-on-potential-energy-surfaces]]   * [[http://chemistry.stackexchange.com/questions/47665/ballistic-behavior-of-molecules-on-potential-energy-surfaces]]
   * [[http://chemistry.stackexchange.com/questions/50253/compute-minimum-energy-paths-from-arbitrary-positions-on-the-potential-energy-su]]   * [[http://chemistry.stackexchange.com/questions/50253/compute-minimum-energy-paths-from-arbitrary-positions-on-the-potential-energy-su]]
 +  * [[http://pubs.acs.org/doi/full/10.1021/acs.jchemed.6b00572|Let Students Derive, by Themselves, Two-Dimensional Atomic and Molecular Quantum Chemistry from Scratch]], Yingbin Ge, J. Chem. Educ., 2016, 93 (12), pp 2033–2039 DOI: 10.1021/acs.jchemed.6b00572
  
  
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  • Dernière modification: 2016/05/10 15:02
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