teaching:progappchim:dictionary_adn_protein

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Différences

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teaching:progappchim:dictionary_adn_protein [2012/11/30 13:28] (Version actuelle) – créée villersd
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 +====== Traduction de l'ADN en séquence d'acides aminés ======
  
 +<sxh  python; title : dictionary_adn_protein.py>
 +#!/usr/bin/env python
 +# -*- coding: iso-8859-1 -*-
 +
 +# python code to translante DNA sequences into proteins
 +# traduction de l'ADN en séquence d'acides aminés (protéine)
 +
 +def translate_dna(sequence):    # to translate a DNA sequence in equivalent protein
 +    # see http://fr.wikipedia.org/wiki/Code_g%C3%A9n%C3%A9tique
 +    # http://en.wikipedia.org/wiki/Genetic_code
 +    gencode = {                   # définition d'un dictionnaire dont chaque clé (un codon de 3 nucléotides) donne l'acide aminé correpondant
 +    'ATA':'I', 'ATC':'I', 'ATT':'I', 'ATG':'M',  
 +    'ACA':'T', 'ACC':'T', 'ACG':'T', 'ACT':'T',  
 +    'AAC':'N', 'AAT':'N', 'AAA':'K', 'AAG':'K',  
 +    'AGC':'S', 'AGT':'S', 'AGA':'R', 'AGG':'R',  
 +    'CTA':'L', 'CTC':'L', 'CTG':'L', 'CTT':'L',  
 +    'CCA':'P', 'CCC':'P', 'CCG':'P', 'CCT':'P',  
 +    'CAC':'H', 'CAT':'H', 'CAA':'Q', 'CAG':'Q',  
 +    'CGA':'R', 'CGC':'R', 'CGG':'R', 'CGT':'R',  
 +    'GTA':'V', 'GTC':'V', 'GTG':'V', 'GTT':'V',  
 +    'GCA':'A', 'GCC':'A', 'GCG':'A', 'GCT':'A',  
 +    'GAC':'D', 'GAT':'D', 'GAA':'E', 'GAG':'E',  
 +    'GGA':'G', 'GGC':'G', 'GGG':'G', 'GGT':'G',  
 +    'TCA':'S', 'TCC':'S', 'TCG':'S', 'TCT':'S',  
 +    'TTC':'F', 'TTT':'F', 'TTA':'L', 'TTG':'L',  
 +    'TAC':'Y', 'TAT':'Y', 'TAA':'_', 'TAG':'_',  
 +    'TGC':'C', 'TGT':'C', 'TGA':'_', 'TGG':'W',
 +    }
 +    print sequence  
 +    proteinseq = ''  
 +    for n in range(0,len(sequence),3):  
 +        if gencode.has_key(sequence[n:n+3]) == True:  # check that key exists in dictionary
 +            proteinseq += gencode[sequence[n:n+3]]  
 +    return proteinseq
 +
 +
 +#  DNA sequences : GenBank : http://www.ncbi.nlm.nih.gov/
 +
 +se='GTGACTTTGTTCAACGGCCGCGGTATCCTAACCGTGCGAAGGTAGCGTAATCACTTGTTCTTTAAATAAGGACTAGTATGAATGGCATCACGAGGGCTTTACTGTCTCCTTTTTCTAATCAGTGAA'
 +#se='GTGACTTTG'
 +print len(se)
 +print translate_dna(se)
 +
 +# extensions : lire la séquence à partir d'un fichier
 +# générer des mutations aléatoires de l'ADN et examiner les modifications éventuelles de la protéine
 +# faire correspondre des noms complets ou abbréviations sur 3 lettres des acides aminés
 +# générer l'ARN correspondant
 +</sxh>
 +===== références =====
 +  * [[http://fr.wikipedia.org/wiki/Code_g%C3%A9n%C3%A9tique]]
 +  * ...
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  • Dernière modification : 2012/11/30 13:28
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