teaching:progappchim:bioinformatic

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villersd [Installer Biopython]
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 ====== Bioinformatique ====== ====== Bioinformatique ======
-Manipulations de séquences ADN, ARN, protéines,...+Un des objectifs majeurs de la [[wp>fr:Bio-informatique|bioinformatique]] réside dans l'étude automatique de séquences, principalement de l'ADN et de protéines,... 
 + 
 +Ces séquences sont accessibles librement et publiquement, notamment par ces deux sources : 
 + 
 +{{wp>fr:UniProt}} 
 + 
 +Voir aussi le site [[https://www.uniprot.org/]] 
 + 
 +{{wp>fr:GenBank}} 
 + 
 +Voir aussi le site [[https://www.ncbi.nlm.nih.gov/genbank/]] 
 + 
 +===== Installer Biopython ===== 
 + 
 +[[https://biopython.org/|Biopython]] est une librairie de programmes en langage Python dédiée à l'étude de séquences (ADN, ARN, protéines)Pour utiliser cette librairie, elle doit-être installée au préalable, par exemple : 
 +  * Avec la distribution Anaconda, via l'interface Anaconda-Navigator, au départ du canal "conda-forge' ou par la commande suivante : conda install -c conda-forge biopython 
 +  * via le site Pypi (pypi.org) et la commande suivante : pip install biopython 
  
-<note tip>Consulter les références proposées en fin de page !</note> 
  
 ===== Compter les nucléotides d'une séquence ADN ===== ===== Compter les nucléotides d'une séquence ADN =====
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     * [[http://www.uniprot.org/help/programmatic_access#id_mapping_python_example]]     * [[http://www.uniprot.org/help/programmatic_access#id_mapping_python_example]]
     * [[http://www.python-simple.com/python-biopython/Lecture-ecriture-sequences.php]]     * [[http://www.python-simple.com/python-biopython/Lecture-ecriture-sequences.php]]
 +  * données exemples dans le cadre de la COVID-19 :
 +    * [[https://www.uniprot.org/uniprot/P0DTC2|S - Spike glycoprotein precursor - Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (2019-nCoV) - S gene & protein]]
 +
  
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  • Dernière modification: 2020/06/15 01:18
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