Différences
Ci-dessous, les différences entre deux révisions de la page.
Les deux révisions précédentes Révision précédente Prochaine révision | Révision précédente | ||
teaching:progappchim:bioinformatic [2016/03/15 13:29] – villersd | teaching:progappchim:bioinformatic [2022/09/22 16:59] (Version actuelle) – [Références] villersd | ||
---|---|---|---|
Ligne 1: | Ligne 1: | ||
====== Bioinformatique ====== | ====== Bioinformatique ====== | ||
- | Manipulations | + | Un des objectifs majeurs de la [[wp> |
+ | |||
+ | Ces séquences sont accessibles librement et publiquement, | ||
+ | |||
+ | {{wp> | ||
+ | |||
+ | Voir aussi le site [[https:// | ||
+ | |||
+ | {{wp> | ||
+ | |||
+ | Voir aussi le site [[https:// | ||
+ | |||
+ | ===== Installer Biopython ===== | ||
+ | |||
+ | [[https:// | ||
+ | * Avec la distribution Anaconda, via l' | ||
+ | * via le site Pypi (pypi.org) et la commande suivante : pip install biopython | ||
- | FIXME : à compléter (différents formats, bases de données ?) | ||
===== Compter les nucléotides d'une séquence ADN ===== | ===== Compter les nucléotides d'une séquence ADN ===== | ||
- | <sxh python; title : Counting_DNA_Nucleotides-01.py> | + | <code python Counting_DNA_Nucleotides-01.py> |
# | # | ||
# -*- coding: utf-8 -*- | # -*- coding: utf-8 -*- | ||
Ligne 16: | Ligne 32: | ||
# utilisation d'une liste et de la méthode .count() | # utilisation d'une liste et de la méthode .count() | ||
- | bases=[" | + | bases = [" |
for base in bases: | for base in bases: | ||
- | print adn.count(base), | + | print(adn.count(base), |
- | + | print() | |
# Variante : | # Variante : | ||
for c in ' | for c in ' | ||
- | print adn.count(c), | + | print(adn.count(c), |
- | + | print() | |
# variante un peu moins lisible | # variante un peu moins lisible | ||
Ligne 33: | Ligne 49: | ||
# utilisation de la technique "list comprehension" | # utilisation de la technique "list comprehension" | ||
- | count=[adn.count(c) for c in ' | + | count = [adn.count(c) for c in ' |
for val in count: | for val in count: | ||
- | print val, | + | print(val,) |
- | + | print() | |
# autre "list comprehension", | # autre "list comprehension", | ||
- | print "%d %d %d %d" % tuple([adn.count(X) for X in " | + | print("%d %d %d %d" % tuple([adn.count(X) for X in " |
# count "à la main", sans utilisation de fonctions/ | # count "à la main", sans utilisation de fonctions/ | ||
Ligne 49: | Ligne 65: | ||
count[i] +=1 | count[i] +=1 | ||
for val in count: | for val in count: | ||
- | print val, | + | print(val,) |
- | + | print() | |
# count "à la main", avec .index() | # count "à la main", avec .index() | ||
Ligne 58: | Ligne 74: | ||
count[ACGT.index(c)] += 1 | count[ACGT.index(c)] += 1 | ||
for val in count: | for val in count: | ||
- | print val, | + | print(val,) |
- | + | print() | |
# utilisation de la librairie collections | # utilisation de la librairie collections | ||
Ligne 66: | Ligne 82: | ||
for c in adn: | for c in adn: | ||
ncount[c] += 1 | ncount[c] += 1 | ||
- | print ncount[' | + | print(ncount[' |
# collections.Counter | # collections.Counter | ||
from collections import Counter | from collections import Counter | ||
- | for k,v in sorted(Counter(adn).items()): | + | for k,v in sorted(Counter(adn).items()): |
- | + | | |
+ | print() | ||
# avec un dictionnaire | # avec un dictionnaire | ||
Ligne 77: | Ligne 94: | ||
for c in adn: | for c in adn: | ||
freq[c] += 1 | freq[c] += 1 | ||
- | print freq[' | + | print(freq[' |
# avec un dictionnaire et count(), impression différente | # avec un dictionnaire et count(), impression différente | ||
dico={} | dico={} | ||
for base in bases: | for base in bases: | ||
- | dico[base]=adn.count(base) | + | dico[base] = adn.count(base) |
for key,val in dico.items(): | for key,val in dico.items(): | ||
- | print "{} = {}" | + | print("{} = {}" |
- | </sxh> | + | </code> |
Ligne 91: | Ligne 108: | ||
+ lecture de fichier | + lecture de fichier | ||
- | <sxh python; title : Finding_a_Protein_Motif-01.py> | + | <code python Finding_a_Protein_Motif-01.py> |
# | # | ||
# -*- coding: utf-8 -*- | # -*- coding: utf-8 -*- | ||
Ligne 123: | Ligne 140: | ||
" | " | ||
- | aminoacids = '' | + | aminoacids = '' |
- | print aminoacids | + | print(aminoacids) |
# UniProt Protein Database access IDs | # UniProt Protein Database access IDs | ||
Ligne 132: | Ligne 149: | ||
seq_record = SeqIO.read(handle, | seq_record = SeqIO.read(handle, | ||
handle.close() | handle.close() | ||
- | + | print() | |
- | print seq_record | + | print(seq_record) |
- | </sxh> | + | </code> |
===== Références ===== | ===== Références ===== | ||
- | | + | * [[http:// |
- | * [[http:// | + | |
- | * [[http:// | + | |
- | | + | |
* [[https:// | * [[https:// | ||
* [[https:// | * [[https:// | ||
* [[https:// | * [[https:// | ||
* [[https:// | * [[https:// | ||
- | * [[http:// | + | |
+ | * [[https:// | ||
+ | * [[https:// | ||
+ | * Articles de la revue " | ||
+ | * [[https:// | ||
+ | * [[https:// | ||
+ | * documentation sur les arbres phylogénétiques : [[https:// | ||
+ | * [[http:// | ||
+ | * [[http:// | ||
+ | * [[https:// | ||
+ | * [[https:// | ||
+ | * [[https:// | ||
+ | * [[https:// | ||
+ | * [[https:// | ||
+ | * [[https:// | ||
+ | | ||
+ | * [[https:// | ||
+ | * [[http:// | ||
* références sur la lecture de fichiers : | * références sur la lecture de fichiers : | ||
* [[http:// | * [[http:// | ||
* [[http:// | * [[http:// | ||
+ | * données exemples dans le cadre de la COVID-19 : | ||
+ | * [[https:// | ||
+ | |||