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| teaching:progappchim:bioinformatic [2021/02/16 16:30] – villersd | teaching:progappchim:bioinformatic [2021/03/03 10:27] – [Installer Biopython] villersd |
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| [[https://biopython.org/|Biopython]] est une librairie de programmes en langage Python dédiée à l'étude de séquences (ADN, ARN, protéines). Pour utiliser cette librairie, elle doit-être installée au préalable, par exemple : | [[https://biopython.org/|Biopython]] est une librairie de programmes en langage Python dédiée à l'étude de séquences (ADN, ARN, protéines). Pour utiliser cette librairie, elle doit-être installée au préalable, par exemple : |
| * Avec la distribution Anaconda, via l'interface Anaconda-Navigator ou par la commande suivante : conda install -c conda-forge biopython | * Avec la distribution Anaconda, via l'interface Anaconda-Navigator, au départ du canal "conda-forge' ou par la commande suivante : conda install -c conda-forge biopython |
| * via le site Pypi (pypi.org) et la commande suivante : pip install biopython | * via le site Pypi (pypi.org) et la commande suivante : pip install biopython |
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| * [[http://www.uniprot.org/help/programmatic_access#id_mapping_python_example]] | * [[http://www.uniprot.org/help/programmatic_access#id_mapping_python_example]] |
| * [[http://www.python-simple.com/python-biopython/Lecture-ecriture-sequences.php]] | * [[http://www.python-simple.com/python-biopython/Lecture-ecriture-sequences.php]] |
| | * données exemples dans le cadre de la COVID-19 : |
| | * [[https://www.uniprot.org/uniprot/P0DTC2|S - Spike glycoprotein precursor - Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (2019-nCoV) - S gene & protein]] |
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