Différences

Ci-dessous, les différences entre deux révisions de la page.

--- teaching:progappchim:bioinformatic [2021/02/16 16:26] – villersd
+++ teaching:progappchim:bioinformatic [2021/03/03 10:27] – [Installer Biopython] villersd
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 Voir aussi le site [[https://www.ncbi.nlm.nih.gov/genbank/]]
-[[https://biopython.org/|Biopython]] est une librairie de programmes en langage Python dédiée à l'étude de séquences (ADN, ARN, protéines). Pour utiliser cette librairie, elle doit-être installée au préalable, par exemple :
+===== Installer Biopython =====
-  * Avec la distribution Anaconda, via l'interface Anaconda-Navigator ou par la commande suivante : conda install -c conda-forge biopython
+[[https://biopython.org/|Biopython]] est une librairie de programmes en langage Python dédiée à l'étude de séquences (ADN, ARN, protéines). Pour utiliser cette librairie, elle doit-être installée au préalable, par exemple :
+  * Avec la distribution Anaconda, via l'interface Anaconda-Navigator, au départ du canal "conda-forge' ou par la commande suivante : conda install -c conda-forge biopython
+  * via le site Pypi (pypi.org) et la commande suivante : pip install biopython
-<note tip>Consulter les références proposées en fin de page !</note>
 ===== Compter les nucléotides d'une séquence ADN =====
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     * [[http://www.uniprot.org/help/programmatic_access#id_mapping_python_example]]
     * [[http://www.python-simple.com/python-biopython/Lecture-ecriture-sequences.php]]
+  * données exemples dans le cadre de la COVID-19 :
+    * [[https://www.uniprot.org/uniprot/P0DTC2|S - Spike glycoprotein precursor - Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (2019-nCoV) - S gene & protein]]