Les deux révisions précédentes Révision précédente Prochaine révision | Révision précédente Prochaine révisionLes deux révisions suivantes |
teaching:progappchim:bioinformatic [2021/02/16 16:26] – villersd | teaching:progappchim:bioinformatic [2021/02/20 23:00] – [Références] villersd |
---|
| |
Voir aussi le site [[https://www.ncbi.nlm.nih.gov/genbank/]] | Voir aussi le site [[https://www.ncbi.nlm.nih.gov/genbank/]] |
| |
| ===== Installer Biopython ===== |
| |
[[https://biopython.org/|Biopython]] est une librairie de programmes en langage Python dédiée à l'étude de séquences (ADN, ARN, protéines). Pour utiliser cette librairie, elle doit-être installée au préalable, par exemple : | [[https://biopython.org/|Biopython]] est une librairie de programmes en langage Python dédiée à l'étude de séquences (ADN, ARN, protéines). Pour utiliser cette librairie, elle doit-être installée au préalable, par exemple : |
* Avec la distribution Anaconda, via l'interface Anaconda-Navigator ou par la commande suivante : conda install -c conda-forge biopython | * Avec la distribution Anaconda, via l'interface Anaconda-Navigator ou par la commande suivante : conda install -c conda-forge biopython |
| * via le site Pypi (pypi.org) et la commande suivante : pip install biopython |
| |
| |
| |
<note tip>Consulter les références proposées en fin de page !</note> | |
| |
===== Compter les nucléotides d'une séquence ADN ===== | ===== Compter les nucléotides d'une séquence ADN ===== |
* [[http://www.uniprot.org/help/programmatic_access#id_mapping_python_example]] | * [[http://www.uniprot.org/help/programmatic_access#id_mapping_python_example]] |
* [[http://www.python-simple.com/python-biopython/Lecture-ecriture-sequences.php]] | * [[http://www.python-simple.com/python-biopython/Lecture-ecriture-sequences.php]] |
| * données exemples dans le cadre de la COVID-19 : |
| * [[https://www.uniprot.org/uniprot/P0DTC2|S - Spike glycoprotein precursor - Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (2019-nCoV) - S gene & protein]] |
| |
| |