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teaching:progappchim:bioinformatic [2020/06/15 01:18] – [Références] villersd | teaching:progappchim:bioinformatic [2022/09/22 16:59] (Version actuelle) – [Références] villersd |
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====== Bioinformatique ====== | ====== Bioinformatique ====== |
Manipulations de séquences ADN, ARN, protéines,... | Un des objectifs majeurs de la [[wp>fr:Bio-informatique|bioinformatique]] réside dans l'étude automatique de séquences, principalement de l'ADN et de protéines,... |
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| Ces séquences sont accessibles librement et publiquement, notamment par ces deux sources : |
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| {{wp>fr:UniProt}} |
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| Voir aussi le site [[https://www.uniprot.org/]] |
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| {{wp>fr:GenBank}} |
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| Voir aussi le site [[https://www.ncbi.nlm.nih.gov/genbank/]] |
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| ===== Installer Biopython ===== |
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| [[https://biopython.org/|Biopython]] est une librairie de programmes en langage Python dédiée à l'étude de séquences (ADN, ARN, protéines). Pour utiliser cette librairie, elle doit-être installée au préalable, par exemple : |
| * Avec la distribution Anaconda, via l'interface Anaconda-Navigator, au départ du canal "conda-forge' ou par la commande suivante : conda install -c conda-forge biopython |
| * via le site Pypi (pypi.org) et la commande suivante : pip install biopython |
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<note tip>Consulter les références proposées en fin de page !</note> | |
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===== Compter les nucléotides d'une séquence ADN ===== | ===== Compter les nucléotides d'une séquence ADN ===== |
* [[https://en.wikipedia.org/wiki/List_of_open-source_bioinformatics_software]] | * [[https://en.wikipedia.org/wiki/List_of_open-source_bioinformatics_software]] |
* cours introductif sur biopython : | * cours introductif sur biopython : |
* [[https://www.bits.vib.be/component/content/article?id=176:biopython|Introduction to Biopython]] VIB bioinformatics core, Kristian Rother, en particulier [[https://data.bits.vib.be/pub/trainingen/Biopython/Basics_of_Biopython_1.1.pdf|ce tutoriel]] | * [[https://bioinformaticscore.sites.vib.be/en|VIB bioinformatics core]], en particulier [[https://data.bits.vib.be/pub/trainingen/Biopython/Basics_of_Biopython_1.1.pdf|ce tutoriel]] |
* [[https://www.bioinformaticsalgorithms.org/|Bioinformatics Algorithms]] | * [[https://www.bioinformaticsalgorithms.org/|Bioinformatics Algorithms]] |
* Articles de la revue "Science in School" : | * Articles de la revue "Science in School" : |
* [[http://www.uniprot.org/help/programmatic_access#id_mapping_python_example]] | * [[http://www.uniprot.org/help/programmatic_access#id_mapping_python_example]] |
* [[http://www.python-simple.com/python-biopython/Lecture-ecriture-sequences.php]] | * [[http://www.python-simple.com/python-biopython/Lecture-ecriture-sequences.php]] |
| * données exemples dans le cadre de la COVID-19 : |
| * [[https://www.uniprot.org/uniprot/P0DTC2|S - Spike glycoprotein precursor - Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (2019-nCoV) - S gene & protein]] |
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