Les deux révisions précédentes Révision précédente Prochaine révision | Révision précédente Prochaine révisionLes deux révisions suivantes |
teaching:progappchim:bioinformatic [2020/03/30 11:39] – villersd | teaching:progappchim:bioinformatic [2021/02/16 16:30] – villersd |
---|
====== Bioinformatique ====== | ====== Bioinformatique ====== |
Manipulations de séquences ADN, ARN, protéines,... | Un des objectifs majeurs de la [[wp>fr:Bio-informatique|bioinformatique]] réside dans l'étude automatique de séquences, principalement de l'ADN et de protéines,... |
| |
| Ces séquences sont accessibles librement et publiquement, notamment par ces deux sources : |
| |
| {{wp>fr:UniProt}} |
| |
| Voir aussi le site [[https://www.uniprot.org/]] |
| |
| {{wp>fr:GenBank}} |
| |
| Voir aussi le site [[https://www.ncbi.nlm.nih.gov/genbank/]] |
| |
| ===== Installer Biopython ===== |
| |
| [[https://biopython.org/|Biopython]] est une librairie de programmes en langage Python dédiée à l'étude de séquences (ADN, ARN, protéines). Pour utiliser cette librairie, elle doit-être installée au préalable, par exemple : |
| * Avec la distribution Anaconda, via l'interface Anaconda-Navigator ou par la commande suivante : conda install -c conda-forge biopython |
| * via le site Pypi (pypi.org) et la commande suivante : pip install biopython |
| |
<note tip>Consulter les références proposées en fin de page !</note> | |
| |
===== Compter les nucléotides d'une séquence ADN ===== | ===== Compter les nucléotides d'une séquence ADN ===== |
* cours introductif sur biopython : | * cours introductif sur biopython : |
* [[https://www.bits.vib.be/component/content/article?id=176:biopython|Introduction to Biopython]] VIB bioinformatics core, Kristian Rother, en particulier [[https://data.bits.vib.be/pub/trainingen/Biopython/Basics_of_Biopython_1.1.pdf|ce tutoriel]] | * [[https://www.bits.vib.be/component/content/article?id=176:biopython|Introduction to Biopython]] VIB bioinformatics core, Kristian Rother, en particulier [[https://data.bits.vib.be/pub/trainingen/Biopython/Basics_of_Biopython_1.1.pdf|ce tutoriel]] |
| * [[https://www.bioinformaticsalgorithms.org/|Bioinformatics Algorithms]] |
* Articles de la revue "Science in School" : | * Articles de la revue "Science in School" : |
* [[https://www.scienceinschool.org/2010/issue17/bioinformatics|Bioinformatics with pen and paper: building a phylogenetic tree]] Cleopatra Kozlowski, 07/12/2010 | * [[https://www.scienceinschool.org/2010/issue17/bioinformatics|Bioinformatics with pen and paper: building a phylogenetic tree]] Cleopatra Kozlowski, 07/12/2010 |