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teaching:progappchim:bioinformatic

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villersd
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 Manipulations de séquences ADN, ARN, protéines,​... Manipulations de séquences ADN, ARN, protéines,​...
  
-FIXME : à compléter (différents formats, bases de données ?)+<note tip>​Consulter les références proposées en fin de page !</​note>​
  
 ===== Compter les nucléotides d'une séquence ADN ===== ===== Compter les nucléotides d'une séquence ADN =====
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 ===== Références ===== ===== Références =====
-  ​* [[http://​www.scienceinschool.org/​2014/​issue29/​online_bioinf|Using biological databases to teach evolution and biochemistry]] +  * [[http://​biopython.org/​wiki/​Main_Page|Biopython]] ​(librairie python de bioinformatique)
-  * [[http://​rosalind.info/​|Rosalind]],​ plateforme d'​apprentissage de la programmation en bioinformatique +
-  * [[http://​www.ncbi.nlm.nih.gov/​genbank/​|GenBank]] +
-  ​* [[http://​biopython.org/​wiki/​Main_Page|Biopython]]+
   * [[https://​en.wikipedia.org/​wiki/​Bioinformatics]]   * [[https://​en.wikipedia.org/​wiki/​Bioinformatics]]
   * [[https://​en.wikipedia.org/​wiki/​Open_Bioinformatics_Foundation]]   * [[https://​en.wikipedia.org/​wiki/​Open_Bioinformatics_Foundation]]
   * [[https://​en.wikipedia.org/​wiki/​FASTA_format]]   * [[https://​en.wikipedia.org/​wiki/​FASTA_format]]
   * [[https://​en.wikipedia.org/​wiki/​List_of_open-source_bioinformatics_software]]   * [[https://​en.wikipedia.org/​wiki/​List_of_open-source_bioinformatics_software]]
-  * [[http://​www.amberbiology.com/​]],​ "​Python For The Life Sciences. A gentle introduction to Python for life scientists"​ (à paraître) +  * cours introductif ​sur biopython ​
-  * références ​sur la lecture de fichiers ​+    * [[https://www.bits.vib.be/component/content/​article?​id=176:​biopython|Introduction to Biopython]] VIB bioinformatics core, Kristian Rother, en particulier ​[[https://data.bits.vib.be/pub/trainingen/​Biopython/​Basics_of_Biopython_1.1.pdf|ce tutoriel]]
-    * [[http://www.uniprot.org/help/programmatic_access#​id_mapping_python_example]] +
-    * [[http://www.python-simple.com/python-biopython/Lecture-ecriture-sequences.php]]+
   * Articles de la revue "​Science in School"​ :   * Articles de la revue "​Science in School"​ :
     * [[https://​www.scienceinschool.org/​2010/​issue17/​bioinformatics|Bioinformatics with pen and paper: building a phylogenetic tree]] Cleopatra Kozlowski, 07/12/2010     * [[https://​www.scienceinschool.org/​2010/​issue17/​bioinformatics|Bioinformatics with pen and paper: building a phylogenetic tree]] Cleopatra Kozlowski, 07/12/2010
     * [[https://​www.scienceinschool.org/​2014/​issue29/​online_bioinf|Using biological databases to teach evolution and biochemistry]],​ Germán Tenorio, 02/06/2014     * [[https://​www.scienceinschool.org/​2014/​issue29/​online_bioinf|Using biological databases to teach evolution and biochemistry]],​ Germán Tenorio, 02/06/2014
   * documentation sur les arbres phylogénétiques : [[https://​biopython.org/​wiki/​Phylo]]   * documentation sur les arbres phylogénétiques : [[https://​biopython.org/​wiki/​Phylo]]
-  * cours introductif sur biopython ​+  * [[http://​rosalind.info/​|Rosalind]],​ plateforme d'​apprentissage de la programmation en bioinformatique 
-    * [[https://www.bits.vib.be/component/content/article?​id=176:biopython|Introduction ​to Biopython]] VIB bioinformatics ​core, Kristian Rother+    * [[http://​rosalind.info/​glossary/​|Glossaire de bioinformatique]] 
 +  * [[https://​stepik.org/​catalog?​language=en&​q=bioinformatics|Catalog – Stepik]] cours et challenges en programmation,​ avec des activités en bioinformatique 
 +    * [[https://​stepik.org/​course/​2/​promo|Bioinformatics Algorithms – Stepik]] (cours introductif
 +    * [[https://​stepik.org/​org/​bioinf|Bioinformatics Institute – Stepik]] ("​institut virtuel"​ russe sur l'​apprentissage de la bioinformatique) 
 +    * [[https://​stepik.org/​course/​945|Bioinformatics Contest 2017 – Stepik]] concours de programmation 2017 
 +    * [[https://stepik.org/​course/​4377/​promo|Bioinformatics Contest 2018 – Stepik]] concours de programmation 2018 
 +    * [[https://​stepik.org/course/43615/promo|Bioinformatics Contest 2019 – Stepik]] ​ concours de programmation 2019 
 +  * [[http://​www.amberbiology.com/​]] & [[https://​pythonforthelifesciences.com/​|Python for the Life Sciences – A gentle introduction ​to Python for life scientists]] programmation privilégiant les modules standards de Python (pas le module biopython par exemple) 
 +  * [[https://​www.packtpub.com/​eu/​application-development/​bioinformatics-python-cookbook|Bioinformatics with Python Cookbook]] livre utilisant beaucoup la librairie biopython 
 +  * [[http://​www.ncbi.nlm.nih.gov/​genbank/​|GenBank]] 
 +  * références sur la lecture de fichiers : 
 +    * [[http://​www.uniprot.org/​help/​programmatic_access#​id_mapping_python_example]] 
 +    * [[http://​www.python-simple.com/​python-biopython/​Lecture-ecriture-sequences.php]] 
teaching/progappchim/bioinformatic.txt · Dernière modification: 2020/06/15 01:18 par villersd