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teaching:progappchim:bioinformatic [2019/03/21 13:53] – [Trouver un motif] villersd | teaching:progappchim:bioinformatic [2021/03/03 10:27] – [Installer Biopython] villersd |
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====== Bioinformatique ====== | ====== Bioinformatique ====== |
Manipulations de séquences ADN, ARN, protéines,... | Un des objectifs majeurs de la [[wp>fr:Bio-informatique|bioinformatique]] réside dans l'étude automatique de séquences, principalement de l'ADN et de protéines,... |
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| Ces séquences sont accessibles librement et publiquement, notamment par ces deux sources : |
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| {{wp>fr:UniProt}} |
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| Voir aussi le site [[https://www.uniprot.org/]] |
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| {{wp>fr:GenBank}} |
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| Voir aussi le site [[https://www.ncbi.nlm.nih.gov/genbank/]] |
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| ===== Installer Biopython ===== |
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| [[https://biopython.org/|Biopython]] est une librairie de programmes en langage Python dédiée à l'étude de séquences (ADN, ARN, protéines). Pour utiliser cette librairie, elle doit-être installée au préalable, par exemple : |
| * Avec la distribution Anaconda, via l'interface Anaconda-Navigator, au départ du canal "conda-forge' ou par la commande suivante : conda install -c conda-forge biopython |
| * via le site Pypi (pypi.org) et la commande suivante : pip install biopython |
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FIXME : à compléter (différents formats, bases de données ?) | |
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===== Compter les nucléotides d'une séquence ADN ===== | ===== Compter les nucléotides d'une séquence ADN ===== |
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===== Références ===== | ===== Références ===== |
* [[http://www.scienceinschool.org/2014/issue29/online_bioinf|Using biological databases to teach evolution and biochemistry]] | * [[http://biopython.org/wiki/Main_Page|Biopython]] (librairie python de bioinformatique) |
* [[http://rosalind.info/|Rosalind]], plateforme d'apprentissage de la programmation en bioinformatique | |
* [[http://www.ncbi.nlm.nih.gov/genbank/|GenBank]] | |
* [[http://biopython.org/wiki/Main_Page|Biopython]] | |
* [[https://en.wikipedia.org/wiki/Bioinformatics]] | * [[https://en.wikipedia.org/wiki/Bioinformatics]] |
* [[https://en.wikipedia.org/wiki/Open_Bioinformatics_Foundation]] | * [[https://en.wikipedia.org/wiki/Open_Bioinformatics_Foundation]] |
* [[https://en.wikipedia.org/wiki/FASTA_format]] | * [[https://en.wikipedia.org/wiki/FASTA_format]] |
* [[https://en.wikipedia.org/wiki/List_of_open-source_bioinformatics_software]] | * [[https://en.wikipedia.org/wiki/List_of_open-source_bioinformatics_software]] |
* [[http://www.amberbiology.com/]], "Python For The Life Sciences. A gentle introduction to Python for life scientists" (à paraître) | * cours introductif sur biopython : |
| * [[https://www.bits.vib.be/component/content/article?id=176:biopython|Introduction to Biopython]] VIB bioinformatics core, Kristian Rother, en particulier [[https://data.bits.vib.be/pub/trainingen/Biopython/Basics_of_Biopython_1.1.pdf|ce tutoriel]] |
| * [[https://www.bioinformaticsalgorithms.org/|Bioinformatics Algorithms]] |
| * Articles de la revue "Science in School" : |
| * [[https://www.scienceinschool.org/2010/issue17/bioinformatics|Bioinformatics with pen and paper: building a phylogenetic tree]] Cleopatra Kozlowski, 07/12/2010 |
| * [[https://www.scienceinschool.org/2014/issue29/online_bioinf|Using biological databases to teach evolution and biochemistry]], Germán Tenorio, 02/06/2014 |
| * documentation sur les arbres phylogénétiques : [[https://biopython.org/wiki/Phylo]] |
| * [[http://rosalind.info/|Rosalind]], plateforme d'apprentissage de la programmation en bioinformatique |
| * [[http://rosalind.info/glossary/|Glossaire de bioinformatique]] |
| * [[https://stepik.org/catalog?language=en&q=bioinformatics|Catalog – Stepik]] cours et challenges en programmation, avec des activités en bioinformatique |
| * [[https://stepik.org/course/2/promo|Bioinformatics Algorithms – Stepik]] (cours introductif) |
| * [[https://stepik.org/org/bioinf|Bioinformatics Institute – Stepik]] ("institut virtuel" russe sur l'apprentissage de la bioinformatique) |
| * [[https://stepik.org/course/945|Bioinformatics Contest 2017 – Stepik]] concours de programmation 2017 |
| * [[https://stepik.org/course/4377/promo|Bioinformatics Contest 2018 – Stepik]] concours de programmation 2018 |
| * [[https://stepik.org/course/43615/promo|Bioinformatics Contest 2019 – Stepik]] concours de programmation 2019 |
| * [[http://www.amberbiology.com/]] & [[https://pythonforthelifesciences.com/|Python for the Life Sciences – A gentle introduction to Python for life scientists]] programmation privilégiant les modules standards de Python (pas le module biopython par exemple) |
| * [[https://www.packtpub.com/eu/application-development/bioinformatics-python-cookbook|Bioinformatics with Python Cookbook]] livre utilisant beaucoup la librairie biopython |
| * [[http://www.ncbi.nlm.nih.gov/genbank/|GenBank]] |
* références sur la lecture de fichiers : | * références sur la lecture de fichiers : |
* [[http://www.uniprot.org/help/programmatic_access#id_mapping_python_example]] | * [[http://www.uniprot.org/help/programmatic_access#id_mapping_python_example]] |
* [[http://www.python-simple.com/python-biopython/Lecture-ecriture-sequences.php]] | * [[http://www.python-simple.com/python-biopython/Lecture-ecriture-sequences.php]] |
| * données exemples dans le cadre de la COVID-19 : |
| * [[https://www.uniprot.org/uniprot/P0DTC2|S - Spike glycoprotein precursor - Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (2019-nCoV) - S gene & protein]] |
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