teaching:progappchim:bioinformatic

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 Manipulations de séquences ADN, ARN, protéines,... Manipulations de séquences ADN, ARN, protéines,...
  
-FIXME : à compléter (différents formats, bases de données ?)+<note tip>Consulter les références proposées en fin de page !</note>
  
 ===== Compter les nucléotides d'une séquence ADN ===== ===== Compter les nucléotides d'une séquence ADN =====
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 ===== Références ===== ===== Références =====
-  * [[http://www.scienceinschool.org/2014/issue29/online_bioinf|Using biological databases to teach evolution and biochemistry]] +  * [[http://biopython.org/wiki/Main_Page|Biopython]] (librairie python de bioinformatique)
-  * [[http://rosalind.info/|Rosalind]], plateforme d'apprentissage de la programmation en bioinformatique +
-  * [[http://www.ncbi.nlm.nih.gov/genbank/|GenBank]] +
-  * [[http://biopython.org/wiki/Main_Page|Biopython]]+
   * [[https://en.wikipedia.org/wiki/Bioinformatics]]   * [[https://en.wikipedia.org/wiki/Bioinformatics]]
   * [[https://en.wikipedia.org/wiki/Open_Bioinformatics_Foundation]]   * [[https://en.wikipedia.org/wiki/Open_Bioinformatics_Foundation]]
   * [[https://en.wikipedia.org/wiki/FASTA_format]]   * [[https://en.wikipedia.org/wiki/FASTA_format]]
   * [[https://en.wikipedia.org/wiki/List_of_open-source_bioinformatics_software]]   * [[https://en.wikipedia.org/wiki/List_of_open-source_bioinformatics_software]]
-  * [[http://www.amberbiology.com/]], "Python For The Life SciencesA gentle introduction to Python for life scientists(à paraître)+  * cours introductif sur biopython : 
 +    * [[https://www.bits.vib.be/component/content/article?id=176:biopython|Introduction to Biopython]] VIB bioinformatics core, Kristian Rother  * [[http://www.scienceinschool.org/2014/issue29/online_bioinf|Using biological databases to teach evolution and biochemistry]] 
 +  * Articles de la revue "Science in School"
 +    * [[https://www.scienceinschool.org/2010/issue17/bioinformatics|Bioinformatics with pen and paper: building a phylogenetic tree]] Cleopatra Kozlowski07/12/2010 
 +    * [[https://www.scienceinschool.org/2014/issue29/online_bioinf|Using biological databases to teach evolution and biochemistry]], Germán Tenorio, 02/06/2014 
 +  * documentation sur les arbres phylogénétiques : [[https://biopython.org/wiki/Phylo]] 
 +  * [[http://rosalind.info/|Rosalind]], plateforme d'apprentissage de la programmation en bioinformatique 
 +  * [[https://stepik.org/catalog?language=en&q=bioinformatics|Catalog – Stepik]] cours et challenges en programmation, avec des activités en bioinformatique 
 +    * [[https://stepik.org/course/2/promo|Bioinformatics Algorithms – Stepik]] (cours introductif) 
 +    * [[https://stepik.org/org/bioinf|Bioinformatics Institute – Stepik]] ("institut virtuel" russe sur l'apprentissage de la bioinformatique) 
 +    * [[https://stepik.org/course/945|Bioinformatics Contest 2017 – Stepik]] concours de programmation 2017 
 +    * [[https://stepik.org/course/4377/promo|Bioinformatics Contest 2018 – Stepik]] concours de programmation 2018 
 +    * [[https://stepik.org/course/43615/promo|Bioinformatics Contest 2019 – Stepik]]  concours de programmation 2019 
 +  * [[http://www.amberbiology.com/]] & [[https://pythonforthelifesciences.com/|Python for the Life Sciences – A gentle introduction to Python for life scientists]] (livre) 
 +  * [[https://www.packtpub.com/eu/application-development/bioinformatics-python-cookbook|Bioinformatics with Python Cookbook]] (livre) 
 +  * [[http://www.ncbi.nlm.nih.gov/genbank/|GenBank]]
   * références sur la lecture de fichiers :   * références sur la lecture de fichiers :
     * [[http://www.uniprot.org/help/programmatic_access#id_mapping_python_example]]     * [[http://www.uniprot.org/help/programmatic_access#id_mapping_python_example]]
     * [[http://www.python-simple.com/python-biopython/Lecture-ecriture-sequences.php]]     * [[http://www.python-simple.com/python-biopython/Lecture-ecriture-sequences.php]]
  
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  • Dernière modification : 2022/09/22 16:59
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