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        <title>Didier Villers, UMONS - wiki</title>
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        <title>teaching:progappchim:matplotlib_gallery:potentiel_energy_surface</title>
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        <description>Surface d&#039;énergie potentielle

Historique

Eyring et Polanyi ont publié en 1931 l&#039;article On Simple Gas Reactions dans lequel ils décrivent les trajets des atomes dans la réaction  + H --&gt; H +  (échange d&#039;atomes). Ces travaux aboutiront au développement des notions de $E_{bond}= D_e [\exp(-2\beta(r-r_e))-2\exp(-\beta(r-r_e))]$$E_{ant}= \frac{D_e}{2} [\exp(-2\beta(r-r_e))+2\exp(-\beta(r-r_e))]$$r_e$$D_e$$\beta$$E_{bond}= \frac{Q_{AB}+\alpha_{AB}}{1+S^2_{AB}} = \frac{Q_{AB}+\alpha_{AB}}{1+k}$$E_{a…</description>
    </item>
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        <dc:creator>Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com)</dc:creator>
        <title>teaching:progappchim:openbabel_jmol</title>
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        <description>OpenBabel et Jmol

OpenBabel

OpenBabel est un ensemble de programme permettant de manipuler et convertir les fichiers de description de molécules dans différents formats.

	*  Site officiel : &lt;http://openbabel.org/wiki/Main_Page&gt;
	*  Interfaçage en Python : &lt;http://openbabel.org/wiki/Python&gt;

Pour utiliser OpenBabel en python, il faut installer au préalable ces outils. Sous Linux (Debian, Ubuntu,</description>
    </item>
    <item rdf:about="https://dvillers.umons.ac.be/wiki/teaching:progappchim:open_chemical_databases?rev=1430303508&amp;do=diff">
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        <dc:date>2015-04-29T12:31:48+00:00</dc:date>
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        <title>teaching:progappchim:open_chemical_databases</title>
        <link>https://dvillers.umons.ac.be/wiki/teaching:progappchim:open_chemical_databases?rev=1430303508&amp;do=diff</link>
        <description>Bases de données libres en chimie

Références

Databases, databank

	*  Chemical databases +...
	*  &lt;http://www.mtdcadd.com/&gt;
	*  &lt;http://www.drugbank.ca/&gt;
	*  &lt;http://www.genome.jp/kegg/&gt;
	*  &lt;http://zinc.docking.org/&gt;
	*  &lt;http://bidd.nus.edu.sg/group/cjttd/&gt;

Données de wikipedia

	*  Chembox template
		*  &lt;http://en.wikipedia.org/wiki/Category:Commodity_chemicals&gt;
		*  &lt;http://fr.wikipedia.org/wiki/Cat%C3%A9gorie:Produit_chimique&gt;
		*  &lt;http://en.wikipedia.org/wiki/Category:Chemical_substanc…</description>
    </item>
    <item rdf:about="https://dvillers.umons.ac.be/wiki/teaching:progappchim:epidemie_coronavirus?rev=1594605869&amp;do=diff">
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        <title>teaching:progappchim:epidemie_coronavirus</title>
        <link>https://dvillers.umons.ac.be/wiki/teaching:progappchim:epidemie_coronavirus?rev=1594605869&amp;do=diff</link>
        <description>Épidémie du coronavirus COVID-19

Références :

	*  Coronavirus disease 2019
	*  Maladie à coronavirus 2019
	*  Coronavirus COVID-19 Global Cases by Johns Hopkins CSSE
	*  Coronavirus (COVID-19) Mortality Rate
	*  data : &lt;https://github.com/CSSEGISandData/COVID-19/tree/master/csse_covid_19_data&gt;

Programmes de représentations

FIXME

Quelques simulations SEIR effectuées par des scientifiques :

	*  Marius Gilbert (ULB/FNRS, Spatial Epidemiology lab (SpELL), &lt;https://twitter.com/mariusgilbert/sta…</description>
    </item>
    <item rdf:about="https://dvillers.umons.ac.be/wiki/teaching:progappchim:lennard-jones?rev=1425554095&amp;do=diff">
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        <title>teaching:progappchim:lennard-jones</title>
        <link>https://dvillers.umons.ac.be/wiki/teaching:progappchim:lennard-jones?rev=1425554095&amp;do=diff</link>
        <description>Représentation du potentiel de Lennard-Jones

L&#039;utilisation de fonctions en python permet de nombreuses applications par la création de graphiques. En utilisant la “bibliothèque matplotlib/pylab”, vous pourrez donc aisément créer des graphes de fonction.$V_{LJ} = 4\varepsilon \left[ \left(\frac{\sigma}{r}\right)^{12} - \left(\frac{\sigma}{r}\right)^{6} \right] = \varepsilon \left[ \left(\frac{r_{m}}{r}\right)^{12} - 2\left(\frac{r_{m}}{r}\right)^{6} \right]$$r_{m} = 2^{1/6} \sigma$$U_{tot} = \fr…</description>
    </item>
    <item rdf:about="https://dvillers.umons.ac.be/wiki/teaching:progappchim:notions_fondamentales?rev=1683095960&amp;do=diff">
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        <title>teaching:progappchim:notions_fondamentales</title>
        <link>https://dvillers.umons.ac.be/wiki/teaching:progappchim:notions_fondamentales?rev=1683095960&amp;do=diff</link>
        <description>Notions fondamentales

Aide mémoire synthétique sur le langage Python.

Règles de base

Ces règles peuvent être testées via le mode interactif de Python (en utilisant la fenêtre “Shell” ou console de l&#039;éditeur Idle ou Idle3 par exemple).</description>
    </item>
    <item rdf:about="https://dvillers.umons.ac.be/wiki/teaching:progappchim:ph-3d?rev=1613464052&amp;do=diff">
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        <title>teaching:progappchim:ph-3d</title>
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        <description>Représentation 3D du pH

Cas d&#039;un acide en fonction d&#039;un ajout de base et d&#039;une dilution globale : cf. cet article


#! /usr/bin/env python
# -*- coding: utf-8 -*-
&quot;&quot;&quot;
Use of numpy polynomes to compute pH of weak acid and strong base

3D topographic surface generation in the same conditions as
the following paper :
3-D Surface Visualization of pH Titration “Topos”:
Equivalence Point Cliffs, Dilution Ramps, and Buffer Plateaus&quot;  
Garon C. Smith, Md Mainul Hossain and Patrick MacCarthy
J. Chem. Ed…</description>
    </item>
    <item rdf:about="https://dvillers.umons.ac.be/wiki/teaching:progappchim:polynomes-10?rev=1487933613&amp;do=diff">
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        <title>teaching:progappchim:polynomes-10</title>
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        <description>Polynômes : fonctionnalités supplémentaires

Voici quelques fonctions utiles pour manipuler les polynômes :

Dérivation

Proposé et testé par RL, étudiant ba2 2012-2013.


#!/usr/bin/env python
# -*- coding: utf-8 -*-
def polyderiv(a):
    &quot;&quot;&quot;
    dérivation d&#039;un polynôme
    &quot;&quot;&quot;
    b = a[:]       #copie de la liste des coefficients du polynôme de départ
    n = len(b) -1  #ordre du polynôme
    for i in range (n+1):
        b[i] = b[i] * i  #on redéfinit chaque coefficient i de la liste par ce…</description>
    </item>
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        <description>~~REVEAL transition=convex&amp;controls=1&amp;show_progress_bar=1&amp;build_all_lists=1&amp;open_in_new_window=1~~

Programmer en Python

Généralités

	*  Qu&#039;est-ce qu&#039;un langage de programmation ?
	*  Compilation ou interprétation, ou... ?

Rôle des langages de programmation</description>
    </item>
    <item rdf:about="https://dvillers.umons.ac.be/wiki/teaching:progappchim:start?rev=1678698865&amp;do=diff">
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        <title>teaching:progappchim:start</title>
        <link>https://dvillers.umons.ac.be/wiki/teaching:progappchim:start?rev=1678698865&amp;do=diff</link>
        <description>Programmation appliquée à la chimie
&lt;https://lukasz.langa.pl/f15a8851-af26-4e94-a4b1-c146c57c9d20/&gt;
Aux dernières nouvelles (14/12/2022) Serhiy Storchaka vit toujours en Ukraine, à 20 km de Konotop !!

Le cours “Programmation appliquée à la chimie” de bachelier en sciences chimiques (15 H cours et 15 H exercices, bloc2) utilise deux supports :</description>
    </item>
    <item rdf:about="https://dvillers.umons.ac.be/wiki/teaching:progappchim:matplotlib_gallery:potentiel_morse?rev=1582621465&amp;do=diff">
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        <title>teaching:progappchim:matplotlib_gallery:potentiel_morse</title>
        <link>https://dvillers.umons.ac.be/wiki/teaching:progappchim:matplotlib_gallery:potentiel_morse?rev=1582621465&amp;do=diff</link>
        <description>Potentiel de Morse

Potentiel de Morse et approximation harmonique, avec représentation des niveaux d&#039;énergie des modèles quantiques correspondants.

Code source : 


#! /usr/bin/env python
# -*- coding: utf-8 -*-
&quot;&quot;&quot;
Représentation du potentiel de Morse pour H2
http://en.wikipedia.org/wiki/Morse_potential
http://en.wikipedia.org/wiki/Quantum_harmonic_oscillator approximation harmonique
D_e = 7.6E-19 J
a = 19.3E-15 m
r_e= 74.1E-12 m
dérivée de seconde d2V/dr2 = 2 * D_e * a**2.
&quot;&quot;&quot;
import matplot…</description>
    </item>
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