https://dvillers.umons.ac.be/wiki/ 2026-05-02T19:20:43+00:00 https://dvillers.umons.ac.be/wiki/ https://dvillers.umons.ac.be/wiki/_media/favicon.ico text/html 2023-03-13T10:14:25+00:00 Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) https://dvillers.umons.ac.be/wiki/teaching:progappchim:start?rev=1678698865&do=diff Programmation appliquée à la chimie <https://lukasz.langa.pl/f15a8851-af26-4e94-a4b1-c146c57c9d20/> Aux dernières nouvelles (14/12/2022) Serhiy Storchaka vit toujours en Ukraine, à 20 km de Konotop !! Le cours “Programmation appliquée à la chimie” de bachelier en sciences chimiques (15 H cours et 15 H exercices, bloc2) utilise deux supports : text/html 2022-11-15T10:08:25+00:00 Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) https://dvillers.umons.ac.be/wiki/teaching:progappchim:pandas?rev=1668503305&do=diff Pandas Module pour l'analyse de données, pouvant se substituer à l'utilisation d'un tableur. Une différence fondamentale de la librairie pandas avec NumPy, c'est que les tableaux NumPy (NumPy arrays) ont le même type (dtype) pour le tableau entier, tandis que les tableaux pandas (pandas DataFrames) sont caractérisés par un type unique (dtype) par colonne.$X$$x$$P(x)$$X$$x$$x_1, x_2, x_3, ...$$X$$P(x_i)$$X$$x$$P(x)$$x$$x+dx$$P(x)$$x$$P(x) dx$$P(x) dx = P(x \le X < x+dx)$$P(x_i) \ge 0$$x_i$$P(x) … text/html 2020-07-13T04:04:29+00:00 Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) https://dvillers.umons.ac.be/wiki/teaching:progappchim:epidemie_coronavirus?rev=1594605869&do=diff Épidémie du coronavirus COVID-19 Références : * Coronavirus disease 2019 * Maladie à coronavirus 2019 * Coronavirus COVID-19 Global Cases by Johns Hopkins CSSE * Coronavirus (COVID-19) Mortality Rate * data : <https://github.com/CSSEGISandData/COVID-19/tree/master/csse_covid_19_data> Programmes de représentations FIXME Quelques simulations SEIR effectuées par des scientifiques : * Marius Gilbert (ULB/FNRS, Spatial Epidemiology lab (SpELL), <https://twitter.com/mariusgilbert/sta… text/html 2023-07-11T07:46:36+00:00 Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) https://dvillers.umons.ac.be/wiki/teaching:progappchim:matplotlib_simple?rev=1689054396&do=diff Les bases de Matplotlib, une librairie pour réaliser des graphiques 2D Matplotlib est une bibliothèque très puissante du langage de programmation Python destinée à tracer et visualiser des données sous formes de graphiques. Elle est souvent combinée avec les bibliothèques python de calcul scientifique : text/html 2022-06-10T08:56:04+00:00 Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) https://dvillers.umons.ac.be/wiki/teaching:progappchim:jupyter?rev=1654844164&do=diff Jupyter, IPython Notebooks et JupyterLab * Jupyter a succédé à IPython Notebook * Jupyter est installé par défaut avec la distribution python Anaconda. C'est la manière la plus adéquate d'utiliser Jupyter. * Sinon, on peut utiliser facilement les notebooks Jupyter sur la plateforme text/html 2022-11-20T11:08:54+00:00 Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) https://dvillers.umons.ac.be/wiki/teaching:progappchim:mendeleev?rev=1668938934&do=diff Librairie Mendeleev La librairie Mendeleev est complète et évoluée * Package repository sur PyPI : <https://pypi.org/project/mendeleev/> * Page officielle, description et code source : <https://github.com/lmmentel/mendeleev> * Documentation complète : <https://mendeleev.readthedocs.io/en/stable/> * Tutoriels : <https://mendeleev.readthedocs.io/en/stable/tutorials.html> * Notebook Jupyter (exemples) : * <https://nbviewer.jupyter.org/github/lmmentel/mendeleev/blob/master/docs/sou… text/html 2023-03-07T13:05:54+00:00 Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) https://dvillers.umons.ac.be/wiki/teaching:progappchim:numpy_simple?rev=1678190754&do=diff Les bases de NumPy NumPy est une extension du langage de programmation Python, destinée à manipuler des matrices ou tableaux multidimensionnels ainsi que des fonctions mathématiques opérant sur ces tableaux. Chaque élément d'un tableau numpy occupe un nombre fixe d'octets, associé à un type particulier de donnée (data-type, ou dtype). Les types les plus courants incluent les entiers, bytes, entiers courts, booléens, nombres en virgule flottante, nombres complexes, text/html 2021-10-13T13:23:12+00:00 Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) https://dvillers.umons.ac.be/wiki/teaching:progappchim:bokeh_simple?rev=1634124192&do=diff Les bases de Bokeh, une librairie pour des visualisations interactives dans un navigateur web * page d'entrée sur Bokeh * User guide * Galerie d'exemples * Bokeh dans les Jupyter notebooks * Bokeh tutorial in live Jupyter Notebooks * Reference guide * Réseaux sociaux : * Twitter * GitHub * Youtube Exemples scientifiques * Interactions sur la fonction sinus (amplitude, décalage vertical, fréquence, déphasage) + text/html 2021-03-02T12:31:46+00:00 Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) https://dvillers.umons.ac.be/wiki/teaching:progappchim:elements_molecules?rev=1614684706&do=diff Éléments et molécules Les propriétés des éléments chimiques, de molécules peuvent être dressées, listées,... par un programme si on dispose des données. Celles-ci étant communes à tous les chimistes, et uniquement susceptibles de quelques modifications, il est utile de reprendre une source commune primaire (IUPAC) ou secondaire (comme Wikipedia) plutôt que de redéfinir toutes ces valeurs dans un programme. text/html 2023-05-03T08:39:20+00:00 Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) https://dvillers.umons.ac.be/wiki/teaching:progappchim:notions_fondamentales?rev=1683095960&do=diff Notions fondamentales Aide mémoire synthétique sur le langage Python. Règles de base Ces règles peuvent être testées via le mode interactif de Python (en utilisant la fenêtre “Shell” ou console de l'éditeur Idle ou Idle3 par exemple). text/html 2022-12-08T17:49:25+00:00 Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) https://dvillers.umons.ac.be/wiki/teaching:progappchim:polynomes-12?rev=1670518165&do=diff Utilisation de polynômes orthogonaux avec NumPy Voici un programme permettant d'obtenir le même graphe que celui obtenu précédemment, en utilisant les modules spécifiques de NumPy. Cet exemple montre tout l'intérêt d'utiliser des modules pré-existants. Le programme est réduit à 3 lignes pour l'importation, 4 pour la création des graphes et 4 pour commander la représentation. text/html 2021-03-09T11:25:40+00:00 Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) https://dvillers.umons.ac.be/wiki/teaching:progappchim:analyse_images?rev=1615285540&do=diff Analyse d'images Le traitement d'images permet de transformer des images. L'analyse d'images permet d'extraire des informations contenues dans une image. Il est aussi possible d'effectuer des tâches plus complexes de reconnaissance et d'analyse de scènes. text/html 2019-08-11T11:26:20+00:00 Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) https://dvillers.umons.ac.be/wiki/teaching:progappchim:attracteur_lorenz?rev=1565515580&do=diff L'attracteur de Lorenz L'attracteur de Lorenz est un système d'équations différentielles ordinaires au comportement particulier, chaotique. C'est un exemple classique de nombreux cours scientifiques, et plusieurs sites proposent des solutions. Avec du code appliquant le méthode de Runge-Kutta d'ordre 4 text/html 2021-02-23T15:33:34+00:00 Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) https://dvillers.umons.ac.be/wiki/teaching:progappchim:plot_sinus_cosinus?rev=1614090814&do=diff Graphe simple de sinus et cosinus On montre en détail comment réaliser une représentation graphique simple des fonctions sinus et cosinus. Au départ le graphique utilisera les réglages par défaut et la figure sera ensuite améliorée pas à pas en commentant les instructions matplotlib utilisées. text/html 2019-03-22T12:07:33+00:00 Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) https://dvillers.umons.ac.be/wiki/teaching:progappchim:scipy_simple?rev=1553252853&do=diff Les bases de SciPy La librairie SciPy ajoute à NumPy des fonctionnalités mathématiques. Directive d'importation * Méthode standard : import scipy as sp * Importation par sous-modules (cf le site de Scipy) : from scipy import optimize from scipy import interpolate from scipy import integrate ... text/html 2023-01-19T15:46:31+00:00 Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) https://dvillers.umons.ac.be/wiki/teaching:progappchim:tkinter_gui_simple?rev=1674139591&do=diff Les bases d'un interface graphique avec Tkinter Quelques références de base pour utiliser Tkinter * Documentation officielle : * Les interfaces graphiques TK * tkinter — interface Python à Tcl/Tk, reprenant quelques références recommandées * Python 3 avec Tk intègre également les extensions text/html 2023-01-10T09:04:54+00:00 Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) https://dvillers.umons.ac.be/wiki/teaching:progappchim:algos_entiers?rev=1673337894&do=diff Algorithmes sur entiers cf....... Cette page reprend quelques grands algorithmes classiques sur les nombres entiers, et introduit quelques algorithmes ayant des applications en chimie. Recherche du PGCD (plus grand commun diviseur) Explication géométrique : en comprenant un nombre entier comme une longueur et un couple d'entiers (a,b) comme un rectangle, leur PGCD est la longueur du côté du plus grand carré permettant de carreler entièrement ce rectangle. L'algorithme d'Euclide décompose ce re… text/html 2020-06-01T17:55:38+00:00 Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) https://dvillers.umons.ac.be/wiki/teaching:progappchim:altair_simple?rev=1591026938&do=diff les bases de Altair, une librairie graphique interactive * Altair: Declarative Visualization in Python — Altair 4.1.0 documentation * altair · PyPI * (Tutorial) Altair in Python: Data Visualizations - DataCamp * Python Interactive Data Visualization with Altair - Towards Data Science * Stackoverflow * python - Altair not rendering chart in jupyter notebook - Stack Overflow * python - Not able to display altair charts in jupyter notebook - Stack Overflow text/html 2023-03-20T12:23:07+00:00 Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) https://dvillers.umons.ac.be/wiki/teaching:progappchim:chempy?rev=1679311387&do=diff ChemPy * <https://pypi.org/project/chempy/> : installation et documentation #!/usr/bin/env python3 # -*- coding: utf-8 -*- """ Created on Tue May 4 10:25:51 2021 @author: villersd Librairie chempy : https://pypi.org/project/chempy/#documentation https://github.com/bjodah/chempy installation Linux : conda install -c bjodah chempy pytest installation Windows & OS X : python -m pip install chempy pytest python -m pytest -rs -W ignore::chempy.ChemPyDeprecationWarning --pyargs chempy """ from … text/html 2021-03-03T12:13:30+00:00 Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) https://dvillers.umons.ac.be/wiki/teaching:progappchim:chemspipy?rev=1614770010&do=diff ChemSpiPy * Utilisation des données de ChemSpider * <https://github.com/mcs07/ChemSpiPy> site officiel * <https://chemspipy.readthedocs.io/en/latest/index.html> : documentation officielle * Avec la distribution Anaconda, la lirairie “chemspipy” est installable via le canal “conda-forge”. Utiliser si opportun un environnement spécifique. text/html 2023-07-28T05:21:15+00:00 Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) https://dvillers.umons.ac.be/wiki/teaching:progappchim:multilateration?rev=1690514475&do=diff Multilateration Références * <https://pypi.org/project/Localization/> * <https://github.com/kamalshadi/Localization> * dépendance : <https://pypi.org/project/shapely/> * Trilateration * True-range multilateration * <https://math.stackexchange.com/questions/2329756/how-to-convert-distances-among-dots-to-coordinate> * <https://stackoverflow.com/questions/9747227/2d-trilateration> * <https://stackoverflow.com/questions/23400351/localizing-a-point-using-distances-to-three-other-… text/html 2023-05-02T10:36:36+00:00 Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) https://dvillers.umons.ac.be/wiki/teaching:progappchim:notions_avancees?rev=1683016596&do=diff Notions avancées En construction. Les liens sont juste donnés. Une introduction et un exemple devrait être proposé pour chaque rubrique, et le nombre de ces rubriques augmenté. Itérateurs Itertools, zip,... * 7 Levels of Using the Zip Function in Python * itertools.cycle() est une méthode utile pour répéter ou parcourir sans fin les éléments d'une liste ou d'une table itérativitertools.accumulate() text/html 2022-03-14T17:28:30+00:00 Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) https://dvillers.umons.ac.be/wiki/teaching:progappchim:openbabel_jmol?rev=1647275310&do=diff OpenBabel et Jmol OpenBabel OpenBabel est un ensemble de programme permettant de manipuler et convertir les fichiers de description de molécules dans différents formats. * Site officiel : <http://openbabel.org/wiki/Main_Page> * Interfaçage en Python : <http://openbabel.org/wiki/Python> Pour utiliser OpenBabel en python, il faut installer au préalable ces outils. Sous Linux (Debian, Ubuntu, text/html 2023-02-21T14:56:20+00:00 Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) https://dvillers.umons.ac.be/wiki/teaching:progappchim:presentation_principes?rev=1676987780&do=diff ~~REVEAL transition=convex&controls=1&show_progress_bar=1&build_all_lists=1&open_in_new_window=1~~ Programmer en Python Généralités * Qu'est-ce qu'un langage de programmation ? * Compilation ou interprétation, ou... ? Rôle des langages de programmation text/html 2022-12-09T14:25:44+00:00 Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) https://dvillers.umons.ac.be/wiki/teaching:progappchim:tris?rev=1670592344&do=diff Algorithmes de tri Un algorithme de tri est, en informatique ou en mathématiques, un algorithme qui permet d'organiser une collection d'objets selon un ordre déterminé (Référence wikipedia). Les tris sont intéressants du point de vue de l'apprentissage de l'algorithmique.