https://dvillers.umons.ac.be/wiki/ 2026-05-02T19:41:05+00:00 https://dvillers.umons.ac.be/wiki/ https://dvillers.umons.ac.be/wiki/_media/favicon.ico text/html 2023-05-03T08:39:20+00:00 Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) https://dvillers.umons.ac.be/wiki/teaching:progappchim:notions_fondamentales?rev=1683095960&do=diff Notions fondamentales Aide mémoire synthétique sur le langage Python. Règles de base Ces règles peuvent être testées via le mode interactif de Python (en utilisant la fenêtre “Shell” ou console de l'éditeur Idle ou Idle3 par exemple). text/html 2023-07-11T07:46:36+00:00 Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) https://dvillers.umons.ac.be/wiki/teaching:progappchim:matplotlib_simple?rev=1689054396&do=diff Les bases de Matplotlib, une librairie pour réaliser des graphiques 2D Matplotlib est une bibliothèque très puissante du langage de programmation Python destinée à tracer et visualiser des données sous formes de graphiques. Elle est souvent combinée avec les bibliothèques python de calcul scientifique : text/html 2022-11-15T10:08:25+00:00 Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) https://dvillers.umons.ac.be/wiki/teaching:progappchim:pandas?rev=1668503305&do=diff Pandas Module pour l'analyse de données, pouvant se substituer à l'utilisation d'un tableur. Une différence fondamentale de la librairie pandas avec NumPy, c'est que les tableaux NumPy (NumPy arrays) ont le même type (dtype) pour le tableau entier, tandis que les tableaux pandas (pandas DataFrames) sont caractérisés par un type unique (dtype) par colonne.$X$$x$$P(x)$$X$$x$$x_1, x_2, x_3, ...$$X$$P(x_i)$$X$$x$$P(x)$$x$$x+dx$$P(x)$$x$$P(x) dx$$P(x) dx = P(x \le X < x+dx)$$P(x_i) \ge 0$$x_i$$P(x) … text/html 2023-05-02T10:36:36+00:00 Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) https://dvillers.umons.ac.be/wiki/teaching:progappchim:notions_avancees?rev=1683016596&do=diff Notions avancées En construction. Les liens sont juste donnés. Une introduction et un exemple devrait être proposé pour chaque rubrique, et le nombre de ces rubriques augmenté. Itérateurs Itertools, zip,... * 7 Levels of Using the Zip Function in Python * itertools.cycle() est une méthode utile pour répéter ou parcourir sans fin les éléments d'une liste ou d'une table itérativitertools.accumulate() text/html 2023-03-13T10:14:25+00:00 Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) https://dvillers.umons.ac.be/wiki/teaching:progappchim:start?rev=1678698865&do=diff Programmation appliquée à la chimie <https://lukasz.langa.pl/f15a8851-af26-4e94-a4b1-c146c57c9d20/> Aux dernières nouvelles (14/12/2022) Serhiy Storchaka vit toujours en Ukraine, à 20 km de Konotop !! Le cours “Programmation appliquée à la chimie” de bachelier en sciences chimiques (15 H cours et 15 H exercices, bloc2) utilise deux supports : text/html 2020-07-13T04:04:29+00:00 Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) https://dvillers.umons.ac.be/wiki/teaching:progappchim:epidemie_coronavirus?rev=1594605869&do=diff Épidémie du coronavirus COVID-19 Références : * Coronavirus disease 2019 * Maladie à coronavirus 2019 * Coronavirus COVID-19 Global Cases by Johns Hopkins CSSE * Coronavirus (COVID-19) Mortality Rate * data : <https://github.com/CSSEGISandData/COVID-19/tree/master/csse_covid_19_data> Programmes de représentations FIXME Quelques simulations SEIR effectuées par des scientifiques : * Marius Gilbert (ULB/FNRS, Spatial Epidemiology lab (SpELL), <https://twitter.com/mariusgilbert/sta… text/html 2022-06-10T08:56:04+00:00 Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) https://dvillers.umons.ac.be/wiki/teaching:progappchim:jupyter?rev=1654844164&do=diff Jupyter, IPython Notebooks et JupyterLab * Jupyter a succédé à IPython Notebook * Jupyter est installé par défaut avec la distribution python Anaconda. C'est la manière la plus adéquate d'utiliser Jupyter. * Sinon, on peut utiliser facilement les notebooks Jupyter sur la plateforme text/html 2023-05-02T10:38:45+00:00 Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) https://dvillers.umons.ac.be/wiki/teaching:progappchim:plotly_simple?rev=1683016725&do=diff Les bases de Plotly Plotly (<https://Plot.ly> est une société développant des outils analytiques et de visualisation. La librairie python Plotly permet de créer des graphes dans l'environnement de Jupyter. FIXME : à compléter Références * plot.ly, le site officiel text/html 2023-01-10T09:04:54+00:00 Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) https://dvillers.umons.ac.be/wiki/teaching:progappchim:algos_entiers?rev=1673337894&do=diff Algorithmes sur entiers cf....... Cette page reprend quelques grands algorithmes classiques sur les nombres entiers, et introduit quelques algorithmes ayant des applications en chimie. Recherche du PGCD (plus grand commun diviseur) Explication géométrique : en comprenant un nombre entier comme une longueur et un couple d'entiers (a,b) comme un rectangle, leur PGCD est la longueur du côté du plus grand carré permettant de carreler entièrement ce rectangle. L'algorithme d'Euclide décompose ce re… text/html 2023-03-07T13:05:54+00:00 Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) https://dvillers.umons.ac.be/wiki/teaching:progappchim:numpy_simple?rev=1678190754&do=diff Les bases de NumPy NumPy est une extension du langage de programmation Python, destinée à manipuler des matrices ou tableaux multidimensionnels ainsi que des fonctions mathématiques opérant sur ces tableaux. Chaque élément d'un tableau numpy occupe un nombre fixe d'octets, associé à un type particulier de donnée (data-type, ou dtype). Les types les plus courants incluent les entiers, bytes, entiers courts, booléens, nombres en virgule flottante, nombres complexes, text/html 2021-10-13T13:23:12+00:00 Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) https://dvillers.umons.ac.be/wiki/teaching:progappchim:bokeh_simple?rev=1634124192&do=diff Les bases de Bokeh, une librairie pour des visualisations interactives dans un navigateur web * page d'entrée sur Bokeh * User guide * Galerie d'exemples * Bokeh dans les Jupyter notebooks * Bokeh tutorial in live Jupyter Notebooks * Reference guide * Réseaux sociaux : * Twitter * GitHub * Youtube Exemples scientifiques * Interactions sur la fonction sinus (amplitude, décalage vertical, fréquence, déphasage) + text/html 2022-12-09T14:25:44+00:00 Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) https://dvillers.umons.ac.be/wiki/teaching:progappchim:tris?rev=1670592344&do=diff Algorithmes de tri Un algorithme de tri est, en informatique ou en mathématiques, un algorithme qui permet d'organiser une collection d'objets selon un ordre déterminé (Référence wikipedia). Les tris sont intéressants du point de vue de l'apprentissage de l'algorithmique. text/html 2013-11-29T12:33:31+00:00 Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) https://dvillers.umons.ac.be/wiki/teaching:progappchim:calcul_matriciel_2012?rev=1385724811&do=diff Calul matriciel <sxh python; title : calcul_matriciel.py> #!/usr/bin/env python # -*- coding: UTF-8 -*- #<http://www.siteduzero.com/tutoriel-3-223267-apprenez-a-programmer-en-python.html> (pdf) #<http://stackoverflow.com/questions/455612/python-limiting-floats-to-two-decimal-points> #pour operation matriciel verification mathématique : <http://fr.wikipedia.org/wiki/Wikip%C3%A9dia:Accueil_principal> #<http://www.pythonfrance.com/codes/OPERATION-MATRICIELLE_48359.aspx> #<http://inforef.be/swi/pyt… text/html 2021-03-09T11:25:40+00:00 Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) https://dvillers.umons.ac.be/wiki/teaching:progappchim:analyse_images?rev=1615285540&do=diff Analyse d'images Le traitement d'images permet de transformer des images. L'analyse d'images permet d'extraire des informations contenues dans une image. Il est aussi possible d'effectuer des tâches plus complexes de reconnaissance et d'analyse de scènes. text/html 2023-01-28T16:31:18+00:00 Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) https://dvillers.umons.ac.be/wiki/teaching:progappchim:ppoo?rev=1674919878&do=diff Programmation Python Orientée Objet FIXME : en construction Concepts utilisés * Un objet : c'est... n'importe quoi, qui peut être codé. En Python, tout est objet ! * Une classe est une description générique d'un type d'objet, incluant les données et les méthodes qui le caractérisent text/html 2023-01-19T15:46:31+00:00 Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) https://dvillers.umons.ac.be/wiki/teaching:progappchim:tkinter_gui_simple?rev=1674139591&do=diff Les bases d'un interface graphique avec Tkinter Quelques références de base pour utiliser Tkinter * Documentation officielle : * Les interfaces graphiques TK * tkinter — interface Python à Tcl/Tk, reprenant quelques références recommandées * Python 3 avec Tk intègre également les extensions text/html 2020-12-07T17:22:27+00:00 Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) https://dvillers.umons.ac.be/wiki/teaching:progappchim:matplotlib_gallery:potentiel_energy_surface?rev=1607358147&do=diff Surface d'énergie potentielle Historique Eyring et Polanyi ont publié en 1931 l'article On Simple Gas Reactions dans lequel ils décrivent les trajets des atomes dans la réaction + H --> H + (échange d'atomes). Ces travaux aboutiront au développement des notions de $E_{bond}= D_e [\exp(-2\beta(r-r_e))-2\exp(-\beta(r-r_e))]$$E_{ant}= \frac{D_e}{2} [\exp(-2\beta(r-r_e))+2\exp(-\beta(r-r_e))]$$r_e$$D_e$$\beta$$E_{bond}= \frac{Q_{AB}+\alpha_{AB}}{1+S^2_{AB}} = \frac{Q_{AB}+\alpha_{AB}}{1+k}$$E_{a… text/html 2023-07-28T05:21:15+00:00 Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) https://dvillers.umons.ac.be/wiki/teaching:progappchim:multilateration?rev=1690514475&do=diff Multilateration Références * <https://pypi.org/project/Localization/> * <https://github.com/kamalshadi/Localization> * dépendance : <https://pypi.org/project/shapely/> * Trilateration * True-range multilateration * <https://math.stackexchange.com/questions/2329756/how-to-convert-distances-among-dots-to-coordinate> * <https://stackoverflow.com/questions/9747227/2d-trilateration> * <https://stackoverflow.com/questions/23400351/localizing-a-point-using-distances-to-three-other-… text/html 2023-05-27T22:54:03+00:00 Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) https://dvillers.umons.ac.be/wiki/teaching:progappchim:rdkit?rev=1685220843&do=diff RDKit * <http://www.rdkit.org/> * Getting Started with the RDKit in Python — The RDKit 2020.09.1 documentation * Depict a compound as an image | Chemistry Toolkit Rosetta Wiki | Fandom * Jupyter & RDKit * Getting Started with RDKit and Jupyter | Depth-First * <http://davies-lee.com/index.php/2018/10/06/rdkit-in-jupyter-notebooks/> * ChemSpider | Search and share chemistry site reprenant de nombreuses informations sur des molécules * ... Utilisation avec Anaconda “” Utili… text/html 2021-02-11T10:19:00+00:00 Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) https://dvillers.umons.ac.be/wiki/teaching:progappchim:csv?rev=1613035140&do=diff Lire et écrire des fichiers de données csv pandas Les fichiers csv sont des fichiers de données séparées par des virgules (ou point-virgules), pour “comma separated values”. Comme ceci : 1;0.1;3 2;0.3;5 3;0.5;7 4;0.6;11 5;0.9;21 6;1.5;39 Ils peuvent être facilement importés ou exportés de tableurs ou logiciels de graphiques scientifiques. text/html 2022-12-08T17:49:25+00:00 Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) https://dvillers.umons.ac.be/wiki/teaching:progappchim:polynomes-12?rev=1670518165&do=diff Utilisation de polynômes orthogonaux avec NumPy Voici un programme permettant d'obtenir le même graphe que celui obtenu précédemment, en utilisant les modules spécifiques de NumPy. Cet exemple montre tout l'intérêt d'utiliser des modules pré-existants. Le programme est réduit à 3 lignes pour l'importation, 4 pour la création des graphes et 4 pour commander la représentation. text/html 2022-04-09T05:22:18+00:00 Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) https://dvillers.umons.ac.be/wiki/teaching:progappchim:print_format?rev=1649474538&do=diff Impressions avec la méthode .print() FIXME : * à compléter par les règles essentielles et quelques exemples * F-strings introduite depuis Python 3.6 Références * <https://docs.python.org/3/library/string.html#formatstrings> * <https://pyformat.info/> * <https://www.digitalocean.com/community/tutorials/how-to-use-string-formatters-in-python-3> * F-strings * <https://realpython.com/python-f-strings/> * Python’s F-Strings - Complete implementation guide with code… Naina Chatu… text/html 2018-03-19T16:18:01+00:00 Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) https://dvillers.umons.ac.be/wiki/teaching:progappchim:scikit_learn?rev=1521472681&do=diff Scikit-learn * <http://scikit-learn.org> * <http://www.innoarchitech.com/machine-learning-an-in-depth-non-technical-guide/> FIXME : ajouter des exemples avec analyse de textes contenant des termes scientifiques, des noms de substances chimiques,... * Scikit-chem, simple cheminformatics for Python * MolMiner, for extracting compounds from scientific literature * text/html 2023-04-30T11:09:36+00:00 Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) https://dvillers.umons.ac.be/wiki/teaching:progappchim:trucs_astuces?rev=1682845776&do=diff Trucs et astuces * Fusionner deux dictionnaires * 0 Python Best Practices, Tips, And Tricks - Improve your Python knowledge and skills Erik van Baaren, Medium, Jan 5, 2020 * Apply These 4 Techniques To Write Concise Python Code - Write Python code in a Pythonic way, Yong Cui, Medium, 09/03/2021 * Python refactoring tips for cleaner code, Pralabh Saxena, Medium, Jul 26 2021 * 10 Python Snippets I Use Every Day - A few Python snippets - from sorting to list comprehensions - that I use n… text/html 2020-06-01T17:55:38+00:00 Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) https://dvillers.umons.ac.be/wiki/teaching:progappchim:altair_simple?rev=1591026938&do=diff les bases de Altair, une librairie graphique interactive * Altair: Declarative Visualization in Python — Altair 4.1.0 documentation * altair · PyPI * (Tutorial) Altair in Python: Data Visualizations - DataCamp * Python Interactive Data Visualization with Altair - Towards Data Science * Stackoverflow * python - Altair not rendering chart in jupyter notebook - Stack Overflow * python - Not able to display altair charts in jupyter notebook - Stack Overflow text/html 2022-09-22T16:59:55+00:00 Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) https://dvillers.umons.ac.be/wiki/teaching:progappchim:bioinformatic?rev=1663858795&do=diff Bioinformatique Un des objectifs majeurs de la bioinformatique réside dans l'étude automatique de séquences, principalement de l'ADN et de protéines,... Ces séquences sont accessibles librement et publiquement, notamment par ces deux sources : Voir aussi le site text/html 2022-11-20T11:08:54+00:00 Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) https://dvillers.umons.ac.be/wiki/teaching:progappchim:mendeleev?rev=1668938934&do=diff Librairie Mendeleev La librairie Mendeleev est complète et évoluée * Package repository sur PyPI : <https://pypi.org/project/mendeleev/> * Page officielle, description et code source : <https://github.com/lmmentel/mendeleev> * Documentation complète : <https://mendeleev.readthedocs.io/en/stable/> * Tutoriels : <https://mendeleev.readthedocs.io/en/stable/tutorials.html> * Notebook Jupyter (exemples) : * <https://nbviewer.jupyter.org/github/lmmentel/mendeleev/blob/master/docs/sou… text/html 2022-03-14T17:28:30+00:00 Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) https://dvillers.umons.ac.be/wiki/teaching:progappchim:openbabel_jmol?rev=1647275310&do=diff OpenBabel et Jmol OpenBabel OpenBabel est un ensemble de programme permettant de manipuler et convertir les fichiers de description de molécules dans différents formats. * Site officiel : <http://openbabel.org/wiki/Main_Page> * Interfaçage en Python : <http://openbabel.org/wiki/Python> Pour utiliser OpenBabel en python, il faut installer au préalable ces outils. Sous Linux (Debian, Ubuntu, text/html 2020-10-06T09:07:52+00:00 Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) https://dvillers.umons.ac.be/wiki/teaching:progappchim:algos_graphes?rev=1601968072&do=diff Algorithmes de graphes Références diverses * <http://www.proteomesci.com/content/9/S1/S17> * <http://people.unipmn.it/fragnelli/dispense/Chimica/Balaban.pdf> * <https://www.python.org/doc/essays/graphs/> * <https://medium.freecodecamp.com/a-gentle-introduction-to-data-structures-how-graphs-work-a223d9ef8837#.ud1ebjeia> * <https://towardsdatascience.com/10-graph-algorithms-visually-explained-e57faa1336f3> * <https://docs.python.org/3.9/library/graphlib.html> (depuis Python 3.9) text/html 2020-01-14T13:58:23+00:00 Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) https://dvillers.umons.ac.be/wiki/teaching:progappchim:math_nombres?rev=1579006703&do=diff Mathématiques et nombres Quelques programmes et algorithmes reliés aux mathématiques et aux nombres. * Théorie des nombres * Nombre_remarquable * ... Calculs en précision arbitraire * 1/9² = 0.0123456790123456790123456790123456790123456790123457... * 1/99² = 0.0001020304050607080910111213141516171819202122232425262728293031323334353637383940414243444546474849505152535455565758596061626364656667686970717273747576777879808182838485868788899091929394959697990001020304050607080910111$… text/html 2015-04-29T12:31:48+00:00 Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) https://dvillers.umons.ac.be/wiki/teaching:progappchim:open_chemical_databases?rev=1430303508&do=diff Bases de données libres en chimie Références Databases, databank * Chemical databases +... * <http://www.mtdcadd.com/> * <http://www.drugbank.ca/> * <http://www.genome.jp/kegg/> * <http://zinc.docking.org/> * <http://bidd.nus.edu.sg/group/cjttd/> Données de wikipedia * Chembox template * <http://en.wikipedia.org/wiki/Category:Commodity_chemicals> * <http://fr.wikipedia.org/wiki/Cat%C3%A9gorie:Produit_chimique> * <http://en.wikipedia.org/wiki/Category:Chemical_substanc… text/html 2020-03-09T14:42:50+00:00 Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) https://dvillers.umons.ac.be/wiki/teaching:progappchim:representation_molecules_2013?rev=1583761370&do=diff Représentation de molécules Page à actualiser... Certaines fonctions de ce programme nécessite des fichiers de données : [base.csv] et [bdd.csv] <sxh python; title : representation_molecules.py> #!/usr/bin/env python # -*- coding: UTF-8 -*- # travail de RL, ba2 chimie 2012-2013 text/html 2021-03-03T12:13:30+00:00 Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) https://dvillers.umons.ac.be/wiki/teaching:progappchim:chemspipy?rev=1614770010&do=diff ChemSpiPy * Utilisation des données de ChemSpider * <https://github.com/mcs07/ChemSpiPy> site officiel * <https://chemspipy.readthedocs.io/en/latest/index.html> : documentation officielle * Avec la distribution Anaconda, la lirairie “chemspipy” est installable via le canal “conda-forge”. Utiliser si opportun un environnement spécifique. text/html 2021-03-02T12:31:46+00:00 Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) https://dvillers.umons.ac.be/wiki/teaching:progappchim:elements_molecules?rev=1614684706&do=diff Éléments et molécules Les propriétés des éléments chimiques, de molécules peuvent être dressées, listées,... par un programme si on dispose des données. Celles-ci étant communes à tous les chimistes, et uniquement susceptibles de quelques modifications, il est utile de reprendre une source commune primaire (IUPAC) ou secondaire (comme Wikipedia) plutôt que de redéfinir toutes ces valeurs dans un programme. text/html 2015-02-23T11:42:30+00:00 Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) https://dvillers.umons.ac.be/wiki/teaching:progappchim:factorielle-4?rev=1424688150&do=diff Factorielle : travaux additionnels Idées d'exercices complémentaires, d'applications. Utilisation d'un dictionnaire Il peut être intéressant de précalculer des factorielles qui seront mémorisées dans un dictionnaire. Comparaison avec l'approximation de Stirling text/html 2017-02-28T14:35:03+00:00 Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) https://dvillers.umons.ac.be/wiki/teaching:progappchim:fizz_buzz?rev=1488288903&do=diff Fizz buzz Fizz buzz est un jeu de comptage et de divisibilité conçu pour des enfants. Les joueurs comptent à tour de rôle en incrémentant, partant de 1, et remplaçant chaque nombre divisible par 3 par le mot “fizz”, et chaque mot divisible par 5 par le mot text/html 2021-03-09T11:29:49+00:00 Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) https://dvillers.umons.ac.be/wiki/teaching:progappchim:game_of_life_conway-2012?rev=1615285789&do=diff Jeu de la vie de Conway Game of Life with Python #!/usr/bin/env python # -*- coding: utf-8 -*- """A minimal implementation of Conway's Game of Life. source : http://www.exolete.com/code/life modified by par Jérémie Knoops, BA2 chimie UMONS, 2011-2012 cf. http://fr.wikipedia.org/wiki/Jeu_de_la_vie & http://en.wikipedia.org/wiki/Conway%27s_Game_of_Life Each cell's survival depends on the number of occupied nearest and next-nearest neighbours (calculated in Grid::step). A living cell dies of ov… text/html 2015-03-05T12:14:55+00:00 Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) https://dvillers.umons.ac.be/wiki/teaching:progappchim:lennard-jones?rev=1425554095&do=diff Représentation du potentiel de Lennard-Jones L'utilisation de fonctions en python permet de nombreuses applications par la création de graphiques. En utilisant la “bibliothèque matplotlib/pylab”, vous pourrez donc aisément créer des graphes de fonction.$V_{LJ} = 4\varepsilon \left[ \left(\frac{\sigma}{r}\right)^{12} - \left(\frac{\sigma}{r}\right)^{6} \right] = \varepsilon \left[ \left(\frac{r_{m}}{r}\right)^{12} - 2\left(\frac{r_{m}}{r}\right)^{6} \right]$$r_{m} = 2^{1/6} \sigma$$U_{tot} = \fr… text/html 2016-08-23T15:55:30+00:00 Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) https://dvillers.umons.ac.be/wiki/teaching:progappchim:nim?rev=1471960530&do=diff Jeux de Nim * fr:Jeux_de_Nim * Nim: A Game Playing Program Seymour Papert, MIT Artificial Intelligence Memo No. 254, 1970 (from The Collected Writings of Seymour Papert) * version de l'article sur archive.org, version texte disponible FIXME : codes python... Références * <https://www.archimedes-lab.org/game_nim/play_nim_game.html> évolution du jeu, javascript en ligne * vidéo sur l'élaboration d'un programme en python text/html 2019-02-25T11:06:31+00:00 Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) https://dvillers.umons.ac.be/wiki/teaching:progappchim:polynomes-7?rev=1551089191&do=diff Polynômes : comment les multiplier par un scalaire et les additionner #!/usr/bin/env python # -*- coding: UTF-8 -*- """ écriture d'un programme pour évaluer des polynomes + fonction de multiplication d'un polynôme pas un scalaire + fonction d'addition de deux polynômes """ from math import * def polyeval(x,a): """ application de l'agorithme de Horner cf. http://fr.wikipedia.org/wiki/M%C3%A9thode_de_Ruffini-Horner """ n = len(a) - 1 # n = ordre du polynôme p =0. for… text/html 2019-03-22T12:07:33+00:00 Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) https://dvillers.umons.ac.be/wiki/teaching:progappchim:scipy_simple?rev=1553252853&do=diff Les bases de SciPy La librairie SciPy ajoute à NumPy des fonctionnalités mathématiques. Directive d'importation * Méthode standard : import scipy as sp * Importation par sous-modules (cf le site de Scipy) : from scipy import optimize from scipy import interpolate from scipy import integrate ... text/html 2017-02-24T09:09:35+00:00 Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) https://dvillers.umons.ac.be/wiki/teaching:progappchim:suite_de_fibonacci-4?rev=1487923775&do=diff Suite de Fibonacci : encore un algorithme Voici le programme complété pour la technique récursive : #! /usr/bin/env python # -*- coding: utf-8 -*- """ Calculs des premiers éléments de la suite de Fibonacci. Référence : http://fr.wikipedia.org/wiki/Suite_de_Fibonacci Application de la définition par récursivité. """ def fibonacci_item_recursive(n): """ Renvoie l'élément d'indice n de la suite de Fibonacci """ if n == 0: return 0 elif n == 1: return 1 ret… text/html 2022-12-09T09:36:36+00:00 Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) https://dvillers.umons.ac.be/wiki/teaching:progappchim:algos_divers?rev=1670574996&do=diff Algorithmes divers Problèmes résolus : * Fizz buzz, jeu de comptage et de divisibilité conçu pour des enfants * ... Problèmes non résolus * Décomposition de formules chimiques (analyse de chaînes de caractères) * ... Classiques * Algorithme de Dijkstra (permet de déterminer le plus court chemin pour se rendre d'un point à une autre en fonction du réseau routier) text/html 2019-08-11T11:26:20+00:00 Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) https://dvillers.umons.ac.be/wiki/teaching:progappchim:attracteur_lorenz?rev=1565515580&do=diff L'attracteur de Lorenz L'attracteur de Lorenz est un système d'équations différentielles ordinaires au comportement particulier, chaotique. C'est un exemple classique de nombreux cours scientifiques, et plusieurs sites proposent des solutions. Avec du code appliquant le méthode de Runge-Kutta d'ordre 4 text/html 2023-03-20T12:23:07+00:00 Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) https://dvillers.umons.ac.be/wiki/teaching:progappchim:chempy?rev=1679311387&do=diff ChemPy * <https://pypi.org/project/chempy/> : installation et documentation #!/usr/bin/env python3 # -*- coding: utf-8 -*- """ Created on Tue May 4 10:25:51 2021 @author: villersd Librairie chempy : https://pypi.org/project/chempy/#documentation https://github.com/bjodah/chempy installation Linux : conda install -c bjodah chempy pytest installation Windows & OS X : python -m pip install chempy pytest python -m pytest -rs -W ignore::chempy.ChemPyDeprecationWarning --pyargs chempy """ from … text/html 2013-11-28T14:18:09+00:00 Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) https://dvillers.umons.ac.be/wiki/teaching:progappchim:courbe_predominance_acide_2013?rev=1385644689&do=diff Courbe de Prédominance d'un Acide <sxh python; title : courbe_predominance_acide.py> #!/usr/bin/env python # -*- coding: utf-8 -*- # travail de KH, ba2 chimie 2012-2013 # Courbe de Prédominance d'un Acide # from math import * import matplotlib.pyplot as plt from Tkinter import * text/html 2017-02-24T09:19:23+00:00 Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) https://dvillers.umons.ac.be/wiki/teaching:progappchim:factorielle-2?rev=1487924363&do=diff Factorielle : un premier programme Voici un embryon non fonctionnel de programme. Il y manque des éléments (à la place des “???”) #! /usr/bin/env python # -*- coding: utf-8 -*- """ Calcul de la factorielle d'un nombre Référence : http://fr.wikipedia.org/wiki/Factorielle """ # on demande le nombre : print("Calcul de la factorielle de n") chainelue = input("Que vaut n ? ") n = int(chainelue) print(n) # structure de répétition pour appliquer la définition de la factorielle reponse=1 # la répon… text/html 2015-04-01T15:47:31+00:00 Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) https://dvillers.umons.ac.be/wiki/teaching:progappchim:fit_modele_einstein?rev=1427896051&do=diff Optimisation de la température caractéristique du diamant suivant le modèle d'Einstein Ce modèle prévoie la dépendance à la température de la capacité calorifique d’un solide cristallin. La détermination de la température caractéristique nécessite de text/html 2017-02-28T15:12:00+00:00 Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) https://dvillers.umons.ac.be/wiki/teaching:progappchim:parsing_chemical_formula?rev=1488291120&do=diff Décomposition de formules chimiques Analyse de chaînes de caractères formées par la concaténation de symboles d'éléments chimiques. Problème de base * Décomposer une chaîne de caractères formée par des symboles chimiques répétés : CaClCNOSbInAsFICl text/html 2013-11-28T14:08:53+00:00 Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) https://dvillers.umons.ac.be/wiki/teaching:progappchim:pavage_penrose_2013?rev=1385644133&do=diff Pavage de Penrose <sxh python; title : pavage_penrose.py> #!/usr/bin/env python # -*- coding: utf-8 -*- # réference : <http://preshing.com/20110831/penrose-tiling-explained> # version un peu aménagée du travail de EC et LP, ba2 chimie 2012-2013 import math import cmath import cairo # definir le nombre d'or goldenRatio = (1 + math.sqrt(5)) / 2 text/html 2021-03-11T17:53:07+00:00 Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) https://dvillers.umons.ac.be/wiki/teaching:progappchim:ph_courbe_titrage_2011?rev=1615481587&do=diff pH et courbe de titrage #!/usr/bin/env python # -*- coding: utf-8 -*- # Programme de calculs de pH et de courbes de titrages # AD & BW, Ba2 chimie 2010-2011 from math import * from Tkinter import * import matplotlib.pyplot as plt import numpy as np def pol(): #on définit la fonction pour le bouton "Calcul du pH" try: ca = e0.get() #permet de récupérer les valeurs entrées dans les champs d'entrée par l'utilisateur … text/html 2017-02-24T11:13:40+00:00 Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) https://dvillers.umons.ac.be/wiki/teaching:progappchim:polynomes-2?rev=1487931220&do=diff Polynômes : évaluation #!/usr/bin/env python # -*- coding: UTF-8 -*- """ écriture d'un programme pour évaluer des polynômes """ x = 3. # variable en laquelle on veut évaluer le polynôme a = [2.5, 6., 1.2, 3, 5] # la liste des coefficients, par ordre croissant n = len(a) - 1 # l'ordre du polynôme print(x,a,n) p = 0. # initialisation for i in range(n+1): p = p + a[i] * x**i #calcul et addition de chacun des termes print(p) text/html 2023-02-21T14:56:20+00:00 Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) https://dvillers.umons.ac.be/wiki/teaching:progappchim:presentation_principes?rev=1676987780&do=diff ~~REVEAL transition=convex&controls=1&show_progress_bar=1&build_all_lists=1&open_in_new_window=1~~ Programmer en Python Généralités * Qu'est-ce qu'un langage de programmation ? * Compilation ou interprétation, ou... ? Rôle des langages de programmation text/html 2019-06-20T14:57:35+00:00 Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) https://dvillers.umons.ac.be/wiki/teaching:progappchim:pygal_simple?rev=1561035455&do=diff Les bases de Pygal FIXME Références * <http://pygal.org/en/stable/index.html> * Why use pygal? text/html 2022-01-02T10:15:18+00:00 Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) https://dvillers.umons.ac.be/wiki/teaching:progappchim:slices?rev=1641114918&do=diff Slices sur les séquences L'utilisation des “slices” ou du “slicing” sur les listes, ou sur tout objet en séquence (tuple, chaîne de caractères, ...) permet de “découper” des sous-listes. Si la séquence s'appelle sequence_name, la syntaxe du slice est : sequence_name[start:stop:step] où start est l'indice du premier élément (par défaut 0), stop est l'indice du premier élément NON REPRIS (par défaut len(seq text/html 2012-11-30T13:39:08+00:00 Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) https://dvillers.umons.ac.be/wiki/teaching:progappchim:solvents_data_class?rev=1354279148&do=diff Utilisation d'une "classe" pour des données de solvants chimiques On peut utiliser la structure de classe pour créer une “table” de données sur des solvants. Il est alors possible d'effectuer des traitements de tris, sélection, impression... text/html 2017-05-30T00:13:09+00:00 Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) https://dvillers.umons.ac.be/wiki/teaching:progappchim:suite_de_fibonacci-5?rev=1496095989&do=diff Suite de Fibonacci : quel est le meilleur algorithme ? Comparer les temps avec timeit La librairie timeit mesure les temps d'exécution en évitant des biais tels que l'usage concomitant d'autres ressources. #! /usr/bin/env python # -*- coding: utf-8 -*- """ Calculs des premiers éléments de la suite de Fibonacci. Référence : http://fr.wikipedia.org/wiki/Suite_de_Fibonacci Comparaison de différentes fonctions avec Timeit http://docs.python.org/2/library/timeit.html http://www.diveintopython.net… text/html 2014-07-03T16:17:41+00:00 Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) https://dvillers.umons.ac.be/wiki/teaching:progappchim:t-test?rev=1404397061&do=diff Test de Student Le test de Student (t-test) teste statistiquement l’hypothèse d’égalité de l'espérance de deux variables aléatoires suivant une loi normale et de variance inconnue. Références * <http://iaingallagher.tumblr.com/post/50980987285/t-tests-in-python> (des exemples simples) * Documentation Python sur stats de scipy * 1-sample t-test * Unpaired t-test * Paired t-test text/html 2021-04-19T21:00:29+00:00 Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) https://dvillers.umons.ac.be/wiki/teaching:progappchim:tableau_periodique_2011?rev=1618858829&do=diff Tableau périodique FIXME : importation de la librairie tkinter à unifier + codes à améliorer #!/usr/bin/env python # -*- coding: utf-8 -*- # Programme sur le tableau périodique # MJ, Ba2 chimie 2010-2011 from tkinter import * from element_liste import * #sert à importer la liste présente dans l'autre fichier #création de la commande générale du boutton def elem(x): element=Tk() element.title("Proprietes") listbox=Listbox(element,height=10,width=40,fg="#070942") listbox.pack(… text/html 2017-05-04T16:13:28+00:00 Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) https://dvillers.umons.ac.be/wiki/teaching:progappchim:testjs?rev=1493907208&do=diff Test Javascript + dokuwiki + DataCamp-light <PRELOAD> <https://cdn.datacamp.com/datacamp-light-latest.min.js> </PRELOAD> <html> <div class="exercise"> <div class="title"> <h2>This is a python exercise !!</h2> </div> <div data-datacamp-exercise data-lang="python" data-height="auto"> <code data-type="pre-exercise-code"></code> <code data-type="sample-code"> import numpy as np x = np.arange(0, 5, 0.1); y = np.sin(x) print(x) print(y) </code> … text/html 2022-03-21T15:46:48+00:00 Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) https://dvillers.umons.ac.be/wiki/teaching:progappchim:urllib?rev=1647874008&do=diff Lecture du code source d'une page web via la librairie urllib #!/usr/bin/env python # -*- coding: utf-8 -*- """ exemple de programme pour obtenir le code d'une page avec la librairie urllib source : https://realpython.com/python-web-scraping-practical-introduction/ """ from urllib.request import urlopen site_url = 'https://dvillers.umons.ac.be/wiki/page_simple' page = urlopen(site_url) print(page) # page est un objet urllib html_bytes = page.read() html = html_bytes.decode("utf-8") # html … text/html 2018-07-08T01:58:35+00:00 Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) https://dvillers.umons.ac.be/wiki/teaching:progappchim:matplotlib_gallery:histogramme_simple?rev=1531007915&do=diff Histogramme simple <sxh python; title : simple-histogram-random_numbers.py> #! /usr/bin/env python # -*- coding: utf-8 -*- “”“ Matplotib : histogramme simple de nombres aléatoires ”“” from pylab import randn, hist, show #importation simplifiée text/html 2015-05-12T10:04:44+00:00 Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) https://dvillers.umons.ac.be/wiki/teaching:progappchim:matplotlib_gallery:ir_spectrum_co?rev=1431417884&do=diff Spectre IR du CO Différentes techniques de spectroscopie utilisent des représentations standardisées des spectres. En spectroscopie Infrarouge, l'absorbance est traditionnellement représentée en fonction des nombres d'ondes décroissants exprimés en $cm^{-1}$. Pour rappel, en spectroscopie, le $\tilde{\nu}$$\tilde{\nu} = 1/\lambda = \nu/c$$\Delta J = \pm 1$$cm^{-1}$ text/html 2020-06-02T15:05:22+00:00 Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) https://dvillers.umons.ac.be/wiki/teaching:progappchim:matplotlib_gallery:pka_pkb_plane?rev=1591103122&do=diff Couples acide-base dans le plan pKa/pKb * Conventions sur les acides forts et les bases fortes : cf. Les acides, les bases et les sels qui nous entourent - Acide fort, base forte #!/usr/bin/env python3 # -*- coding: utf-8 -*- """ Library references : * """ import matplotlib.pyplot as plt # directive d'importation standard de Matplotlib import numpy as np # directive d'importation standard de numpy def cm2inch(*tupl): # https://stackoverflow.com/questions/14708695/sp…