https://dvillers.umons.ac.be/wiki/ 2026-05-03T21:20:58+00:00 https://dvillers.umons.ac.be/wiki/ https://dvillers.umons.ac.be/wiki/_media/favicon.ico text/html 2023-05-03T08:39:20+00:00 Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) https://dvillers.umons.ac.be/wiki/teaching:progappchim:notions_fondamentales?rev=1683095960&do=diff Notions fondamentales Aide mémoire synthétique sur le langage Python. Règles de base Ces règles peuvent être testées via le mode interactif de Python (en utilisant la fenêtre “Shell” ou console de l'éditeur Idle ou Idle3 par exemple). text/html 2023-07-11T07:46:36+00:00 Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) https://dvillers.umons.ac.be/wiki/teaching:progappchim:matplotlib_simple?rev=1689054396&do=diff Les bases de Matplotlib, une librairie pour réaliser des graphiques 2D Matplotlib est une bibliothèque très puissante du langage de programmation Python destinée à tracer et visualiser des données sous formes de graphiques. Elle est souvent combinée avec les bibliothèques python de calcul scientifique : text/html 2020-07-13T04:04:29+00:00 Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) https://dvillers.umons.ac.be/wiki/teaching:progappchim:epidemie_coronavirus?rev=1594605869&do=diff Épidémie du coronavirus COVID-19 Références : * Coronavirus disease 2019 * Maladie à coronavirus 2019 * Coronavirus COVID-19 Global Cases by Johns Hopkins CSSE * Coronavirus (COVID-19) Mortality Rate * data : <https://github.com/CSSEGISandData/COVID-19/tree/master/csse_covid_19_data> Programmes de représentations FIXME Quelques simulations SEIR effectuées par des scientifiques : * Marius Gilbert (ULB/FNRS, Spatial Epidemiology lab (SpELL), <https://twitter.com/mariusgilbert/sta… text/html 2023-03-13T10:14:25+00:00 Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) https://dvillers.umons.ac.be/wiki/teaching:progappchim:start?rev=1678698865&do=diff Programmation appliquée à la chimie <https://lukasz.langa.pl/f15a8851-af26-4e94-a4b1-c146c57c9d20/> Aux dernières nouvelles (14/12/2022) Serhiy Storchaka vit toujours en Ukraine, à 20 km de Konotop !! Le cours “Programmation appliquée à la chimie” de bachelier en sciences chimiques (15 H cours et 15 H exercices, bloc2) utilise deux supports : text/html 2020-12-07T17:22:27+00:00 Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) https://dvillers.umons.ac.be/wiki/teaching:progappchim:matplotlib_gallery:potentiel_energy_surface?rev=1607358147&do=diff Surface d'énergie potentielle Historique Eyring et Polanyi ont publié en 1931 l'article On Simple Gas Reactions dans lequel ils décrivent les trajets des atomes dans la réaction + H --> H + (échange d'atomes). Ces travaux aboutiront au développement des notions de $E_{bond}= D_e [\exp(-2\beta(r-r_e))-2\exp(-\beta(r-r_e))]$$E_{ant}= \frac{D_e}{2} [\exp(-2\beta(r-r_e))+2\exp(-\beta(r-r_e))]$$r_e$$D_e$$\beta$$E_{bond}= \frac{Q_{AB}+\alpha_{AB}}{1+S^2_{AB}} = \frac{Q_{AB}+\alpha_{AB}}{1+k}$$E_{a… text/html 2023-05-02T10:36:36+00:00 Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) https://dvillers.umons.ac.be/wiki/teaching:progappchim:notions_avancees?rev=1683016596&do=diff Notions avancées En construction. Les liens sont juste donnés. Une introduction et un exemple devrait être proposé pour chaque rubrique, et le nombre de ces rubriques augmenté. Itérateurs Itertools, zip,... * 7 Levels of Using the Zip Function in Python * itertools.cycle() est une méthode utile pour répéter ou parcourir sans fin les éléments d'une liste ou d'une table itérativitertools.accumulate() text/html 2016-03-04T16:02:47+00:00 Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) https://dvillers.umons.ac.be/wiki/teaching:progappchim:pressions_partielles_systemes_non_ideaux?rev=1457103767&do=diff Graphiques des pressions partielles de systèmes non-idéaux <sxh python; title : pressions_partielles_systemes_non_ideaux.py> #!/usr/bin/env python # -*- coding: utf-8 -*- “”“ Graphiques des pressions partielles de systèmes non-idéaux Basé sur le travail de ML et VM, ba2 chimie 2013-2014 text/html 2022-06-10T08:56:04+00:00 Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) https://dvillers.umons.ac.be/wiki/teaching:progappchim:jupyter?rev=1654844164&do=diff Jupyter, IPython Notebooks et JupyterLab * Jupyter a succédé à IPython Notebook * Jupyter est installé par défaut avec la distribution python Anaconda. C'est la manière la plus adéquate d'utiliser Jupyter. * Sinon, on peut utiliser facilement les notebooks Jupyter sur la plateforme text/html 2023-05-02T10:38:45+00:00 Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) https://dvillers.umons.ac.be/wiki/teaching:progappchim:plotly_simple?rev=1683016725&do=diff Les bases de Plotly Plotly (<https://Plot.ly> est une société développant des outils analytiques et de visualisation. La librairie python Plotly permet de créer des graphes dans l'environnement de Jupyter. FIXME : à compléter Références * plot.ly, le site officiel text/html 2022-11-15T10:08:25+00:00 Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) https://dvillers.umons.ac.be/wiki/teaching:progappchim:pandas?rev=1668503305&do=diff Pandas Module pour l'analyse de données, pouvant se substituer à l'utilisation d'un tableur. Une différence fondamentale de la librairie pandas avec NumPy, c'est que les tableaux NumPy (NumPy arrays) ont le même type (dtype) pour le tableau entier, tandis que les tableaux pandas (pandas DataFrames) sont caractérisés par un type unique (dtype) par colonne.$X$$x$$P(x)$$X$$x$$x_1, x_2, x_3, ...$$X$$P(x_i)$$X$$x$$P(x)$$x$$x+dx$$P(x)$$x$$P(x) dx$$P(x) dx = P(x \le X < x+dx)$$P(x_i) \ge 0$$x_i$$P(x) … text/html 2023-04-30T11:09:36+00:00 Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) https://dvillers.umons.ac.be/wiki/teaching:progappchim:trucs_astuces?rev=1682845776&do=diff Trucs et astuces * Fusionner deux dictionnaires * 0 Python Best Practices, Tips, And Tricks - Improve your Python knowledge and skills Erik van Baaren, Medium, Jan 5, 2020 * Apply These 4 Techniques To Write Concise Python Code - Write Python code in a Pythonic way, Yong Cui, Medium, 09/03/2021 * Python refactoring tips for cleaner code, Pralabh Saxena, Medium, Jul 26 2021 * 10 Python Snippets I Use Every Day - A few Python snippets - from sorting to list comprehensions - that I use n… text/html 2021-10-13T13:23:12+00:00 Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) https://dvillers.umons.ac.be/wiki/teaching:progappchim:bokeh_simple?rev=1634124192&do=diff Les bases de Bokeh, une librairie pour des visualisations interactives dans un navigateur web * page d'entrée sur Bokeh * User guide * Galerie d'exemples * Bokeh dans les Jupyter notebooks * Bokeh tutorial in live Jupyter Notebooks * Reference guide * Réseaux sociaux : * Twitter * GitHub * Youtube Exemples scientifiques * Interactions sur la fonction sinus (amplitude, décalage vertical, fréquence, déphasage) + text/html 2021-03-09T11:22:18+00:00 Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) https://dvillers.umons.ac.be/wiki/teaching:progappchim:random_walk_2d-simple?rev=1615285338&do=diff Marche aléatoire 2D simple Dans les modèles les plus simples, on considère un polymère comme un ensemble de segments faisant entre eux un angle quelconque (freely jointed chain). Ce problème est aussi dénommé “marche aléatoire” (random walk) en mathématique ou physique. Il peut aussi rendre compte d'autres phénomènes tel que celui de la diffusion. Après simulation, vous comprendrez pourquoi on appelle text/html 2023-01-19T15:46:31+00:00 Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) https://dvillers.umons.ac.be/wiki/teaching:progappchim:tkinter_gui_simple?rev=1674139591&do=diff Les bases d'un interface graphique avec Tkinter Quelques références de base pour utiliser Tkinter * Documentation officielle : * Les interfaces graphiques TK * tkinter — interface Python à Tcl/Tk, reprenant quelques références recommandées * Python 3 avec Tk intègre également les extensions text/html 2021-01-28T17:58:41+00:00 Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) https://dvillers.umons.ac.be/wiki/teaching:progappchim:codes_presentation?rev=1611853121&do=diff Codes de la présentation Turtle Cf. la documentation officielle. #!/usr/bin/python # -*- coding: UTF-8 -*- # exemple de base turtle # from turtle import * import sys import time reset() x=-100 y=-100 i=0 while i < 10: j=0 while j <10: up() goto(x+i*20,y+j*20) down() fill(1) n=0 while n <4 : forward(16) left(90) n=n+1 color([i*0.1,j*0.1,0]) fill(0) color(0,0,0) j=j+1 … text/html 2021-03-09T11:29:49+00:00 Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) https://dvillers.umons.ac.be/wiki/teaching:progappchim:game_of_life_conway-2012?rev=1615285789&do=diff Jeu de la vie de Conway Game of Life with Python #!/usr/bin/env python # -*- coding: utf-8 -*- """A minimal implementation of Conway's Game of Life. source : http://www.exolete.com/code/life modified by par Jérémie Knoops, BA2 chimie UMONS, 2011-2012 cf. http://fr.wikipedia.org/wiki/Jeu_de_la_vie & http://en.wikipedia.org/wiki/Conway%27s_Game_of_Life Each cell's survival depends on the number of occupied nearest and next-nearest neighbours (calculated in Grid::step). A living cell dies of ov… text/html 2021-03-11T17:53:07+00:00 Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) https://dvillers.umons.ac.be/wiki/teaching:progappchim:ph_courbe_titrage_2011?rev=1615481587&do=diff pH et courbe de titrage #!/usr/bin/env python # -*- coding: utf-8 -*- # Programme de calculs de pH et de courbes de titrages # AD & BW, Ba2 chimie 2010-2011 from math import * from Tkinter import * import matplotlib.pyplot as plt import numpy as np def pol(): #on définit la fonction pour le bouton "Calcul du pH" try: ca = e0.get() #permet de récupérer les valeurs entrées dans les champs d'entrée par l'utilisateur … text/html 2021-04-19T21:00:29+00:00 Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) https://dvillers.umons.ac.be/wiki/teaching:progappchim:tableau_periodique_2011?rev=1618858829&do=diff Tableau périodique FIXME : importation de la librairie tkinter à unifier + codes à améliorer #!/usr/bin/env python # -*- coding: utf-8 -*- # Programme sur le tableau périodique # MJ, Ba2 chimie 2010-2011 from tkinter import * from element_liste import * #sert à importer la liste présente dans l'autre fichier #création de la commande générale du boutton def elem(x): element=Tk() element.title("Proprietes") listbox=Listbox(element,height=10,width=40,fg="#070942") listbox.pack(… text/html 2022-09-22T16:59:55+00:00 Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) https://dvillers.umons.ac.be/wiki/teaching:progappchim:bioinformatic?rev=1663858795&do=diff Bioinformatique Un des objectifs majeurs de la bioinformatique réside dans l'étude automatique de séquences, principalement de l'ADN et de protéines,... Ces séquences sont accessibles librement et publiquement, notamment par ces deux sources : Voir aussi le site text/html 2013-11-28T14:18:09+00:00 Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) https://dvillers.umons.ac.be/wiki/teaching:progappchim:courbe_predominance_acide_2013?rev=1385644689&do=diff Courbe de Prédominance d'un Acide <sxh python; title : courbe_predominance_acide.py> #!/usr/bin/env python # -*- coding: utf-8 -*- # travail de KH, ba2 chimie 2012-2013 # Courbe de Prédominance d'un Acide # from math import * import matplotlib.pyplot as plt from Tkinter import * text/html 2013-11-29T11:16:13+00:00 Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) https://dvillers.umons.ac.be/wiki/teaching:progappchim:ph_acides_bases_2013?rev=1385720173&do=diff Représentation de pH d'acides et de bases Pour les acides : <sxh python; title : representation_pH_acide.py> #!/usr/bin/env python # -*- coding: utf-8 -*- # travail de QD et TB, ba2 chimie 2012-2013 import Tkinter as tk from numpy import * import matplotlib.pyplot as plt text/html 2022-04-09T05:22:18+00:00 Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) https://dvillers.umons.ac.be/wiki/teaching:progappchim:print_format?rev=1649474538&do=diff Impressions avec la méthode .print() FIXME : * à compléter par les règles essentielles et quelques exemples * F-strings introduite depuis Python 3.6 Références * <https://docs.python.org/3/library/string.html#formatstrings> * <https://pyformat.info/> * <https://www.digitalocean.com/community/tutorials/how-to-use-string-formatters-in-python-3> * F-strings * <https://realpython.com/python-f-strings/> * Python’s F-Strings - Complete implementation guide with code… Naina Chatu… text/html 2023-01-10T09:04:54+00:00 Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) https://dvillers.umons.ac.be/wiki/teaching:progappchim:algos_entiers?rev=1673337894&do=diff Algorithmes sur entiers cf....... Cette page reprend quelques grands algorithmes classiques sur les nombres entiers, et introduit quelques algorithmes ayant des applications en chimie. Recherche du PGCD (plus grand commun diviseur) Explication géométrique : en comprenant un nombre entier comme une longueur et un couple d'entiers (a,b) comme un rectangle, leur PGCD est la longueur du côté du plus grand carré permettant de carreler entièrement ce rectangle. L'algorithme d'Euclide décompose ce re… text/html 2023-03-07T13:05:54+00:00 Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) https://dvillers.umons.ac.be/wiki/teaching:progappchim:numpy_simple?rev=1678190754&do=diff Les bases de NumPy NumPy est une extension du langage de programmation Python, destinée à manipuler des matrices ou tableaux multidimensionnels ainsi que des fonctions mathématiques opérant sur ces tableaux. Chaque élément d'un tableau numpy occupe un nombre fixe d'octets, associé à un type particulier de donnée (data-type, ou dtype). Les types les plus courants incluent les entiers, bytes, entiers courts, booléens, nombres en virgule flottante, nombres complexes, text/html 2021-02-16T09:27:32+00:00 Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) https://dvillers.umons.ac.be/wiki/teaching:progappchim:ph-3d?rev=1613464052&do=diff Représentation 3D du pH Cas d'un acide en fonction d'un ajout de base et d'une dilution globale : cf. cet article #! /usr/bin/env python # -*- coding: utf-8 -*- """ Use of numpy polynomes to compute pH of weak acid and strong base 3D topographic surface generation in the same conditions as the following paper : 3-D Surface Visualization of pH Titration “Topos”: Equivalence Point Cliffs, Dilution Ramps, and Buffer Plateaus" Garon C. Smith, Md Mainul Hossain and Patrick MacCarthy J. Chem. Ed… text/html 2017-02-24T11:18:12+00:00 Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) https://dvillers.umons.ac.be/wiki/teaching:progappchim:polynomes-5?rev=1487931492&do=diff Polynômes : boucle for, fonction mathématique #!/usr/bin/env python # -*- coding: UTF-8 -*- """ écriture d'un programme pour évaluer des polynomes """ from math import * def polyeval(x,a): """ Fonction s'occupant uniquement de l'évaluation du polynome fonction de x avec les coefficients dans la liste a """ n = len(a)-1 p = 0. # initialisation for i in range(n+1): p = p + a[i] * x**i #calcul et addition de chacun des termes return p … text/html 2019-08-11T11:26:20+00:00 Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) https://dvillers.umons.ac.be/wiki/teaching:progappchim:attracteur_lorenz?rev=1565515580&do=diff L'attracteur de Lorenz L'attracteur de Lorenz est un système d'équations différentielles ordinaires au comportement particulier, chaotique. C'est un exemple classique de nombreux cours scientifiques, et plusieurs sites proposent des solutions. Avec du code appliquant le méthode de Runge-Kutta d'ordre 4 text/html 2013-11-29T12:33:31+00:00 Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) https://dvillers.umons.ac.be/wiki/teaching:progappchim:calcul_matriciel_2012?rev=1385724811&do=diff Calul matriciel <sxh python; title : calcul_matriciel.py> #!/usr/bin/env python # -*- coding: UTF-8 -*- #<http://www.siteduzero.com/tutoriel-3-223267-apprenez-a-programmer-en-python.html> (pdf) #<http://stackoverflow.com/questions/455612/python-limiting-floats-to-two-decimal-points> #pour operation matriciel verification mathématique : <http://fr.wikipedia.org/wiki/Wikip%C3%A9dia:Accueil_principal> #<http://www.pythonfrance.com/codes/OPERATION-MATRICIELLE_48359.aspx> #<http://inforef.be/swi/pyt… text/html 2021-01-18T11:49:53+00:00 Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) https://dvillers.umons.ac.be/wiki/teaching:progappchim:collection_counter_exemple?rev=1610966993&do=diff Exemple d'utilisation de Counter Module collections : * <https://docs.python.org/2/library/collections.html> * <https://docs.python.org/3/library/collections.html> #!/usr/bin/env python # -*- coding: utf-8 -*- """ Recherche du nombre d'occurences des noms d'auteurs d'un article On copie dans all_authors les noms des auteurs http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/26799652 """ import collections all_authors = "Klionsky DJ, Abdelmohsen K, Abe A, Abedin MJ, Abeliovich H,..." authors = all_auth… text/html 2019-04-29T12:13:50+00:00 Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) https://dvillers.umons.ac.be/wiki/teaching:progappchim:glossaire_chimie?rev=1556532830&do=diff Glossaire de chimie Cf. le glossaire de chimie #!/usr/bin/env python3 # -*- coding: utf-8 -*- """ Utilisation du glossaire https://dvillers.umons.ac.be/wiki/teaching:glossaire-chimie Le code dokuwiki source doit être sauvegardé dans un fichier glossaire-dokuwiki.txt Programme de base à modifier/compléter. """ from pathlib import Path home = str(Path.home()) # fichier d'entrée with open(home + "/tempo/glossaire-dokuwiki.txt", "r") as ifile: lines = ifile.readlines() ifile.close() … text/html 2023-07-28T05:21:15+00:00 Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) https://dvillers.umons.ac.be/wiki/teaching:progappchim:multilateration?rev=1690514475&do=diff Multilateration Références * <https://pypi.org/project/Localization/> * <https://github.com/kamalshadi/Localization> * dépendance : <https://pypi.org/project/shapely/> * Trilateration * True-range multilateration * <https://math.stackexchange.com/questions/2329756/how-to-convert-distances-among-dots-to-coordinate> * <https://stackoverflow.com/questions/9747227/2d-trilateration> * <https://stackoverflow.com/questions/23400351/localizing-a-point-using-distances-to-three-other-… text/html 2022-03-14T17:28:30+00:00 Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) https://dvillers.umons.ac.be/wiki/teaching:progappchim:openbabel_jmol?rev=1647275310&do=diff OpenBabel et Jmol OpenBabel OpenBabel est un ensemble de programme permettant de manipuler et convertir les fichiers de description de molécules dans différents formats. * Site officiel : <http://openbabel.org/wiki/Main_Page> * Interfaçage en Python : <http://openbabel.org/wiki/Python> Pour utiliser OpenBabel en python, il faut installer au préalable ces outils. Sous Linux (Debian, Ubuntu, text/html 2019-02-25T11:06:31+00:00 Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) https://dvillers.umons.ac.be/wiki/teaching:progappchim:polynomes-7?rev=1551089191&do=diff Polynômes : comment les multiplier par un scalaire et les additionner #!/usr/bin/env python # -*- coding: UTF-8 -*- """ écriture d'un programme pour évaluer des polynomes + fonction de multiplication d'un polynôme pas un scalaire + fonction d'addition de deux polynômes """ from math import * def polyeval(x,a): """ application de l'agorithme de Horner cf. http://fr.wikipedia.org/wiki/M%C3%A9thode_de_Ruffini-Horner """ n = len(a) - 1 # n = ordre du polynôme p =0. for… text/html 2023-01-28T16:31:18+00:00 Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) https://dvillers.umons.ac.be/wiki/teaching:progappchim:ppoo?rev=1674919878&do=diff Programmation Python Orientée Objet FIXME : en construction Concepts utilisés * Un objet : c'est... n'importe quoi, qui peut être codé. En Python, tout est objet ! * Une classe est une description générique d'un type d'objet, incluant les données et les méthodes qui le caractérisent text/html 2023-02-21T14:56:20+00:00 Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) https://dvillers.umons.ac.be/wiki/teaching:progappchim:presentation_principes?rev=1676987780&do=diff ~~REVEAL transition=convex&controls=1&show_progress_bar=1&build_all_lists=1&open_in_new_window=1~~ Programmer en Python Généralités * Qu'est-ce qu'un langage de programmation ? * Compilation ou interprétation, ou... ? Rôle des langages de programmation text/html 2022-03-08T09:43:21+00:00 Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) https://dvillers.umons.ac.be/wiki/teaching:progappchim:pylab_simple?rev=1646729001&do=diff Pylab Pylab permet de combiner simplement Matplotlib, NumPy et SciPy, en utilisant une directive d'importation supprimant l'usage de tous les namespaces des librairies sous-jacentes : from pylab import * Exemple Version “Pylab” du code utilisé pour la text/html 2022-03-21T15:46:48+00:00 Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) https://dvillers.umons.ac.be/wiki/teaching:progappchim:urllib?rev=1647874008&do=diff Lecture du code source d'une page web via la librairie urllib #!/usr/bin/env python # -*- coding: utf-8 -*- """ exemple de programme pour obtenir le code d'une page avec la librairie urllib source : https://realpython.com/python-web-scraping-practical-introduction/ """ from urllib.request import urlopen site_url = 'https://dvillers.umons.ac.be/wiki/page_simple' page = urlopen(site_url) print(page) # page est un objet urllib html_bytes = page.read() html = html_bytes.decode("utf-8") # html … text/html 2015-05-12T10:04:44+00:00 Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) https://dvillers.umons.ac.be/wiki/teaching:progappchim:matplotlib_gallery:ir_spectrum_co?rev=1431417884&do=diff Spectre IR du CO Différentes techniques de spectroscopie utilisent des représentations standardisées des spectres. En spectroscopie Infrarouge, l'absorbance est traditionnellement représentée en fonction des nombres d'ondes décroissants exprimés en $cm^{-1}$. Pour rappel, en spectroscopie, le $\tilde{\nu}$$\tilde{\nu} = 1/\lambda = \nu/c$$\Delta J = \pm 1$$cm^{-1}$