Didier Villers, UMONS - wiki

teaching:progappchim:notions_fondamentales

Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) — 2023-05-03T08:39:20+00:00

Notions fondamentales Aide mémoire synthétique sur le langage Python. Règles de base Ces règles peuvent être testées via le mode interactif de Python (en utilisant la fenêtre “Shell” ou console de l'éditeur Idle ou Idle3 par exemple).

teaching:progappchim:tableau_periodique_2011

Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) — 2021-04-19T21:00:29+00:00

Tableau périodique FIXME : importation de la librairie tkinter à unifier + codes à améliorer #!/usr/bin/env python # -*- coding: utf-8 -*- # Programme sur le tableau périodique # MJ, Ba2 chimie 2010-2011 from tkinter import * from element_liste import * #sert à importer la liste présente dans l'autre fichier #création de la commande générale du boutton def elem(x): element=Tk() element.title("Proprietes") listbox=Listbox(element,height=10,width=40,fg="#070942") listbox.pack(…

teaching:progappchim:presentation_principes

Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) — 2023-02-21T14:56:20+00:00

~~REVEAL transition=convex&controls=1&show_progress_bar=1&build_all_lists=1&open_in_new_window=1~~ Programmer en Python Généralités * Qu'est-ce qu'un langage de programmation ? * Compilation ou interprétation, ou... ? Rôle des langages de programmation

teaching:progappchim:gaz_parfait_2011

Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) — 2014-02-11T09:05:52+00:00

Loi des gaz parfaits #!/usr/bin/env python # -*- coding: utf-8 -*- # Programme de calculs sur la loi des gaz parfaits # GD, Ba2 chimie 2010-2011 from Tkinter import * #permet l'apparition de l'interface graphique

teaching:progappchim:pandas

Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) — 2022-11-15T10:08:25+00:00

Pandas Module pour l'analyse de données, pouvant se substituer à l'utilisation d'un tableur. Une différence fondamentale de la librairie pandas avec NumPy, c'est que les tableaux NumPy (NumPy arrays) ont le même type (dtype) pour le tableau entier, tandis que les tableaux pandas (pandas DataFrames) sont caractérisés par un type unique (dtype) par colonne.$X$$x$$P(x)$$X$$x$$x_1, x_2, x_3, ...$$X$$P(x_i)$$X$$x$$P(x)$$x$$x+dx$$P(x)$$x$$P(x) dx$$P(x) dx = P(x \le X < x+dx)$$P(x_i) \ge 0$$x_i$$P(x) …

teaching:progappchim:elements_molecules

Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) — 2021-03-02T12:31:46+00:00

Éléments et molécules Les propriétés des éléments chimiques, de molécules peuvent être dressées, listées,... par un programme si on dispose des données. Celles-ci étant communes à tous les chimistes, et uniquement susceptibles de quelques modifications, il est utile de reprendre une source commune primaire (IUPAC) ou secondaire (comme Wikipedia) plutôt que de redéfinir toutes ces valeurs dans un programme.

teaching:progappchim:conversion_temperature_2011

Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) — 2014-02-11T08:16:38+00:00

Conversion de températures #!/usr/bin/env python # -*- coding: utf-8 -*- # Conversion de témpératures # programme réalisé par AC&JD, ba2 chimie 2010-2011 from Tkinter import * def delwidgets():

teaching:progappchim:solubilite_ph_t

Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) — 2016-03-04T15:24:32+00:00

Solubilité en fonction du pH et de la température Interface en ligne de commande et graphiques matplotlib Nécessite [ce fichier de données] (à décompresser). #!/usr/bin/env python # -*- coding: utf-8 -*- “”“

teaching:progappchim:algos_entiers

Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) — 2023-01-10T09:04:54+00:00

Algorithmes sur entiers cf....... Cette page reprend quelques grands algorithmes classiques sur les nombres entiers, et introduit quelques algorithmes ayant des applications en chimie. Recherche du PGCD (plus grand commun diviseur) Explication géométrique : en comprenant un nombre entier comme une longueur et un couple d'entiers (a,b) comme un rectangle, leur PGCD est la longueur du côté du plus grand carré permettant de carreler entièrement ce rectangle. L'algorithme d'Euclide décompose ce re…

teaching:progappchim:numpy_simple

Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) — 2023-03-07T13:05:54+00:00

Les bases de NumPy NumPy est une extension du langage de programmation Python, destinée à manipuler des matrices ou tableaux multidimensionnels ainsi que des fonctions mathématiques opérant sur ces tableaux. Chaque élément d'un tableau numpy occupe un nombre fixe d'octets, associé à un type particulier de donnée (data-type, ou dtype). Les types les plus courants incluent les entiers, bytes, entiers courts, booléens, nombres en virgule flottante, nombres complexes,

teaching:progappchim:dictionaries_adn_arn_protein

Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) — 2016-03-04T16:14:25+00:00

Traduction ADN-ARN-protéine Avec l'interface Tk. Voir aussi le programme Traduction de l'ADN en séquence d'acides aminés (protéine) : utilisation d'un dictionnaire (type Python) #!/usr/bin/env python # -*- coding: utf-8 -*- “”“ Traduction de codes ADN en ARN et protéine. Basé sur le travail de NR et CVDD, ba2 chimie 2013-2014

teaching:progappchim:slices

Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) — 2022-01-02T10:15:18+00:00

Slices sur les séquences L'utilisation des “slices” ou du “slicing” sur les listes, ou sur tout objet en séquence (tuple, chaîne de caractères, ...) permet de “découper” des sous-listes. Si la séquence s'appelle sequence_name, la syntaxe du slice est : sequence_name[start:stop:step] où start est l'indice du premier élément (par défaut 0), stop est l'indice du premier élément NON REPRIS (par défaut len(seq

teaching:progappchim:start

Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) — 2023-03-13T10:14:25+00:00

Programmation appliquée à la chimie Aux dernières nouvelles (14/12/2022) Serhiy Storchaka vit toujours en Ukraine, à 20 km de Konotop !! Le cours “Programmation appliquée à la chimie” de bachelier en sciences chimiques (15 H cours et 15 H exercices, bloc2) utilise deux supports :

teaching:progappchim:analyse_images

Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) — 2021-03-09T11:25:40+00:00

Analyse d'images Le traitement d'images permet de transformer des images. L'analyse d'images permet d'extraire des informations contenues dans une image. Il est aussi possible d'effectuer des tâches plus complexes de reconnaissance et d'analyse de scènes.

teaching:progappchim:epidemie_coronavirus

Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) — 2020-07-13T04:04:29+00:00

Épidémie du coronavirus COVID-19 Références : * Coronavirus disease 2019 * Maladie à coronavirus 2019 * Coronavirus COVID-19 Global Cases by Johns Hopkins CSSE * Coronavirus (COVID-19) Mortality Rate * data : Programmes de représentations FIXME Quelques simulations SEIR effectuées par des scientifiques : * Marius Gilbert (ULB/FNRS, Spatial Epidemiology lab (SpELL),

teaching:progappchim:matplotlib_simple

Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) — 2023-07-11T07:46:36+00:00

Les bases de Matplotlib, une librairie pour réaliser des graphiques 2D Matplotlib est une bibliothèque très puissante du langage de programmation Python destinée à tracer et visualiser des données sous formes de graphiques. Elle est souvent combinée avec les bibliothèques python de calcul scientifique :

teaching:progappchim:notions_avancees

Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) — 2023-05-02T10:36:36+00:00

Notions avancées En construction. Les liens sont juste donnés. Une introduction et un exemple devrait être proposé pour chaque rubrique, et le nombre de ces rubriques augmenté. Itérateurs Itertools, zip,... * 7 Levels of Using the Zip Function in Python * itertools.cycle() est une méthode utile pour répéter ou parcourir sans fin les éléments d'une liste ou d'une table itérativitertools.accumulate()

teaching:progappchim:openbabel_jmol

Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) — 2022-03-14T17:28:30+00:00

OpenBabel et Jmol OpenBabel OpenBabel est un ensemble de programme permettant de manipuler et convertir les fichiers de description de molécules dans différents formats. * Site officiel : * Interfaçage en Python : Pour utiliser OpenBabel en python, il faut installer au préalable ces outils. Sous Linux (Debian, Ubuntu,

teaching:progappchim:ph_acides_bases_2013

Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) — 2013-11-29T11:16:13+00:00

Représentation de pH d'acides et de bases Pour les acides : #!/usr/bin/env python # -*- coding: utf-8 -*- # travail de QD et TB, ba2 chimie 2012-2013 import Tkinter as tk from numpy import * import matplotlib.pyplot as plt

teaching:progappchim:ph_courbe_titrage_2011

Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) — 2021-03-11T17:53:07+00:00

pH et courbe de titrage #!/usr/bin/env python # -*- coding: utf-8 -*- # Programme de calculs de pH et de courbes de titrages # AD & BW, Ba2 chimie 2010-2011 from math import * from Tkinter import * import matplotlib.pyplot as plt import numpy as np def pol(): #on définit la fonction pour le bouton "Calcul du pH" try: ca = e0.get() #permet de récupérer les valeurs entrées dans les champs d'entrée par l'utilisateur …

teaching:progappchim:pieges

Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) — 2016-05-15T22:47:49+00:00

Pièges à éviter Quelques pièges à éviter ! Type de données * travailler avec des nombres et ne pas mettre le point décimal s'ils ont une valeur entière les laissera dans le type 'int'. * Ne pas confondre une liste contenant un nombre, et ce nombre.

teaching:progappchim:tkinter_gui_simple

Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) — 2023-01-19T15:46:31+00:00

Les bases d'un interface graphique avec Tkinter Quelques références de base pour utiliser Tkinter * Documentation officielle : * Les interfaces graphiques TK * tkinter — interface Python à Tcl/Tk, reprenant quelques références recommandées * Python 3 avec Tk intègre également les extensions

teaching:progappchim:matplotlib_gallery:potentiel_energy_surface

Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) — 2020-12-07T17:22:27+00:00

Surface d'énergie potentielle Historique Eyring et Polanyi ont publié en 1931 l'article On Simple Gas Reactions dans lequel ils décrivent les trajets des atomes dans la réaction + H --> H + (échange d'atomes). Ces travaux aboutiront au développement des notions de $E_{bond}= D_e [\exp(-2\beta(r-r_e))-2\exp(-\beta(r-r_e))]$$E_{ant}= \frac{D_e}{2} [\exp(-2\beta(r-r_e))+2\exp(-\beta(r-r_e))]$$r_e$$D_e$$\beta$$E_{bond}= \frac{Q_{AB}+\alpha_{AB}}{1+S^2_{AB}} = \frac{Q_{AB}+\alpha_{AB}}{1+k}$$E_{a…

teaching:progappchim:chempy

Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) — 2023-03-20T12:23:07+00:00

ChemPy * : installation et documentation #!/usr/bin/env python3 # -*- coding: utf-8 -*- """ Created on Tue May 4 10:25:51 2021 @author: villersd Librairie chempy : https://pypi.org/project/chempy/#documentation https://github.com/bjodah/chempy installation Linux : conda install -c bjodah chempy pytest installation Windows & OS X : python -m pip install chempy pytest python -m pytest -rs -W ignore::chempy.ChemPyDeprecationWarning --pyargs chempy """ from …

teaching:progappchim:csv

Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) — 2021-02-11T10:19:00+00:00

Lire et écrire des fichiers de données csv pandas Les fichiers csv sont des fichiers de données séparées par des virgules (ou point-virgules), pour “comma separated values”. Comme ceci : 1;0.1;3 2;0.3;5 3;0.5;7 4;0.6;11 5;0.9;21 6;1.5;39 Ils peuvent être facilement importés ou exportés de tableurs ou logiciels de graphiques scientifiques.

teaching:progappchim:multilateration

Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) — 2023-07-28T05:21:15+00:00

Multilateration Références * * * dépendance : * Trilateration * True-range multilateration * * *

teaching:progappchim:plotly_simple

Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) — 2023-05-02T10:38:45+00:00

Les bases de Plotly Plotly ( est une société développant des outils analytiques et de visualisation. La librairie python Plotly permet de créer des graphes dans l'environnement de Jupyter. FIXME : à compléter Références * plot.ly, le site officiel

teaching:progappchim:polynomes-10

Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) — 2017-02-24T11:53:33+00:00

Polynômes : fonctionnalités supplémentaires Voici quelques fonctions utiles pour manipuler les polynômes : Dérivation Proposé et testé par RL, étudiant ba2 2012-2013. #!/usr/bin/env python # -*- coding: utf-8 -*- def polyderiv(a): """ dérivation d'un polynôme """ b = a[:] #copie de la liste des coefficients du polynôme de départ n = len(b) -1 #ordre du polynôme for i in range (n+1): b[i] = b[i] * i #on redéfinit chaque coefficient i de la liste par ce…

teaching:progappchim:polynomes-12

Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) — 2022-12-08T17:49:25+00:00

Utilisation de polynômes orthogonaux avec NumPy Voici un programme permettant d'obtenir le même graphe que celui obtenu précédemment, en utilisant les modules spécifiques de NumPy. Cet exemple montre tout l'intérêt d'utiliser des modules pré-existants. Le programme est réduit à 3 lignes pour l'importation, 4 pour la création des graphes et 4 pour commander la représentation.

teaching:progappchim:solvents_data_class

Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) — 2012-11-30T13:39:08+00:00

Utilisation d'une "classe" pour des données de solvants chimiques On peut utiliser la structure de classe pour créer une “table” de données sur des solvants. Il est alors possible d'effectuer des traitements de tris, sélection, impression...

teaching:progappchim:suite_de_fibonacci-4

Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) — 2017-02-24T09:09:35+00:00

Suite de Fibonacci : encore un algorithme Voici le programme complété pour la technique récursive : #! /usr/bin/env python # -*- coding: utf-8 -*- """ Calculs des premiers éléments de la suite de Fibonacci. Référence : http://fr.wikipedia.org/wiki/Suite_de_Fibonacci Application de la définition par récursivité. """ def fibonacci_item_recursive(n): """ Renvoie l'élément d'indice n de la suite de Fibonacci """ if n == 0: return 0 elif n == 1: return 1 ret…

teaching:progappchim:algos_divers

Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) — 2022-12-09T09:36:36+00:00

Algorithmes divers Problèmes résolus : * Fizz buzz, jeu de comptage et de divisibilité conçu pour des enfants * ... Problèmes non résolus * Décomposition de formules chimiques (analyse de chaînes de caractères) * ... Classiques * Algorithme de Dijkstra (permet de déterminer le plus court chemin pour se rendre d'un point à une autre en fonction du réseau routier)

teaching:progappchim:bokeh_simple

Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) — 2021-10-13T13:23:12+00:00

Les bases de Bokeh, une librairie pour des visualisations interactives dans un navigateur web * page d'entrée sur Bokeh * User guide * Galerie d'exemples * Bokeh dans les Jupyter notebooks * Bokeh tutorial in live Jupyter Notebooks * Reference guide * Réseaux sociaux : * Twitter * GitHub * Youtube Exemples scientifiques * Interactions sur la fonction sinus (amplitude, décalage vertical, fréquence, déphasage) +

teaching:progappchim:jupyter

Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) — 2022-06-10T08:56:04+00:00

Jupyter, IPython Notebooks et JupyterLab * Jupyter a succédé à IPython Notebook * Jupyter est installé par défaut avec la distribution python Anaconda. C'est la manière la plus adéquate d'utiliser Jupyter. * Sinon, on peut utiliser facilement les notebooks Jupyter sur la plateforme

teaching:progappchim:lennard-jones

Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) — 2015-03-05T12:14:55+00:00

Représentation du potentiel de Lennard-Jones L'utilisation de fonctions en python permet de nombreuses applications par la création de graphiques. En utilisant la “bibliothèque matplotlib/pylab”, vous pourrez donc aisément créer des graphes de fonction.$V_{LJ} = 4\varepsilon \left[ \left(\frac{\sigma}{r}\right)^{12} - \left(\frac{\sigma}{r}\right)^{6} \right] = \varepsilon \left[ \left(\frac{r_{m}}{r}\right)^{12} - 2\left(\frac{r_{m}}{r}\right)^{6} \right]$$r_{m} = 2^{1/6} \sigma$$U_{tot} = \fr…

teaching:progappchim:matrices

Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) — 2018-03-06T14:49:57+00:00

Manipulations de matrices Les matrices sont des tableaux de nombres à deux dimensions. On peut utiliser des listes de lignes, qui sont elles-mêmes des listes d'éléments de la ligne, pour représenter une matrice. On aura donc des listes de listes.

teaching:progappchim:mendeleev

Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) — 2022-11-20T11:08:54+00:00

Librairie Mendeleev La librairie Mendeleev est complète et évoluée * Package repository sur PyPI : * Page officielle, description et code source : * Documentation complète : * Tutoriels : * Notebook Jupyter (exemples) : *

teaching:progappchim:plot_sinus_cosinus

Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) — 2021-02-23T15:33:34+00:00

Graphe simple de sinus et cosinus On montre en détail comment réaliser une représentation graphique simple des fonctions sinus et cosinus. Au départ le graphique utilisera les réglages par défaut et la figure sera ensuite améliorée pas à pas en commentant les instructions matplotlib utilisées.

teaching:progappchim:polynomes-11

Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) — 2017-02-24T11:58:51+00:00

Graphe d'une famille de polynômes orthogonaux Voici un programme permettant de visualiser les premiers polynômes orthogonaux de Tchebyshev : #!/usr/bin/env python # -*- coding: utf-8 -*- """ graphes de Polynomes de Chebyschev """ from math import * from pylab import * def polyeval(x,a): """ application de l'algorithme de Horner cf. http://fr.wikipedia.org/wiki/M%C3%A9thode_de_Ruffini-Horner """ n = len(a)-1 # n = ordre du polynome p = 0. for i in range(n,-1,-1): …

teaching:progappchim:pubchempy

Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) — 2022-03-15T11:20:05+00:00

PubChemPy * Documentation : Utilisation dans Colaboratory * Créer une première cellule de code permettant l'installation de la librairie PubChemPy : !pip install pubchempy * Fichier exemple :

teaching:progappchim:pylab_simple

Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) — 2022-03-08T09:43:21+00:00

Pylab Pylab permet de combiner simplement Matplotlib, NumPy et SciPy, en utilisant une directive d'importation supprimant l'usage de tous les namespaces des librairies sous-jacentes : from pylab import * Exemple Version “Pylab” du code utilisé pour la

teaching:progappchim:rdkit

Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) — 2023-05-27T22:54:03+00:00

RDKit * * Getting Started with the RDKit in Python — The RDKit 2020.09.1 documentation * Depict a compound as an image | Chemistry Toolkit Rosetta Wiki | Fandom * Jupyter & RDKit * Getting Started with RDKit and Jupyter | Depth-First * * ChemSpider | Search and share chemistry site reprenant de nombreuses informations sur des molécules * ... Utilisation avec Anaconda “” Utili…

teaching:progappchim:representation_molecules_2013

Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) — 2020-03-09T14:42:50+00:00

Représentation de molécules Page à actualiser... Certaines fonctions de ce programme nécessite des fichiers de données : [base.csv] et [bdd.csv] #!/usr/bin/env python # -*- coding: UTF-8 -*- # travail de RL, ba2 chimie 2012-2013

teaching:progappchim:scipy_simple

Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) — 2019-03-22T12:07:33+00:00

Les bases de SciPy La librairie SciPy ajoute à NumPy des fonctionnalités mathématiques. Directive d'importation * Méthode standard : import scipy as sp * Importation par sous-modules (cf le site de Scipy) : from scipy import optimize from scipy import interpolate from scipy import integrate ...

teaching:progappchim:suite_de_fibonacci-2

Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) — 2017-02-24T08:51:15+00:00

Suite de Fibonacci : un premier programme Voici un embryon non fonctionnel de programme. Il y manque alors des éléments (à la place des “???”) #! /usr/bin/env python # -*- coding: utf-8 -*- """ Calculs des premiers éléments de la suite de Fibonacci. Référence : http://fr.wikipedia.org/wiki/Suite_de_Fibonacci """ # élément d'indice 0 i = 0 a = 0 print(i,a) # élément d'indice 1 i = 1 b = 1 print(i,b) # structure de répétition pour appliquer la règle de récurrence max = 100 # indice du dernier …

teaching:progappchim:suite_de_fibonacci-5

Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) — 2017-05-30T00:13:09+00:00

Suite de Fibonacci : quel est le meilleur algorithme ? Comparer les temps avec timeit La librairie timeit mesure les temps d'exécution en évitant des biais tels que l'usage concomitant d'autres ressources. #! /usr/bin/env python # -*- coding: utf-8 -*- """ Calculs des premiers éléments de la suite de Fibonacci. Référence : http://fr.wikipedia.org/wiki/Suite_de_Fibonacci Comparaison de différentes fonctions avec Timeit http://docs.python.org/2/library/timeit.html http://www.diveintopython.net…

teaching:progappchim:tris

Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) — 2022-12-09T14:25:44+00:00

Algorithmes de tri Un algorithme de tri est, en informatique ou en mathématiques, un algorithme qui permet d'organiser une collection d'objets selon un ordre déterminé (Référence wikipedia). Les tris sont intéressants du point de vue de l'apprentissage de l'algorithmique.

teaching:progappchim:matplotlib_gallery:ir_spectrum_co

Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) — 2015-05-12T10:04:44+00:00

Spectre IR du CO Différentes techniques de spectroscopie utilisent des représentations standardisées des spectres. En spectroscopie Infrarouge, l'absorbance est traditionnellement représentée en fonction des nombres d'ondes décroissants exprimés en $cm^{-1}$. Pour rappel, en spectroscopie, le $\tilde{\nu}$$\tilde{\nu} = 1/\lambda = \nu/c$$\Delta J = \pm 1$$cm^{-1}$

teaching:progappchim:matplotlib_gallery:pka_pkb_plane

Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) — 2020-06-02T15:05:22+00:00

Couples acide-base dans le plan pKa/pKb * Conventions sur les acides forts et les bases fortes : cf. Les acides, les bases et les sels qui nous entourent - Acide fort, base forte #!/usr/bin/env python3 # -*- coding: utf-8 -*- """ Library references : * """ import matplotlib.pyplot as plt # directive d'importation standard de Matplotlib import numpy as np # directive d'importation standard de numpy def cm2inch(*tupl): # https://stackoverflow.com/questions/14708695/sp…