https://dvillers.umons.ac.be/wiki/ 2026-05-03T11:07:21+00:00 https://dvillers.umons.ac.be/wiki/ https://dvillers.umons.ac.be/wiki/_media/favicon.ico text/html 2022-11-20T11:08:54+00:00 Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) https://dvillers.umons.ac.be/wiki/teaching:progappchim:mendeleev?rev=1668938934&do=diff Librairie Mendeleev La librairie Mendeleev est complète et évoluée * Package repository sur PyPI : <https://pypi.org/project/mendeleev/> * Page officielle, description et code source : <https://github.com/lmmentel/mendeleev> * Documentation complète : <https://mendeleev.readthedocs.io/en/stable/> * Tutoriels : <https://mendeleev.readthedocs.io/en/stable/tutorials.html> * Notebook Jupyter (exemples) : * <https://nbviewer.jupyter.org/github/lmmentel/mendeleev/blob/master/docs/sou… text/html 2021-03-02T12:31:46+00:00 Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) https://dvillers.umons.ac.be/wiki/teaching:progappchim:elements_molecules?rev=1614684706&do=diff Éléments et molécules Les propriétés des éléments chimiques, de molécules peuvent être dressées, listées,... par un programme si on dispose des données. Celles-ci étant communes à tous les chimistes, et uniquement susceptibles de quelques modifications, il est utile de reprendre une source commune primaire (IUPAC) ou secondaire (comme Wikipedia) plutôt que de redéfinir toutes ces valeurs dans un programme. text/html 2022-06-10T08:56:04+00:00 Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) https://dvillers.umons.ac.be/wiki/teaching:progappchim:jupyter?rev=1654844164&do=diff Jupyter, IPython Notebooks et JupyterLab * Jupyter a succédé à IPython Notebook * Jupyter est installé par défaut avec la distribution python Anaconda. C'est la manière la plus adéquate d'utiliser Jupyter. * Sinon, on peut utiliser facilement les notebooks Jupyter sur la plateforme text/html 2023-07-11T07:46:36+00:00 Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) https://dvillers.umons.ac.be/wiki/teaching:progappchim:matplotlib_simple?rev=1689054396&do=diff Les bases de Matplotlib, une librairie pour réaliser des graphiques 2D Matplotlib est une bibliothèque très puissante du langage de programmation Python destinée à tracer et visualiser des données sous formes de graphiques. Elle est souvent combinée avec les bibliothèques python de calcul scientifique : text/html 2023-03-20T12:23:07+00:00 Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) https://dvillers.umons.ac.be/wiki/teaching:progappchim:chempy?rev=1679311387&do=diff ChemPy * <https://pypi.org/project/chempy/> : installation et documentation #!/usr/bin/env python3 # -*- coding: utf-8 -*- """ Created on Tue May 4 10:25:51 2021 @author: villersd Librairie chempy : https://pypi.org/project/chempy/#documentation https://github.com/bjodah/chempy installation Linux : conda install -c bjodah chempy pytest installation Windows & OS X : python -m pip install chempy pytest python -m pytest -rs -W ignore::chempy.ChemPyDeprecationWarning --pyargs chempy """ from … text/html 2022-03-14T17:28:30+00:00 Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) https://dvillers.umons.ac.be/wiki/teaching:progappchim:openbabel_jmol?rev=1647275310&do=diff OpenBabel et Jmol OpenBabel OpenBabel est un ensemble de programme permettant de manipuler et convertir les fichiers de description de molécules dans différents formats. * Site officiel : <http://openbabel.org/wiki/Main_Page> * Interfaçage en Python : <http://openbabel.org/wiki/Python> Pour utiliser OpenBabel en python, il faut installer au préalable ces outils. Sous Linux (Debian, Ubuntu, text/html 2022-09-22T16:59:55+00:00 Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) https://dvillers.umons.ac.be/wiki/teaching:progappchim:bioinformatic?rev=1663858795&do=diff Bioinformatique Un des objectifs majeurs de la bioinformatique réside dans l'étude automatique de séquences, principalement de l'ADN et de protéines,... Ces séquences sont accessibles librement et publiquement, notamment par ces deux sources : Voir aussi le site text/html 2022-11-15T10:08:25+00:00 Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) https://dvillers.umons.ac.be/wiki/teaching:progappchim:pandas?rev=1668503305&do=diff Pandas Module pour l'analyse de données, pouvant se substituer à l'utilisation d'un tableur. Une différence fondamentale de la librairie pandas avec NumPy, c'est que les tableaux NumPy (NumPy arrays) ont le même type (dtype) pour le tableau entier, tandis que les tableaux pandas (pandas DataFrames) sont caractérisés par un type unique (dtype) par colonne.$X$$x$$P(x)$$X$$x$$x_1, x_2, x_3, ...$$X$$P(x_i)$$X$$x$$P(x)$$x$$x+dx$$P(x)$$x$$P(x) dx$$P(x) dx = P(x \le X < x+dx)$$P(x_i) \ge 0$$x_i$$P(x) … text/html 2023-05-27T22:54:03+00:00 Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) https://dvillers.umons.ac.be/wiki/teaching:progappchim:rdkit?rev=1685220843&do=diff RDKit * <http://www.rdkit.org/> * Getting Started with the RDKit in Python — The RDKit 2020.09.1 documentation * Depict a compound as an image | Chemistry Toolkit Rosetta Wiki | Fandom * Jupyter & RDKit * Getting Started with RDKit and Jupyter | Depth-First * <http://davies-lee.com/index.php/2018/10/06/rdkit-in-jupyter-notebooks/> * ChemSpider | Search and share chemistry site reprenant de nombreuses informations sur des molécules * ... Utilisation avec Anaconda “” Utili… text/html 2023-03-13T10:14:25+00:00 Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) https://dvillers.umons.ac.be/wiki/teaching:progappchim:start?rev=1678698865&do=diff Programmation appliquée à la chimie <https://lukasz.langa.pl/f15a8851-af26-4e94-a4b1-c146c57c9d20/> Aux dernières nouvelles (14/12/2022) Serhiy Storchaka vit toujours en Ukraine, à 20 km de Konotop !! Le cours “Programmation appliquée à la chimie” de bachelier en sciences chimiques (15 H cours et 15 H exercices, bloc2) utilise deux supports : text/html 2023-02-21T14:56:20+00:00 Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) https://dvillers.umons.ac.be/wiki/teaching:progappchim:presentation_principes?rev=1676987780&do=diff ~~REVEAL transition=convex&controls=1&show_progress_bar=1&build_all_lists=1&open_in_new_window=1~~ Programmer en Python Généralités * Qu'est-ce qu'un langage de programmation ? * Compilation ou interprétation, ou... ? Rôle des langages de programmation text/html 2023-01-10T09:04:54+00:00 Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) https://dvillers.umons.ac.be/wiki/teaching:progappchim:algos_entiers?rev=1673337894&do=diff Algorithmes sur entiers cf....... Cette page reprend quelques grands algorithmes classiques sur les nombres entiers, et introduit quelques algorithmes ayant des applications en chimie. Recherche du PGCD (plus grand commun diviseur) Explication géométrique : en comprenant un nombre entier comme une longueur et un couple d'entiers (a,b) comme un rectangle, leur PGCD est la longueur du côté du plus grand carré permettant de carreler entièrement ce rectangle. L'algorithme d'Euclide décompose ce re… text/html 2021-03-09T11:25:40+00:00 Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) https://dvillers.umons.ac.be/wiki/teaching:progappchim:analyse_images?rev=1615285540&do=diff Analyse d'images Le traitement d'images permet de transformer des images. L'analyse d'images permet d'extraire des informations contenues dans une image. Il est aussi possible d'effectuer des tâches plus complexes de reconnaissance et d'analyse de scènes. text/html 2013-11-29T11:05:09+00:00 Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) https://dvillers.umons.ac.be/wiki/teaching:progappchim:grille_configurations_melange_binaire_2013?rev=1385719509&do=diff Création d'une grille et de configurations d'un système binaire modélisé <sxh python; title : grille_configurations_melange_binaire.py> #!/usr/bin/env python # -*- coding: utf-8 -*- # travail de ML et MP, ba2 chimie 2012-2013 # Création d'une grille et de configurations d'un système binaire modélisé text/html 2015-01-15T13:38:34+00:00 Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) https://dvillers.umons.ac.be/wiki/teaching:progappchim:osm_interrogation?rev=1421325514&do=diff Interrogation de la base de données géolocalisées OpenStreetMap API OSM en Python * Application Programming Interface, en Python Installation via pip : pip(3) install osmapi Exemple de code Recherche de débit de boissons (“pub”) via la base de données d'OpenStreetMap. <sxh python; title : pub_search_OsmApi.py> #!/usr/bin/python # -*- coding: UTF-8 -*- text/html 2022-03-15T11:20:05+00:00 Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) https://dvillers.umons.ac.be/wiki/teaching:progappchim:pubchempy?rev=1647339605&do=diff PubChemPy * Documentation : <https://pubchempy.readthedocs.io/en/latest/index.html> Utilisation dans Colaboratory * Créer une première cellule de code permettant l'installation de la librairie PubChemPy : !pip install pubchempy * Fichier exemple : text/html 2021-03-03T12:13:30+00:00 Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) https://dvillers.umons.ac.be/wiki/teaching:progappchim:chemspipy?rev=1614770010&do=diff ChemSpiPy * Utilisation des données de ChemSpider * <https://github.com/mcs07/ChemSpiPy> site officiel * <https://chemspipy.readthedocs.io/en/latest/index.html> : documentation officielle * Avec la distribution Anaconda, la lirairie “chemspipy” est installable via le canal “conda-forge”. Utiliser si opportun un environnement spécifique. text/html 2022-12-08T17:49:25+00:00 Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) https://dvillers.umons.ac.be/wiki/teaching:progappchim:polynomes-12?rev=1670518165&do=diff Utilisation de polynômes orthogonaux avec NumPy Voici un programme permettant d'obtenir le même graphe que celui obtenu précédemment, en utilisant les modules spécifiques de NumPy. Cet exemple montre tout l'intérêt d'utiliser des modules pré-existants. Le programme est réduit à 3 lignes pour l'importation, 4 pour la création des graphes et 4 pour commander la représentation.