Didier Villers, UMONS - wiki

teaching:progappchim:notions_fondamentales

Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) — 2023-05-03T08:39:20+00:00

Notions fondamentales Aide mémoire synthétique sur le langage Python. Règles de base Ces règles peuvent être testées via le mode interactif de Python (en utilisant la fenêtre “Shell” ou console de l'éditeur Idle ou Idle3 par exemple).

teaching:progappchim:presentation_principes

Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) — 2023-02-21T14:56:20+00:00

~~REVEAL transition=convex&controls=1&show_progress_bar=1&build_all_lists=1&open_in_new_window=1~~ Programmer en Python Généralités * Qu'est-ce qu'un langage de programmation ? * Compilation ou interprétation, ou... ? Rôle des langages de programmation

teaching:progappchim:tkinter_gui_simple

Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) — 2023-01-19T15:46:31+00:00

Les bases d'un interface graphique avec Tkinter Quelques références de base pour utiliser Tkinter * Documentation officielle : * Les interfaces graphiques TK * tkinter — interface Python à Tcl/Tk, reprenant quelques références recommandées * Python 3 avec Tk intègre également les extensions

teaching:progappchim:jupyter

Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) — 2022-06-10T08:56:04+00:00

Jupyter, IPython Notebooks et JupyterLab * Jupyter a succédé à IPython Notebook * Jupyter est installé par défaut avec la distribution python Anaconda. C'est la manière la plus adéquate d'utiliser Jupyter. * Sinon, on peut utiliser facilement les notebooks Jupyter sur la plateforme

teaching:progappchim:matplotlib_simple

Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) — 2023-07-11T07:46:36+00:00

Les bases de Matplotlib, une librairie pour réaliser des graphiques 2D Matplotlib est une bibliothèque très puissante du langage de programmation Python destinée à tracer et visualiser des données sous formes de graphiques. Elle est souvent combinée avec les bibliothèques python de calcul scientifique :

teaching:progappchim:start

Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) — 2023-03-13T10:14:25+00:00

Programmation appliquée à la chimie Aux dernières nouvelles (14/12/2022) Serhiy Storchaka vit toujours en Ukraine, à 20 km de Konotop !! Le cours “Programmation appliquée à la chimie” de bachelier en sciences chimiques (15 H cours et 15 H exercices, bloc2) utilise deux supports :

teaching:progappchim:elements_molecules

Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) — 2021-03-02T12:31:46+00:00

Éléments et molécules Les propriétés des éléments chimiques, de molécules peuvent être dressées, listées,... par un programme si on dispose des données. Celles-ci étant communes à tous les chimistes, et uniquement susceptibles de quelques modifications, il est utile de reprendre une source commune primaire (IUPAC) ou secondaire (comme Wikipedia) plutôt que de redéfinir toutes ces valeurs dans un programme.

teaching:progappchim:pandas

Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) — 2022-11-15T10:08:25+00:00

Pandas Module pour l'analyse de données, pouvant se substituer à l'utilisation d'un tableur. Une différence fondamentale de la librairie pandas avec NumPy, c'est que les tableaux NumPy (NumPy arrays) ont le même type (dtype) pour le tableau entier, tandis que les tableaux pandas (pandas DataFrames) sont caractérisés par un type unique (dtype) par colonne.$X$$x$$P(x)$$X$$x$$x_1, x_2, x_3, ...$$X$$P(x_i)$$X$$x$$P(x)$$x$$x+dx$$P(x)$$x$$P(x) dx$$P(x) dx = P(x \le X < x+dx)$$P(x_i) \ge 0$$x_i$$P(x) …

teaching:progappchim:bokeh_simple

Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) — 2021-10-13T13:23:12+00:00

Les bases de Bokeh, une librairie pour des visualisations interactives dans un navigateur web * page d'entrée sur Bokeh * User guide * Galerie d'exemples * Bokeh dans les Jupyter notebooks * Bokeh tutorial in live Jupyter Notebooks * Reference guide * Réseaux sociaux : * Twitter * GitHub * Youtube Exemples scientifiques * Interactions sur la fonction sinus (amplitude, décalage vertical, fréquence, déphasage) +

teaching:progappchim:mendeleev

Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) — 2022-11-20T11:08:54+00:00

Librairie Mendeleev La librairie Mendeleev est complète et évoluée * Package repository sur PyPI : * Page officielle, description et code source : * Documentation complète : * Tutoriels : * Notebook Jupyter (exemples) : *

teaching:progappchim:algos_entiers

Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) — 2023-01-10T09:04:54+00:00

Algorithmes sur entiers cf....... Cette page reprend quelques grands algorithmes classiques sur les nombres entiers, et introduit quelques algorithmes ayant des applications en chimie. Recherche du PGCD (plus grand commun diviseur) Explication géométrique : en comprenant un nombre entier comme une longueur et un couple d'entiers (a,b) comme un rectangle, leur PGCD est la longueur du côté du plus grand carré permettant de carreler entièrement ce rectangle. L'algorithme d'Euclide décompose ce re…

teaching:progappchim:analyse_images

Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) — 2021-03-09T11:25:40+00:00

Analyse d'images Le traitement d'images permet de transformer des images. L'analyse d'images permet d'extraire des informations contenues dans une image. Il est aussi possible d'effectuer des tâches plus complexes de reconnaissance et d'analyse de scènes.

teaching:progappchim:attracteur_lorenz

Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) — 2019-08-11T11:26:20+00:00

L'attracteur de Lorenz L'attracteur de Lorenz est un système d'équations différentielles ordinaires au comportement particulier, chaotique. C'est un exemple classique de nombreux cours scientifiques, et plusieurs sites proposent des solutions. Avec du code appliquant le méthode de Runge-Kutta d'ordre 4

teaching:progappchim:bioinformatic

Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) — 2022-09-22T16:59:55+00:00

Bioinformatique Un des objectifs majeurs de la bioinformatique réside dans l'étude automatique de séquences, principalement de l'ADN et de protéines,... Ces séquences sont accessibles librement et publiquement, notamment par ces deux sources : Voir aussi le site

teaching:progappchim:entropie_melange

Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) — 2021-03-09T11:24:33+00:00

Entropie de mélange pour un gaz ou liquide idéal #! /usr/bin/env python # -*- coding: utf-8 -*- """ représentation graphique de l'entropie de mélange d'un système idéal """ import numpy as np # voir http://docs.scipy.org/doc/ import matplotlib.pyplot as plt def s(t): return t*np.log(t) + (1-t) * np.log(1-t) x1 = np.arange(0.0, 1., 0.001) plt.plot(x1, s(x1), 'b-') #plt.plot(x1, x1*np.log(x1) + (1-x1) * np.log(1-x1), 'b-') #autre façon, n'utilisant pas la fonction plt.show() # des m…

teaching:progappchim:notions_avancees

Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) — 2023-05-02T10:36:36+00:00

Notions avancées En construction. Les liens sont juste donnés. Une introduction et un exemple devrait être proposé pour chaque rubrique, et le nombre de ces rubriques augmenté. Itérateurs Itertools, zip,... * 7 Levels of Using the Zip Function in Python * itertools.cycle() est une méthode utile pour répéter ou parcourir sans fin les éléments d'une liste ou d'une table itérativitertools.accumulate()

teaching:progappchim:polynomes-6

Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) — 2017-02-28T10:01:39+00:00

Polynômes : la méthode de Horner 432 Cela revient à effectuer les opérations successives suivantes : * prendre le coefficient de x4 * multiplier par x * ajouter le coefficient de x3 * multiplier par x * ajouter le coefficient de x2 *

teaching:progappchim:polynomes-11

Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) — 2017-02-24T11:58:51+00:00

Graphe d'une famille de polynômes orthogonaux Voici un programme permettant de visualiser les premiers polynômes orthogonaux de Tchebyshev : #!/usr/bin/env python # -*- coding: utf-8 -*- """ graphes de Polynomes de Chebyschev """ from math import * from pylab import * def polyeval(x,a): """ application de l'algorithme de Horner cf. http://fr.wikipedia.org/wiki/M%C3%A9thode_de_Ruffini-Horner """ n = len(a)-1 # n = ordre du polynome p = 0. for i in range(n,-1,-1): …

teaching:progappchim:print_format

Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) — 2022-04-09T05:22:18+00:00

Impressions avec la méthode .print() FIXME : * à compléter par les règles essentielles et quelques exemples * F-strings introduite depuis Python 3.6 Références * * * * F-strings * * Python’s F-Strings - Complete implementation guide with code… Naina Chatu…

teaching:progappchim:rdkit

Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) — 2023-05-27T22:54:03+00:00

RDKit * * Getting Started with the RDKit in Python — The RDKit 2020.09.1 documentation * Depict a compound as an image | Chemistry Toolkit Rosetta Wiki | Fandom * Jupyter & RDKit * Getting Started with RDKit and Jupyter | Depth-First * * ChemSpider | Search and share chemistry site reprenant de nombreuses informations sur des molécules * ... Utilisation avec Anaconda “” Utili…

teaching:progappchim:scikit_learn

Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) — 2018-03-19T16:18:01+00:00

Scikit-learn * * FIXME : ajouter des exemples avec analyse de textes contenant des termes scientifiques, des noms de substances chimiques,... * Scikit-chem, simple cheminformatics for Python * MolMiner, for extracting compounds from scientific literature *

teaching:progappchim:solubilite_ph_t

Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) — 2016-03-04T15:24:32+00:00

Solubilité en fonction du pH et de la température Interface en ligne de commande et graphiques matplotlib Nécessite [ce fichier de données] (à décompresser). #!/usr/bin/env python # -*- coding: utf-8 -*- “”“

teaching:progappchim:suite_de_fibonacci-5

Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) — 2017-05-30T00:13:09+00:00

Suite de Fibonacci : quel est le meilleur algorithme ? Comparer les temps avec timeit La librairie timeit mesure les temps d'exécution en évitant des biais tels que l'usage concomitant d'autres ressources. #! /usr/bin/env python # -*- coding: utf-8 -*- """ Calculs des premiers éléments de la suite de Fibonacci. Référence : http://fr.wikipedia.org/wiki/Suite_de_Fibonacci Comparaison de différentes fonctions avec Timeit http://docs.python.org/2/library/timeit.html http://www.diveintopython.net…

teaching:progappchim:t-test

Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) — 2014-07-03T16:17:41+00:00

Test de Student Le test de Student (t-test) teste statistiquement l’hypothèse d’égalité de l'espérance de deux variables aléatoires suivant une loi normale et de variance inconnue. Références * (des exemples simples) * Documentation Python sur stats de scipy * 1-sample t-test * Unpaired t-test * Paired t-test