https://dvillers.umons.ac.be/wiki/ 2026-05-03T02:08:41+00:00 https://dvillers.umons.ac.be/wiki/ https://dvillers.umons.ac.be/wiki/_media/favicon.ico text/html 2020-07-13T04:04:29+00:00 Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) https://dvillers.umons.ac.be/wiki/teaching:progappchim:epidemie_coronavirus?rev=1594605869&do=diff Épidémie du coronavirus COVID-19 Références : * Coronavirus disease 2019 * Maladie à coronavirus 2019 * Coronavirus COVID-19 Global Cases by Johns Hopkins CSSE * Coronavirus (COVID-19) Mortality Rate * data : <https://github.com/CSSEGISandData/COVID-19/tree/master/csse_covid_19_data> Programmes de représentations FIXME Quelques simulations SEIR effectuées par des scientifiques : * Marius Gilbert (ULB/FNRS, Spatial Epidemiology lab (SpELL), <https://twitter.com/mariusgilbert/sta… text/html 2022-06-10T08:56:04+00:00 Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) https://dvillers.umons.ac.be/wiki/teaching:progappchim:jupyter?rev=1654844164&do=diff Jupyter, IPython Notebooks et JupyterLab * Jupyter a succédé à IPython Notebook * Jupyter est installé par défaut avec la distribution python Anaconda. C'est la manière la plus adéquate d'utiliser Jupyter. * Sinon, on peut utiliser facilement les notebooks Jupyter sur la plateforme text/html 2023-07-11T07:46:36+00:00 Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) https://dvillers.umons.ac.be/wiki/teaching:progappchim:matplotlib_simple?rev=1689054396&do=diff Les bases de Matplotlib, une librairie pour réaliser des graphiques 2D Matplotlib est une bibliothèque très puissante du langage de programmation Python destinée à tracer et visualiser des données sous formes de graphiques. Elle est souvent combinée avec les bibliothèques python de calcul scientifique : text/html 2022-09-22T16:59:55+00:00 Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) https://dvillers.umons.ac.be/wiki/teaching:progappchim:bioinformatic?rev=1663858795&do=diff Bioinformatique Un des objectifs majeurs de la bioinformatique réside dans l'étude automatique de séquences, principalement de l'ADN et de protéines,... Ces séquences sont accessibles librement et publiquement, notamment par ces deux sources : Voir aussi le site text/html 2023-05-03T08:39:20+00:00 Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) https://dvillers.umons.ac.be/wiki/teaching:progappchim:notions_fondamentales?rev=1683095960&do=diff Notions fondamentales Aide mémoire synthétique sur le langage Python. Règles de base Ces règles peuvent être testées via le mode interactif de Python (en utilisant la fenêtre “Shell” ou console de l'éditeur Idle ou Idle3 par exemple). text/html 2023-03-07T13:05:54+00:00 Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) https://dvillers.umons.ac.be/wiki/teaching:progappchim:numpy_simple?rev=1678190754&do=diff Les bases de NumPy NumPy est une extension du langage de programmation Python, destinée à manipuler des matrices ou tableaux multidimensionnels ainsi que des fonctions mathématiques opérant sur ces tableaux. Chaque élément d'un tableau numpy occupe un nombre fixe d'octets, associé à un type particulier de donnée (data-type, ou dtype). Les types les plus courants incluent les entiers, bytes, entiers courts, booléens, nombres en virgule flottante, nombres complexes, text/html 2015-04-29T12:31:48+00:00 Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) https://dvillers.umons.ac.be/wiki/teaching:progappchim:open_chemical_databases?rev=1430303508&do=diff Bases de données libres en chimie Références Databases, databank * Chemical databases +... * <http://www.mtdcadd.com/> * <http://www.drugbank.ca/> * <http://www.genome.jp/kegg/> * <http://zinc.docking.org/> * <http://bidd.nus.edu.sg/group/cjttd/> Données de wikipedia * Chembox template * <http://en.wikipedia.org/wiki/Category:Commodity_chemicals> * <http://fr.wikipedia.org/wiki/Cat%C3%A9gorie:Produit_chimique> * <http://en.wikipedia.org/wiki/Category:Chemical_substanc… text/html 2023-05-27T22:54:03+00:00 Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) https://dvillers.umons.ac.be/wiki/teaching:progappchim:rdkit?rev=1685220843&do=diff RDKit * <http://www.rdkit.org/> * Getting Started with the RDKit in Python — The RDKit 2020.09.1 documentation * Depict a compound as an image | Chemistry Toolkit Rosetta Wiki | Fandom * Jupyter & RDKit * Getting Started with RDKit and Jupyter | Depth-First * <http://davies-lee.com/index.php/2018/10/06/rdkit-in-jupyter-notebooks/> * ChemSpider | Search and share chemistry site reprenant de nombreuses informations sur des molécules * ... Utilisation avec Anaconda “” Utili… text/html 2018-03-19T16:18:01+00:00 Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) https://dvillers.umons.ac.be/wiki/teaching:progappchim:scikit_learn?rev=1521472681&do=diff Scikit-learn * <http://scikit-learn.org> * <http://www.innoarchitech.com/machine-learning-an-in-depth-non-technical-guide/> FIXME : ajouter des exemples avec analyse de textes contenant des termes scientifiques, des noms de substances chimiques,... * Scikit-chem, simple cheminformatics for Python * MolMiner, for extracting compounds from scientific literature * text/html 2020-12-07T17:22:27+00:00 Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) https://dvillers.umons.ac.be/wiki/teaching:progappchim:matplotlib_gallery:potentiel_energy_surface?rev=1607358147&do=diff Surface d'énergie potentielle Historique Eyring et Polanyi ont publié en 1931 l'article On Simple Gas Reactions dans lequel ils décrivent les trajets des atomes dans la réaction + H --> H + (échange d'atomes). Ces travaux aboutiront au développement des notions de $E_{bond}= D_e [\exp(-2\beta(r-r_e))-2\exp(-\beta(r-r_e))]$$E_{ant}= \frac{D_e}{2} [\exp(-2\beta(r-r_e))+2\exp(-\beta(r-r_e))]$$r_e$$D_e$$\beta$$E_{bond}= \frac{Q_{AB}+\alpha_{AB}}{1+S^2_{AB}} = \frac{Q_{AB}+\alpha_{AB}}{1+k}$$E_{a…