Didier Villers, UMONS - wiki

teaching:progappchim:math_nombres

Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) — 2020-01-14T13:58:23+00:00

Mathématiques et nombres Quelques programmes et algorithmes reliés aux mathématiques et aux nombres. * Théorie des nombres * Nombre_remarquable * ... Calculs en précision arbitraire * 1/9² = 0.0123456790123456790123456790123456790123456790123457... * 1/99² = 0.0001020304050607080910111213141516171819202122232425262728293031323334353637383940414243444546474849505152535455565758596061626364656667686970717273747576777879808182838485868788899091929394959697990001020304050607080910111$…

teaching:progappchim:start

Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) — 2023-03-13T10:14:25+00:00

Programmation appliquée à la chimie Aux dernières nouvelles (14/12/2022) Serhiy Storchaka vit toujours en Ukraine, à 20 km de Konotop !! Le cours “Programmation appliquée à la chimie” de bachelier en sciences chimiques (15 H cours et 15 H exercices, bloc2) utilise deux supports :

teaching:progappchim:notions_fondamentales

Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) — 2023-05-03T08:39:20+00:00

Notions fondamentales Aide mémoire synthétique sur le langage Python. Règles de base Ces règles peuvent être testées via le mode interactif de Python (en utilisant la fenêtre “Shell” ou console de l'éditeur Idle ou Idle3 par exemple).

teaching:progappchim:polynomes-10

Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) — 2017-02-24T11:53:33+00:00

Polynômes : fonctionnalités supplémentaires Voici quelques fonctions utiles pour manipuler les polynômes : Dérivation Proposé et testé par RL, étudiant ba2 2012-2013. #!/usr/bin/env python # -*- coding: utf-8 -*- def polyderiv(a): """ dérivation d'un polynôme """ b = a[:] #copie de la liste des coefficients du polynôme de départ n = len(b) -1 #ordre du polynôme for i in range (n+1): b[i] = b[i] * i #on redéfinit chaque coefficient i de la liste par ce…

teaching:progappchim:notions_avancees

Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) — 2023-05-02T10:36:36+00:00

Notions avancées En construction. Les liens sont juste donnés. Une introduction et un exemple devrait être proposé pour chaque rubrique, et le nombre de ces rubriques augmenté. Itérateurs Itertools, zip,... * 7 Levels of Using the Zip Function in Python * itertools.cycle() est une méthode utile pour répéter ou parcourir sans fin les éléments d'une liste ou d'une table itérativitertools.accumulate()

teaching:progappchim:pandas

Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) — 2022-11-15T10:08:25+00:00

Pandas Module pour l'analyse de données, pouvant se substituer à l'utilisation d'un tableur. Une différence fondamentale de la librairie pandas avec NumPy, c'est que les tableaux NumPy (NumPy arrays) ont le même type (dtype) pour le tableau entier, tandis que les tableaux pandas (pandas DataFrames) sont caractérisés par un type unique (dtype) par colonne.$X$$x$$P(x)$$X$$x$$x_1, x_2, x_3, ...$$X$$P(x_i)$$X$$x$$P(x)$$x$$x+dx$$P(x)$$x$$P(x) dx$$P(x) dx = P(x \le X < x+dx)$$P(x_i) \ge 0$$x_i$$P(x) …

teaching:progappchim:presentation_principes

Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) — 2023-02-21T14:56:20+00:00

~~REVEAL transition=convex&controls=1&show_progress_bar=1&build_all_lists=1&open_in_new_window=1~~ Programmer en Python Généralités * Qu'est-ce qu'un langage de programmation ? * Compilation ou interprétation, ou... ? Rôle des langages de programmation

teaching:progappchim:algos_entiers

Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) — 2023-01-10T09:04:54+00:00

Algorithmes sur entiers cf....... Cette page reprend quelques grands algorithmes classiques sur les nombres entiers, et introduit quelques algorithmes ayant des applications en chimie. Recherche du PGCD (plus grand commun diviseur) Explication géométrique : en comprenant un nombre entier comme une longueur et un couple d'entiers (a,b) comme un rectangle, leur PGCD est la longueur du côté du plus grand carré permettant de carreler entièrement ce rectangle. L'algorithme d'Euclide décompose ce re…

teaching:progappchim:attracteur_lorenz

Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) — 2019-08-11T11:26:20+00:00

L'attracteur de Lorenz L'attracteur de Lorenz est un système d'équations différentielles ordinaires au comportement particulier, chaotique. C'est un exemple classique de nombreux cours scientifiques, et plusieurs sites proposent des solutions. Avec du code appliquant le méthode de Runge-Kutta d'ordre 4

teaching:progappchim:mendeleev

Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) — 2022-11-20T11:08:54+00:00

Librairie Mendeleev La librairie Mendeleev est complète et évoluée * Package repository sur PyPI : * Page officielle, description et code source : * Documentation complète : * Tutoriels : * Notebook Jupyter (exemples) : *

teaching:progappchim:openbabel_jmol

Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) — 2022-03-14T17:28:30+00:00

OpenBabel et Jmol OpenBabel OpenBabel est un ensemble de programme permettant de manipuler et convertir les fichiers de description de molécules dans différents formats. * Site officiel : * Interfaçage en Python : Pour utiliser OpenBabel en python, il faut installer au préalable ces outils. Sous Linux (Debian, Ubuntu,

teaching:progappchim:tableau_periodique_2011

Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) — 2021-04-19T21:00:29+00:00

Tableau périodique FIXME : importation de la librairie tkinter à unifier + codes à améliorer #!/usr/bin/env python # -*- coding: utf-8 -*- # Programme sur le tableau périodique # MJ, Ba2 chimie 2010-2011 from tkinter import * from element_liste import * #sert à importer la liste présente dans l'autre fichier #création de la commande générale du boutton def elem(x): element=Tk() element.title("Proprietes") listbox=Listbox(element,height=10,width=40,fg="#070942") listbox.pack(…

teaching:progappchim:matplotlib_gallery:potentiel_energy_surface

Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) — 2020-12-07T17:22:27+00:00

Surface d'énergie potentielle Historique Eyring et Polanyi ont publié en 1931 l'article On Simple Gas Reactions dans lequel ils décrivent les trajets des atomes dans la réaction + H --> H + (échange d'atomes). Ces travaux aboutiront au développement des notions de $E_{bond}= D_e [\exp(-2\beta(r-r_e))-2\exp(-\beta(r-r_e))]$$E_{ant}= \frac{D_e}{2} [\exp(-2\beta(r-r_e))+2\exp(-\beta(r-r_e))]$$r_e$$D_e$$\beta$$E_{bond}= \frac{Q_{AB}+\alpha_{AB}}{1+S^2_{AB}} = \frac{Q_{AB}+\alpha_{AB}}{1+k}$$E_{a…

teaching:progappchim:matplotlib_gallery:rotateur_biatomique

Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) — 2018-02-20T10:00:26+00:00

Rotateur biatomique Cf. cette page. Code source, en Python 3 : #!/usr/bin/env python # -*- coding: utf-8 -*- """ Somme d'état (ensemble canonique) de rotation (rotateur biatomique) Les impressions sont à récrire avec l'instruction format() de python 3 """ from math import exp # on a juste besoin de l'exponentielle import matplotlib.pyplot as plt # directive d'importation standard de Matplotlib T = 100. # (température réduite = T / Theta) Zrot = 0. # somme d'état Jmax = 30 # valeur …

teaching:progappchim:analyse_images

Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) — 2021-03-09T11:25:40+00:00

Analyse d'images Le traitement d'images permet de transformer des images. L'analyse d'images permet d'extraire des informations contenues dans une image. Il est aussi possible d'effectuer des tâches plus complexes de reconnaissance et d'analyse de scènes.

teaching:progappchim:fit_modele_einstein

Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) — 2015-04-01T15:47:31+00:00

Optimisation de la température caractéristique du diamant suivant le modèle d'Einstein Ce modèle prévoie la dépendance à la température de la capacité calorifique d’un solide cristallin. La détermination de la température caractéristique nécessite de

teaching:progappchim:grille_configurations_melange_binaire_2013

Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) — 2013-11-29T11:05:09+00:00

Création d'une grille et de configurations d'un système binaire modélisé #!/usr/bin/env python # -*- coding: utf-8 -*- # travail de ML et MP, ba2 chimie 2012-2013 # Création d'une grille et de configurations d'un système binaire modélisé

teaching:progappchim:matplotlib_simple

Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) — 2023-07-11T07:46:36+00:00

Les bases de Matplotlib, une librairie pour réaliser des graphiques 2D Matplotlib est une bibliothèque très puissante du langage de programmation Python destinée à tracer et visualiser des données sous formes de graphiques. Elle est souvent combinée avec les bibliothèques python de calcul scientifique :

teaching:progappchim:pavage_penrose_2013

Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) — 2013-11-28T14:08:53+00:00

Pavage de Penrose #!/usr/bin/env python # -*- coding: utf-8 -*- # réference : # version un peu aménagée du travail de EC et LP, ba2 chimie 2012-2013 import math import cmath import cairo # definir le nombre d'or goldenRatio = (1 + math.sqrt(5)) / 2

teaching:progappchim:ph_acides_bases_2013

Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) — 2013-11-29T11:16:13+00:00

Représentation de pH d'acides et de bases Pour les acides : #!/usr/bin/env python # -*- coding: utf-8 -*- # travail de QD et TB, ba2 chimie 2012-2013 import Tkinter as tk from numpy import * import matplotlib.pyplot as plt

teaching:progappchim:pressions_partielles_systemes_non_ideaux

Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) — 2016-03-04T16:02:47+00:00

Graphiques des pressions partielles de systèmes non-idéaux #!/usr/bin/env python # -*- coding: utf-8 -*- “”“ Graphiques des pressions partielles de systèmes non-idéaux Basé sur le travail de ML et VM, ba2 chimie 2013-2014

teaching:progappchim:suite_de_fibonacci-5

Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) — 2017-05-30T00:13:09+00:00

Suite de Fibonacci : quel est le meilleur algorithme ? Comparer les temps avec timeit La librairie timeit mesure les temps d'exécution en évitant des biais tels que l'usage concomitant d'autres ressources. #! /usr/bin/env python # -*- coding: utf-8 -*- """ Calculs des premiers éléments de la suite de Fibonacci. Référence : http://fr.wikipedia.org/wiki/Suite_de_Fibonacci Comparaison de différentes fonctions avec Timeit http://docs.python.org/2/library/timeit.html http://www.diveintopython.net…

teaching:progappchim:algos_divers

Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) — 2022-12-09T09:36:36+00:00

Algorithmes divers Problèmes résolus : * Fizz buzz, jeu de comptage et de divisibilité conçu pour des enfants * ... Problèmes non résolus * Décomposition de formules chimiques (analyse de chaînes de caractères) * ... Classiques * Algorithme de Dijkstra (permet de déterminer le plus court chemin pour se rendre d'un point à une autre en fonction du réseau routier)

teaching:progappchim:altair_simple

Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) — 2020-06-01T17:55:38+00:00

les bases de Altair, une librairie graphique interactive * Altair: Declarative Visualization in Python — Altair 4.1.0 documentation * altair · PyPI * (Tutorial) Altair in Python: Data Visualizations - DataCamp * Python Interactive Data Visualization with Altair - Towards Data Science * Stackoverflow * python - Altair not rendering chart in jupyter notebook - Stack Overflow * python - Not able to display altair charts in jupyter notebook - Stack Overflow

teaching:progappchim:bioinformatic

Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) — 2022-09-22T16:59:55+00:00

Bioinformatique Un des objectifs majeurs de la bioinformatique réside dans l'étude automatique de séquences, principalement de l'ADN et de protéines,... Ces séquences sont accessibles librement et publiquement, notamment par ces deux sources : Voir aussi le site

teaching:progappchim:collection_namedtuple_exemple

Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) — 2021-01-22T11:33:55+00:00

Exemple d'utilisation de namedtuple L'utilisation de namedtuple peut s'avérer plus rapide que la définition de classes (objets) pour gérer des petites structures de données. La syntaxe de base est : namedtuple(typename, field_names) * cela crée une sous-classe de namedtuple appelée

teaching:progappchim:courbe_predominance_acide_2013

Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) — 2013-11-28T14:18:09+00:00

Courbe de Prédominance d'un Acide #!/usr/bin/env python # -*- coding: utf-8 -*- # travail de KH, ba2 chimie 2012-2013 # Courbe de Prédominance d'un Acide # from math import * import matplotlib.pyplot as plt from Tkinter import *

teaching:progappchim:elements_molecules

Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) — 2021-03-02T12:31:46+00:00

Éléments et molécules Les propriétés des éléments chimiques, de molécules peuvent être dressées, listées,... par un programme si on dispose des données. Celles-ci étant communes à tous les chimistes, et uniquement susceptibles de quelques modifications, il est utile de reprendre une source commune primaire (IUPAC) ou secondaire (comme Wikipedia) plutôt que de redéfinir toutes ces valeurs dans un programme.

teaching:progappchim:ensemble_mandelbrot_2013

Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) — 2015-03-02T17:01:15+00:00

Ensemble de Mandelbrot Dessin d'une fractale : l'ensemble de Mandelbrot #!/usr/bin/env python # -*- coding: utf-8 -*- # version un peu aménagée du travail de BF, ba2 chimie 2012-2013 # ref : from Tkinter import * from random import randrange

teaching:progappchim:epidemie_coronavirus

Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) — 2020-07-13T04:04:29+00:00

Épidémie du coronavirus COVID-19 Références : * Coronavirus disease 2019 * Maladie à coronavirus 2019 * Coronavirus COVID-19 Global Cases by Johns Hopkins CSSE * Coronavirus (COVID-19) Mortality Rate * data : Programmes de représentations FIXME Quelques simulations SEIR effectuées par des scientifiques : * Marius Gilbert (ULB/FNRS, Spatial Epidemiology lab (SpELL),

teaching:progappchim:lennard-jones

Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) — 2015-03-05T12:14:55+00:00

Représentation du potentiel de Lennard-Jones L'utilisation de fonctions en python permet de nombreuses applications par la création de graphiques. En utilisant la “bibliothèque matplotlib/pylab”, vous pourrez donc aisément créer des graphes de fonction.$V_{LJ} = 4\varepsilon \left[ \left(\frac{\sigma}{r}\right)^{12} - \left(\frac{\sigma}{r}\right)^{6} \right] = \varepsilon \left[ \left(\frac{r_{m}}{r}\right)^{12} - 2\left(\frac{r_{m}}{r}\right)^{6} \right]$$r_{m} = 2^{1/6} \sigma$$U_{tot} = \fr…

teaching:progappchim:numpy_simple

Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) — 2023-03-07T13:05:54+00:00

Les bases de NumPy NumPy est une extension du langage de programmation Python, destinée à manipuler des matrices ou tableaux multidimensionnels ainsi que des fonctions mathématiques opérant sur ces tableaux. Chaque élément d'un tableau numpy occupe un nombre fixe d'octets, associé à un type particulier de donnée (data-type, ou dtype). Les types les plus courants incluent les entiers, bytes, entiers courts, booléens, nombres en virgule flottante, nombres complexes,

teaching:progappchim:plot_sinus_cosinus

Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) — 2021-02-23T15:33:34+00:00

Graphe simple de sinus et cosinus On montre en détail comment réaliser une représentation graphique simple des fonctions sinus et cosinus. Au départ le graphique utilisera les réglages par défaut et la figure sera ensuite améliorée pas à pas en commentant les instructions matplotlib utilisées.

teaching:progappchim:polynomes-7-contrib1

Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) — 2012-11-15T16:03:25+00:00

Polynômes : version alternative pour l'addition Proposition de BF, étudiant ba2 2012-2013. Le principe est d'additionner les termes tant qu'on est en dessous du degré maximum du polynôme de degré minimum ! et en complétant ensuite par les coefficients de degré supérieur du polynôme de degré maximum

teaching:progappchim:polynomes-12

Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) — 2022-12-08T17:49:25+00:00

Utilisation de polynômes orthogonaux avec NumPy Voici un programme permettant d'obtenir le même graphe que celui obtenu précédemment, en utilisant les modules spécifiques de NumPy. Cet exemple montre tout l'intérêt d'utiliser des modules pré-existants. Le programme est réduit à 3 lignes pour l'importation, 4 pour la création des graphes et 4 pour commander la représentation.

teaching:progappchim:ppoo

Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) — 2023-01-28T16:31:18+00:00

Programmation Python Orientée Objet FIXME : en construction Concepts utilisés * Un objet : c'est... n'importe quoi, qui peut être codé. En Python, tout est objet ! * Une classe est une description générique d'un type d'objet, incluant les données et les méthodes qui le caractérisent

teaching:progappchim:print_format

Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) — 2022-04-09T05:22:18+00:00

Impressions avec la méthode .print() FIXME : * à compléter par les règles essentielles et quelques exemples * F-strings introduite depuis Python 3.6 Références * * * * F-strings * * Python’s F-Strings - Complete implementation guide with code… Naina Chatu…

teaching:progappchim:rdkit

Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) — 2023-05-27T22:54:03+00:00

RDKit * * Getting Started with the RDKit in Python — The RDKit 2020.09.1 documentation * Depict a compound as an image | Chemistry Toolkit Rosetta Wiki | Fandom * Jupyter & RDKit * Getting Started with RDKit and Jupyter | Depth-First * * ChemSpider | Search and share chemistry site reprenant de nombreuses informations sur des molécules * ... Utilisation avec Anaconda “” Utili…

teaching:progappchim:regression_lineaire_2013

Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) — 2013-11-28T13:38:41+00:00

Régression linéaire Entrée de couples, calcul et affichage de la droite de moindres carrés #!/usr/bin/env python # -*- coding: utf-8 -*- # version un peu aménagée du travail de BD et EH, ba2 chimie 2012-2013 import matplotlib.pyplot as plt import pylab import numpy

teaching:progappchim:representation_molecules_2013

Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) — 2020-03-09T14:42:50+00:00

Représentation de molécules Page à actualiser... Certaines fonctions de ce programme nécessite des fichiers de données : [base.csv] et [bdd.csv] #!/usr/bin/env python # -*- coding: UTF-8 -*- # travail de RL, ba2 chimie 2012-2013

teaching:progappchim:suite_de_fibonacci-4

Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) — 2017-02-24T09:09:35+00:00

Suite de Fibonacci : encore un algorithme Voici le programme complété pour la technique récursive : #! /usr/bin/env python # -*- coding: utf-8 -*- """ Calculs des premiers éléments de la suite de Fibonacci. Référence : http://fr.wikipedia.org/wiki/Suite_de_Fibonacci Application de la définition par récursivité. """ def fibonacci_item_recursive(n): """ Renvoie l'élément d'indice n de la suite de Fibonacci """ if n == 0: return 0 elif n == 1: return 1 ret…

teaching:progappchim:tableau_periodique_2013

Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) — 2020-04-14T12:03:16+00:00

Tableau périodique Tableau avec éléments cliquables pour obtenir les information. Nécessite [ce fichier de données]. #!/usr/bin/env python # -*- coding: utf-8 -*- # version un peu aménagée du travail de TD et SD, ba2 chimie 2012-2013 def elem(x): # print type(x),x # pour montrer que x est une chaîne de caractères element=Tk() element.title("Propriété du"+ x ) elembox=Listbox(element,height=32,width=40,fg="#070942") elembox.pack() for item in table[int(x)]: …

teaching:progappchim:matplotlib_gallery:pka_pkb_plane

Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) — 2020-06-02T15:05:22+00:00

Couples acide-base dans le plan pKa/pKb * Conventions sur les acides forts et les bases fortes : cf. Les acides, les bases et les sels qui nous entourent - Acide fort, base forte #!/usr/bin/env python3 # -*- coding: utf-8 -*- """ Library references : * """ import matplotlib.pyplot as plt # directive d'importation standard de Matplotlib import numpy as np # directive d'importation standard de numpy def cm2inch(*tupl): # https://stackoverflow.com/questions/14708695/sp…