teaching:progappchim:rdkit

Ceci est une ancienne révision du document !


RDKit

test-rdkit.py
# from http://ctr.wikia.com/wiki/Depict_a_compound_as_an_image
from rdkit.Chem import AllChem
from rdkit.Chem import Draw
 
smiles = "CN1C=NC2=C1C(=O)N(C(=O)N2C)C"
mol = AllChem.MolFromSmiles(smiles)
 
# technically this step isn't required since the drawing code
# will automatically add a 2D conformation to a molecule that has
# no conformation information, I'm including it to show how to
# generate 2D coords with the RDKit:
AllChem.Compute2DCoords(mol)
 
Draw.MolToFile(mol,"caffeine.png",size=(200,250))
Ce site web utilise des cookies. En utilisant le site Web, vous acceptez le stockage de cookies sur votre ordinateur. Vous reconnaissez également que vous avez lu et compris notre politique de confidentialité. Si vous n'êtes pas d'accord, quittez le site.En savoir plus
  • teaching/progappchim/rdkit.1614761644.txt.gz
  • Dernière modification : 2021/03/03 09:54
  • de villersd