teaching:progappchim:bioinformatic

Ceci est une ancienne révision du document !


Bioinformatique

Manipulations de séquences ADN, ARN, protéines,…

FIXME : à compléter (différents formats, bases de données ?)

Counting_DNA_Nucleotides-01.py
#!/usr/bin/env python
# -*- coding: utf-8 -*-
"""
On dispose d'un exemple de chaîne ADN (constituée des symboles 'A', 'C', 'G', 'T')
Le programme utilise plusieurs techniques pour donner les nombres d'occurrences respectifs des différentes bases
"""
adn = "AGCTTTTCATTCTGACTGCAACGGGCAATATGTCTCTGTGTGGATTAAAAAAAGAGTGTCTGATAGCAGC"
 
# utilisation d'une liste et de la méthode .count()
bases = ["A","C","G","T"]
for base in bases:
    print(adn.count(base),)
print()
 
# Variante :
for c in 'ACGT':
    print(adn.count(c),)
print()
 
# variante un peu moins lisible
out = []
for c in 'ACGT':
    out.append(str(adn.count(c)))
print(' '.join(out))
 
# utilisation de la technique "list comprehension"
count = [adn.count(c) for c in 'ACGT']
for val in count:
    print(val,)
print()
 
# autre "list comprehension", avec impression formatée → version "one line"
print("%d %d %d %d" % tuple([adn.count(X) for X in "ACGT"]))
 
# count "à la main", sans utilisation de fonctions/librairie
ACGT = "ACGT"
count = [0,0,0,0]
for c in adn:
    for i in range(len(ACGT)):
        if c == ACGT[i]:
            count[i] +=1
for val in count:
    print(val,)
print()
 
# count "à la main", avec .index()
ACGT = "ACGT"
count = [0,0,0,0]
for c in adn:
    count[ACGT.index(c)] += 1
for val in count:
    print(val,)
print()
 
# utilisation de la librairie collections
from collections import defaultdict
ncount = defaultdict(int)
for c in adn:
    ncount[c] += 1
print(ncount['A'], ncount['C'], ncount['G'], ncount['T'])
 
# collections.Counter
from collections import Counter
for k,v in sorted(Counter(adn).items()):
    print(v,)
print()
 
# avec un dictionnaire
freq = {'A': 0, 'C': 0, 'G': 0, 'T': 0}
for c in adn:
    freq[c] += 1
print(freq['A'], freq['C'], freq['G'], freq['T'])
 
# avec un dictionnaire et count(), impression différente
dico={}
for base in bases:
    dico[base] = adn.count(base)
for key,val in dico.items():
    print("{} = {}".format(key, val))

+ lecture de fichier

<sxh python; title : Finding_a_Protein_Motif-01.py> #!/usr/bin/env python # -*- coding: utf-8 -*- “”“ La description complète et les caractéristiques d'une protéine particulière peuvent être obtenues via l'ID “uniprot_id” de la “UniProt database”, en insérant la référence dans ce lien : http://www.uniprot.org/uniprot/uniprot_id

On peut aussi obtenir la séquence peptidique au format FASTA via le lien : http://www.uniprot.org/uniprot/uniprot_id.fasta ”“”

from Bio import SeqIO from Bio import ExPASy from Bio import SeqIO

dic = {“UUU”:“F”, “UUC”:“F”, “UUA”:“L”, “UUG”:“L”,

  "UCU":"S", "UCC":"S", "UCA":"S", "UCG":"S",
  "UAU":"Y", "UAC":"Y", "UAA":"STOP", "UAG":"STOP",
  "UGU":"C", "UGC":"C", "UGA":"STOP", "UGG":"W",
  "CUU":"L", "CUC":"L", "CUA":"L", "CUG":"L",
  "CCU":"P", "CCC":"P", "CCA":"P", "CCG":"P",
  "CAU":"H", "CAC":"H", "CAA":"Q", "CAG":"Q",
  "CGU":"R", "CGC":"R", "CGA":"R", "CGG":"R",
  "AUU":"I", "AUC":"I", "AUA":"I", "AUG":"M",
  "ACU":"T", "ACC":"T", "ACA":"T", "ACG":"T",
  "AAU":"N", "AAC":"N", "AAA":"K", "AAG":"K",
  "AGU":"S", "AGC":"S", "AGA":"R", "AGG":"R",
  "GUU":"V", "GUC":"V", "GUA":"V", "GUG":"V",
  "GCU":"A", "GCC":"A", "GCA":"A", "GCG":"A",
  "GAU":"D", "GAC":"D", "GAA":"E", "GAG":"E",
  "GGU":"G", "GGC":"G", "GGA":"G", "GGG":"G",}

aminoacids = ''.join(sorted(list(set([v for k,v in dic.items() if v <> “STOP”])))) print aminoacids

# UniProt Protein Database access IDs proteins = ['A2Z669', 'B5ZC00', 'P07204_TRBM_HUMAN', 'P20840_SAG1_YEAST']

handle = ExPASy.get_sprot_raw(proteins[0]) seq_record = SeqIO.read(handle, “swiss”) handle.close() print print seq_record

</sxh>

Ce site web utilise des cookies. En utilisant le site Web, vous acceptez le stockage de cookies sur votre ordinateur. Vous reconnaissez également que vous avez lu et compris notre politique de confidentialité. Si vous n'êtes pas d'accord, quittez le site.En savoir plus
  • teaching/progappchim/bioinformatic.1553172332.txt.gz
  • Dernière modification : 2019/03/21 13:45
  • de villersd