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progappchimplugin-autotooltip__default plugin-autotooltip_bigProgrammation appliquée à la chimie

Le cours “Programmation appliquée à la chimie” de bachelier en sciences chimiques (15 H cours et 15 H exercices, bloc2) utilise deux supports :

* Principalement, le présent wiki pour ses avantages techniques (coloration et indentation du code, recherche dans les pages, historique des modifications,
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pdf et données), cité dans [[https://pubs.acs.org/doi/full/10.1021/acs.jchemed.0c01071|A Creative Commo... les J. Weiss, J. Chem. Educ. 2021, 98, 2, 489–494 DOI: 10.1021/acs.jchemed.0c01071 * [[https://chem... ymérisation comme l'article [[http://pubs.acs.org/doi/abs/10.1021/ed300877z|Software for Demonstration ... 'une dilution globale : cf. [[http://pubs.acs.org/doi/abs/10.1021/ed400297t|cet article]] : extension d
ph-3dplugin-autotooltip__default plugin-autotooltip_bigReprésentation 3D du pH

Cas d'un acide en fonction d'un ajout de base et d'une dilution globale : cf. cet article

#! /usr/bin/env python # -*- coding: utf-8 -*- """ Use of numpy polynomes to compute pH of weak acid and strong base

3D topographic surface generation in the same conditions as the following paper : 3-D Surface Visualization of pH Titration “Topos”: Equivalence Point Cliffs, Dilution Ramps, and Buffer Plateaus" Garon C. Smith, Md Mainul Hossain and Patrick MacCarthy J. Chem. Ed…
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'une dilution globale : cf. [[http://pubs.acs.org/doi/abs/10.1021/ed400297t|cet article]] <code pytho... Carthy J. Chem. Educ., 2014, 91 (2), pp 225–231 DOI: 10.1021/ed400297t see fig here : http://pubs.acs.org/doi/abs/10.1021/ed400297t Python code under GPLv3 GN... ents, références ====== * [[http://pubs.acs.org/doi/abs/10.1021/acs.jchemed.6b00682|3-D Topo Surface
potentiel_energy_surfaceplugin-autotooltip__default plugin-autotooltip_bigSurface d'énergie potentielle

Historique

Eyring et Polanyi ont publié en 1931 l'article On Simple Gas Reactions dans lequel ils décrivent les trajets des atomes dans la réaction + H --> H + (échange d'atomes). Ces travaux aboutiront au développement des notions de $E_{bond}= D_e [\exp(-2\beta(r-r_e))-2\exp(-\beta(r-r_e))]$$E_{ant}= \frac{D_e}{2} [\exp(-2\beta(r-r_e))+2\exp(-\beta(r-r_e))]$$r_e$$D_e$$\beta$$E_{bond}= \frac{Q_{AB}+\alpha_{AB}}{1+S^2_{AB}} = \frac{Q_{AB}+\alpha_{AB}}{1+k}$$E_{a…
@teaching:progappchim:matplotlib_gallery
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aquet (2002) * [[http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1002/bbpc.192900025/abstract|QUANTENMECHANISCH... 1: 245-281 (Volume publication date October 1990) DOI: 10.1146/annurev.pc.41.100190.001333 * Peterson... e-potential-energy-su]] * [[http://pubs.acs.org/doi/full/10.1021/acs.jchemed.6b00572|Let Students Der... m Scratch]], Yingbin Ge, J. Chem. Educ., 2016, 93 (12), pp 2033–2039 DOI: 10.1021/acs.jchemed.6b00572
openbabel_jmolplugin-autotooltip__default plugin-autotooltip_bigOpenBabel et Jmol

OpenBabel

OpenBabel est un ensemble de programme permettant de manipuler et convertir les fichiers de description de molécules dans différents formats.

* Site officiel : * Interfaçage en Python :

Pour utiliser OpenBabel en python, il faut installer au préalable ces outils. Sous Linux (Debian, Ubuntu,
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Hutchison, Journal of Cheminformatics 2011, 3:33 doi:10.1186/1758-2946-3-33 * [[http://www.jcheminf.... hen Stein and Dmitrii Tchekhovskoi, Journal of Cheminformatics 2015, 7:23 doi:10.1186/s13321-015-0068-4
epidemie_coronavirusplugin-autotooltip__default plugin-autotooltip_bigÉpidémie du coronavirus COVID-19

Références :

* Coronavirus disease 2019 * Maladie à coronavirus 2019 * Coronavirus COVID-19 Global Cases by Johns Hopkins CSSE * Coronavirus (COVID-19) Mortality Rate * data :

Programmes de représentations

FIXME

Quelques simulations SEIR effectuées par des scientifiques :

* Marius Gilbert (ULB/FNRS, Spatial Epidemiology lab (SpELL),
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ng, Z., Dong, Y. et al. Cell Discov 6, 10 (2020) DOI: 10.1038/s41421-020-0148-0 * [[http://gabgoh.gi... tworks]] * [[https://royalsocietypublishing.org/doi/full/10.1098/rstb.2018.0279|Perfect counterfactua
potentiel_morseplugin-autotooltip__default plugin-autotooltip_bigPotentiel de Morse

Potentiel de Morse et approximation harmonique, avec représentation des niveaux d'énergie des modèles quantiques correspondants.

Code source :

#! /usr/bin/env python # -*- coding: utf-8 -*- """ Représentation du potentiel de Morse pour H2 http://en.wikipedia.org/wiki/Morse_potential http://en.wikipedia.org/wiki/Quantum_harmonic_oscillator approximation harmonique D_e = 7.6E-19 J a = 19.3E-15 m r_e= 74.1E-12 m dérivée de seconde d2V/dr2 = 2 * D_e * a**2. """ import matplot…
@teaching:progappchim:matplotlib_gallery
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M. Morse, Phys. Rev. 34, 57 – Published 1 July 1929. DOI : [[http://dx.doi.org/10.1103/PhysRev.34.57]]
scikit_learnplugin-autotooltip__default plugin-autotooltip_bigScikit-learn

* *

FIXME : ajouter des exemples avec analyse de textes contenant des termes scientifiques, des noms de substances chimiques,...

* Scikit-chem, simple cheminformatics for Python * MolMiner, for extracting compounds from scientific literature *
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scientific documents. Cf. [[https://pubs.acs.org/doi/abs/10.1021/acs.jcim.6b00207|ChemDataExtractor: A... J. Chem. Inf. Model., 2016, 56 (10), pp 1894–1904 DOI: 10.1021/acs.jcim.6b00207 * voir aussi [[http
jupyterplugin-autotooltip__default plugin-autotooltip_bigJupyter, IPython Notebooks et JupyterLab

* Jupyter a succédé à IPython Notebook * Jupyter est installé par défaut avec la distribution python Anaconda. C'est la manière la plus adéquate d'utiliser Jupyter. * Sinon, on peut utiliser facilement les notebooks Jupyter sur la plateforme
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open-source web tool]] Jeffrey M. Perkel, Nature 563, 145-146 (2018) DOI: 10.1038/d41586-018-07196-1
numpy_simpleplugin-autotooltip__default plugin-autotooltip_bigLes bases de NumPy

NumPy est une extension du langage de programmation Python, destinée à manipuler des matrices ou tableaux multidimensionnels ainsi que des fonctions mathématiques opérant sur ces tableaux.

Numpy permet la manipulations des vecteurs, matrices et polynômes.
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der Walt, S.J. et al., Nature 585, 357–362 (2020) DOI: 10.1038/s41586-020-2649-2 * [[https://medium.c
open_chemical_databasesplugin-autotooltip__default plugin-autotooltip_bigBases de données libres en chimie

Références

Databases, databank

* Chemical databases +... * * * * *

Données de wikipedia

* Chembox template * * *
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n Rufener and Michaël Zasso, Journal of Cheminformatics 2015, 7:10 doi:10.1186/s13321-015-0061-y