Table des matières
Épidémie du coronavirus COVID-19
Références :
Programmes de représentations
Quelques simulations SEIR effectuées par des scientifiques :
- Marius Gilbert (ULB/FNRS, Spatial Epidemiology lab (SpELL), https://twitter.com/mariusgilbert/status/1244564877882114048,…
- Nicolas Vandewalle (ULiège, thermodynamique statistique) https://twitter.com/vdwnico
Simulations numériques
Quelques modèles simplifiés sont analogues de schémas réactionnels en chimie (réactions en chaîne notamment). Des approches déterministes permettent d'obtenir des systèmes d'équations différentielles ordinaires assez simples. Par exemple le modèle SEIR : Susceptible, Exposed (“porteur contaminé, sain, en incubation), Infectious (contagieux), Recovered (guéri). La mortalité due à la maladie n'est pas considérée dans ce modèle simplifié.
- modèle SIR = modèle encore plus simple
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- Phase-adjusted estimation of the number of Coronavirus Disease 2019 cases in Wuhan, China → paramètres pour le COVID-19
- paramètres
- average incubation period a
- transmission rate : β
- infection rate : σ → 1/a = 1/5.2
- recovery rate : γ → 1/18
- le “basic reproduction number” R0 (approximativement β/γ ??) → 2.6 ??
- natalité et mortalité de base négligée dans l'article utilisé
- valeurs initiales (par exemple) :
- S = 11 millions
- E = 20 * I
- I = 40
- R = 0
- lien à d'autres nombres :
- basic reproduction number
La relaxation collisionnelle, traitée par la “master équation de Pauli” pourrait être comparée, voire appliquée aux épidémies.
Représentations et simulations existantes
- Reporting, epidemic growth, and reproduction numbers for the 2019-nCoV epidemic: understanding control → simulation assez simple (modèle SEIR) qui introduit un “Effective reproductive number with control”, c'est à dire le nombre de personnes infectées par une personne ayant chopé la maladie, en tenant compte de mesures de contrôle (les consignes, y compris le confinement). Si vous faites glisser ce paramètre en le diminuant, ou en l'augmentant de simplement 0.5 (une “demi” personne en plus ou en moins), vous observerez des effets colossaux sur le nombre de cas, donc le nombre de mort, de personnes gravement atteintes, et la durée de la crise et de ses conséquences sur la situation économique
- How epidemics like COVID-19 end (and how to end them faster), 19/02/2020, Washington Post
- Getting data about Coronavirus with Python in Italy Posted by pythonprogramming on 26/02/2020
- Coronavirus Data Science Jupyter notebooks and python scripts,
- Jupyter notebooks :
- Modèle SEIR appliqué à l'épidémie en Chine : Phase-adjusted estimation of the number of Coronavirus Disease 2019 cases in Wuhan, China Wang, H., Wang, Z., Dong, Y. et al. Cell Discov 6, 10 (2020) DOI: 10.1038/s41421-020-0148-0
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- COVID Rules Everything Around Me Understand COVID growth rates between different countries
- The Covid-19 pandemic in two animated charts by Bobbie Johnson, Mar 27, 2020, MIT Technology Review
- Exploring the Coronavirus Dataset Exploratory Data Analysis of the Novel Coronavirus 2019 Dataset, Sadrach Pierre, Medium, 06/03/2020
- Visualizing COVID-19 Data Beautifully in Python (in 5 Minutes or Less!!) Making Matplotlib a Little Less Painful!, Nik Piepenbreier, Medium, 06/04/2020
- Graphiques et évolutions par Nicolas Vandewalle (ULiège) et collaborateurs : https://github.com/glouppe/covid19be
- Simulations de Marc Ducobu (avec du code en Python) : https://gitlab.com/colibre-19/epidemic-simulation (licence MIT)
- Build an interactive dashboard to simulate Coronavirus scenarios in Python (avec librairies Plotly, Dash,…)
- https://schlaganfallbegleitung.de/corona/lage-deutschland représentations de données concernant l'Allemagne
- Create COVID-19 Map Animation with Python in 5 Minutes (Using Python with Plotly to Create a COVID-19 Map Animation)
Tracking, tracing & géolocalisation
Références
- Coronavirus : Armageddon ou Foutaise ? Dr Philippe Devos, président du Syndicat Belge des Médecins ABSYM, 02/03/2020
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- Covid-19 : comment sont conçus les modèles des épidémies ?, 20.03.2020, par Martin Koppe, CNRS Le journal
- Données pour la Belgique :
- https://epistat.wiv-isp.be/Covid/ (Sciensano - COVID-19)
- https://www.covidata.be/index, sous licence Open COVID License 1.0 (licence pas vraiment libre, puisque limitée dans le temps)