====== Librairie Mendeleev ======

La librairie [[https://pypi.org/project/mendeleev/|Mendeleev]] est complète et évoluée
  * Package repository sur PyPI : [[https://pypi.org/project/mendeleev/]]
  * Page officielle, description et code source : [[https://github.com/lmmentel/mendeleev]]
  * Documentation complète : [[https://mendeleev.readthedocs.io/en/stable/]]
    * Tutoriels : [[https://mendeleev.readthedocs.io/en/stable/tutorials.html]]
  * Notebook Jupyter (exemples) : 
    * [[https://nbviewer.jupyter.org/github/lmmentel/mendeleev/blob/master/docs/source/notebooks/01_intro_to_mendeleev.ipynb]] (tutoriel introductif)
    * [[https://nbviewer.jupyter.org/github/lmmentel/mendeleev/blob/master/docs/source/notebooks/02_tables.ipynb]] (accessing the data in bulk)
    * [[https://nbviewer.jupyter.org/github/lmmentel/mendeleev/blob/master/docs/source/notebooks/03_plotting.ipynb]] (plotting tutorial)
  * Installation via pip, ou la commande conda, ou l'interface de Anaconda, suivant l'environnement utilisé :
    * pip install --user mendeleev
    * conda install -c conda-forge mendeleev=0.5.2
    * <del>conda install -c lmmentel mendeleev=0.6.1 (version plus récente)</del>

<note tip>
Contrairement à ce qu'on trouve dans la documentation, il semble que le canal (channel) à référencer est celui de **conda-forge**, plutôt que lmmentel.

En ligne de commande (console), cela donnerait ceci : conda install -c conda-forge mendeleev=0.6.1

références :
  * [[https://anaconda.org/lmmentel/mendeleev/files]] (limité à la version 0.4.5)
  * [[https://anaconda.org/conda-forge/mendeleev/files]] (actualisé pour la dernière version 0.6.1)

</note>

  * Données utilisables, en ligne : [[http://mendeleev.herokuapp.com/]]

===== Utilisation dans Colaboratory =====
  * Créer une première cellule de code permettant l'installation de la librairie mendeleev : <code>!pip install mendeleev</code>
  * Fichier exemple : {{ :teaching:progappchim:mendeleev_primer_01.ipynb |}}



===== Exemples de programmes simples =====

<code python IonizationEnergy-01.py>
#!/usr/bin/env python3
# -*- coding: utf-8 -*-

"""
Library references :
  * https://pypi.org/project/mendeleev/
  * https://mendeleev.readthedocs.io/en/stable/
  * https://github.com/lmmentel/mendeleev
"""
from mendeleev import element
import matplotlib.pyplot as plt

x, y = range(1,108), [element(i).ionenergies[1] for i in range(1,108)]
for i in range(1,108):
    print(x[i-1], y[i-1])

plt.figure()
plt.plot(x, y)
plt.savefig("ionenergies.png")
plt.show()
</code>

<code python boiling-melting-temperatures-01.py>
#!/usr/bin/env python3
# -*- coding: utf-8 -*-

"""
Library references :
  * https://pypi.org/project/mendeleev/
  * https://mendeleev.readthedocs.io/en/stable/
  * https://github.com/lmmentel/mendeleev
"""
from mendeleev import element

# on peut accéder aux valeurs en utilisant le symbole de l'élément
print(element('Na').atomic_number)
print(element('Na').melting_point)
print(element('Na').boiling_point)

# on peut aussi accéder aux mêmes valeurs par nombre atomique
print(element(11).melting_point, element(11).boiling_point)

# On peut parcourir une liste d'éléments, par exemple les 18 premiers 
for atnum in range(1, 19):
    print(element(atnum).atomic_number,
          element(atnum).symbol,
          element(atnum).name,
          element(atnum).melting_point,
          element(atnum).boiling_point,
          )
</code>

<code python elements-names-01.py>
#!/usr/bin/env python3
# -*- coding: utf-8 -*-
"""
Created on Fri Jan  8 19:11:22 2021

@author: villersd
"""
import string
from mendeleev import element
print(list(range(6)))
for ele in element([1, 2, 3, 4, 5, 6]):
    print(ele.name)

for ele in element(list(range(1,119))):
    print(ele.symbol,)

symbols = [element(i).symbol for i in range(1,119)]
print(symbols)

# recherche de lettres non utilisées pour des symboles chimiques à une seule
# letre
# https://docs.python.org/release/3.8.5/library/string.html
print(string.ascii_uppercase)
nonsymbols = [U for U in string.ascii_uppercase if U not in symbols]
print(nonsymbols)
</code>

===== Jupyter notebooks =====
Application : intégrer les parties de code suivante dans un notebook, après avoir installé la librairie mendeleev :

<code python>
from mendeleev import element
for Z in range(1,19):
    print(Z,element(Z))
</code>

<code python>
from mendeleev import get_table
ptable = get_table('elements')
ptable.info()
</code>

<code python>
cols = ['atomic_number', 'symbol', 'name', 'atomic_radius', 'covalent_radius_pyykko', 'en_pauling']
ptable[cols].head(19)
</code>

<code python>
type(ptable)
ptable.plot(x='atomic_number', y='covalent_radius_pyykko')
</code>

===== Tableau périodique =====
  * [[https://www.astrolabe-science.fr/tableau-periodique-module-python-mendeleev/|Un tableau périodique avec le module Python “mendeleev”]] David Alberto
    * Voir aussi :
      * le package LaTeX [[https://www.ctan.org/pkg/pgf-PeriodicTable|pgf-PeriodicTable]]
      * [[https://tikz.fr/tableau-periodique/|Tableau Périodique en Français, Anglais et Espagnol]] par Fernando S. Delgado Trujillo